菌株鉴定和分型
确认菌种身份和遗传背景,区分不同clade。
使用MALDI-TOF MS进行菌种鉴定,通过全基因组测序确定clade和系统发育关系。
Variable sensitivity of clinical Candida auris strains to Biocides: implications for infection control in Healthcare Settings
研究包含体外杀生物剂活性测定(悬浮和载体试验)、生物膜形成测定和抗真菌药敏试验,但缺乏动物模型或临床验证等进一步证据层级。
临床C. auris菌株(clade 1,n=8) 参考菌株C. auris CDC B11903(clade 4) Candida albicans ATCC 10231(质控和对照)
菌株的clade鉴定(全基因组测序) 杀生物剂浓度(氯500 ppm和200 ppm,氯己定4%和2%,乙醇70%) 接触时间(1、5、30分钟) 清洁和肮脏条件(BSA或红细胞) 定量悬浮试验和载体试验(EN 13624和EN 14562)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认菌种身份和遗传背景,区分不同clade。
使用MALDI-TOF MS进行菌种鉴定,通过全基因组测序确定clade和系统发育关系。
评估所有菌株是否具有生物膜形成能力,以了解其表面存活潜力。
使用MTT法在96孔板中量化生物膜形成,根据OD值分级为弱、中、强。
确定菌株对常用抗真菌药物的敏感性,特别是氟康唑。
使用CLSI M27-A2微量稀释法测试9种抗真菌药物的MIC值。
评估氯、氯己定和苯扎氯铵对耳念珠菌的固有敏感性。
使用CLSI M27-A2方法进行肉汤微量稀释,测定MIC值。
模拟实际消毒条件,评估杀生物剂在清洁和肮脏环境下的杀灭效果。
按照EN 13624和EN 14562标准进行定量悬浮和载体试验,测试不同浓度和接触时间下的杀灭效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 菌株鉴定 | MALDI-TOF质谱仪(Vitek MS) | bioMerieux | -- |
| 全基因组测序 | MinION™ FLO-MIN106测序仪 | Oxford Nanopore Technologies | -- |
| 连接测序试剂盒(SQK-LSK109) | Oxford Nanopore Technologies | -- | |
| Native条形码扩展试剂盒(EXP-NBD114) | Oxford Nanopore Technologies | -- | |
| DNA提取 | 溶菌酶 | -- | 12650-88-3 |
| 蛋白酶K | -- | 39450-01-6 | |
| 生物膜形成检测 | MTT | -- | 298-93-1 |
| 二甲基亚砜 | -- | 67-68-5 | |
| 抗真菌药敏试验 | 两性霉素B | -- | 1397-89-3 |
| 氟康唑 | -- | 86386-73-4 | |
| 伏立康唑 | -- | 137234-62-9 | |
| 伊曲康唑 | -- | 84625-61-6 | |
| 泊沙康唑 | -- | 171228-49-2 | |
| 卡泊芬净 | -- | 179463-17-3 | |
| 阿尼芬净 | -- | 166663-25-8 | |
| 氟胞嘧啶 | -- | 2022-85-7 | |
| 艾沙康唑 | -- | 241479-67-4 | |
| 杀生物剂活性测试 | 氯己定 | -- | 55-56-1 |
| 苯扎氯铵 | -- | 8001-54-5 | |
| 牛血清白蛋白(BSA) | -- | 9048-46-8 | |
| 绵羊红细胞悬液 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 菌株鉴定和分型 | 菌株的clade鉴定结果、全基因组测序方法 阅读提示:见Methods 'Strains, species identification, and whole-genome sequencing' |
| 生物膜形成检测 | MTT法条件:MTT浓度、孵育时间、OD值分级标准 阅读提示:见Methods 'In vitro biofilm formation assay' |
| 抗真菌药敏试验 | 药物浓度范围、质控菌株、MIC折点判断标准 阅读提示:见Methods 'Antifungal drug susceptibility tests' |
| 杀生物剂MIC测定 | 杀生物剂浓度范围、方法(CLSI M27-A2) 阅读提示:见Methods 'Susceptibility tests of biocides by broth microdilution' |
| 杀生物剂活性测试 | 初始酵母浓度、接触时间、清洁/肮脏条件、中和剂成分、有效性判断标准(log10减少) 阅读提示:见Methods 'Yeasticidal activities of biocides by quantitative suspension test and quantitative carrier test' 和结果部分 |