临床数据收集与患者分组
收集KP BSI患者的临床资料并确定28天死亡结局。
回顾性收集2017年1月至2021年12月淄博市立医院90例KP BSI患者的电子病历数据,包括人口学特征、基础疾病、qSOFA评分、感染性休克、医院感染等,并按28天结局分为存活组和死亡组。
Association between clinical-biological characteristics of Klebsiella pneumoniae and 28-day mortality in patients with bloodstream infection
包含临床数据回顾、表型检测(拉丝试验)、WGS及生物信息学分析,但缺乏功能实验和体内验证,实验层级单一。
90例KP血流感染患者临床队列 KP临床分离株
患者分组:存活组与死亡组,基于28天结局 qSOFA评分:入院时评估,中位数1 感染性休克:存在与否 医院感染:入院48小时后发生的感染 菌株毒力基因rfbA/B/D的存在
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
收集KP BSI患者的临床资料并确定28天死亡结局。
回顾性收集2017年1月至2021年12月淄博市立医院90例KP BSI患者的电子病历数据,包括人口学特征、基础疾病、qSOFA评分、感染性休克、医院感染等,并按28天结局分为存活组和死亡组。
从血液标本中分离并鉴定KP菌株。
所有分离株在血琼脂平板上于37°C培养18-24小时,使用MALDI-TOF质谱(BioMerieux, France)鉴定。
测定KP菌株对抗菌药物的敏感性。
使用BioMerieux Vitek 2 Compact ID/AST分析仪测定多种抗菌药物的MIC,对头孢哌酮-舒巴坦采用K-B法,按照CLSI M100标准判读。
评估菌株的高粘液表型。
将KP分离株在血琼脂平板上过夜培养,用标准接种环挑取单菌落并缓慢拉离,观察粘性拉丝长度>5mm为阳性。
获取菌株的基因组信息,分析耐药和毒力基因、MLST、系统发育。
提取细菌DNA,构建文库后进行Illumina NovaSeq6000 PE150测序,然后进行序列质控、组装、MLST分型、耐药基因和毒力基因注释、系统发育树构建。
识别与28天死亡相关的独立危险因素。
使用SPSS 23.0进行组间比较,单因素分析筛选变量,多因素Logistic回归分析独立危险因素,Kaplan-Meier曲线和log-rank检验比较生存率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 菌株鉴定 | 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 | BioMerieux | -- |
| 抗菌药物敏感性试验 | Vitek 2 Compact ID/AST微生物分析仪 | BioMerieux | -- |
| Kirby-Bauer(K-B)法 | Thermo | -- | |
| 全基因组测序 | Illumina Novaseq6000 PE150平台 | Illumina | -- |
| DNA提取 | Master PureTM 完整DNA和RNA纯化试剂盒 | Lucigen | MC85200 |
| DNA定量和质量评估 | Qubit 3.0荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Nano-300微量分光光度计 | ALLSHENG | -- | |
| 文库构建 | TruePrep® DNA文库制备试剂盒V2(适用于Illumina) | Vazyme | TD501-01 |
| TruePrep® 索引试剂盒V3(适用于Illumina) | Vazyme | TD203 | |
| 凝胶回收 | E.Z.N.A.® 凝胶回收试剂盒 | Omega Bio-tek | D2500-02 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床数据收集 | 患者纳入排除标准、样本量、qSOFA评分定义、感染性休克定义、医院感染定义(入院后>48小时)、结局定义(28天死亡率) 阅读提示:Methods: Study design and clinical data collection |
| 菌株鉴定 | 培养条件(血琼脂、37°C、18-24小时)、鉴定方法(MALDI-TOF) 阅读提示:Methods: Strain isolation and antimicrobial susceptibility testing |
| 抗菌药物敏感性试验 | 药物列表、MIC测定方法(Vitek 2)、K-B法(头孢哌酮-舒巴坦)、判读标准(CLSI M100) 阅读提示:Methods: Strain isolation and antimicrobial susceptibility testing |
| 拉丝试验 | 阳性标准(>5mm) 阅读提示:Methods: String test |
| 全基因组测序 | DNA提取试剂盒、建库试剂盒、测序平台(Illumina NovaSeq6000)、序列处理参数(Fastp、Unicycler) 阅读提示:Methods: Whole genome sequencing and bioinformatics analysis |
| 生物信息学分析 | MLST分型工具、耐药基因和毒力基因数据库(CARD、VFDB)、系统发育分析软件(PhyloPhlAn 3.0) 阅读提示:Methods: Whole genome sequencing and bioinformatics analysis |