脂质组学分析鉴定感染相关脂质
鉴定伯氏疏螺旋体感染蜱细胞后发生变化的脂质分子。
用伯氏疏螺旋体刺激ISE6细胞1小时和24小时,进行质谱脂质组学分析。
Croquemort elicits activation of the immune deficiency pathway in ticks
研究包含脂质组学、表面等离子体共振、蛋白结构建模、细胞系功能实验、体内RNAi敲低及感染模型等多个独立证据层级,并验证了免疫信号通路与病原体限制的机制。
ISE6蜱细胞系 IDE12蜱细胞系 肩板蜱(Ixodes scapularis)若虫 伯氏疏螺旋体感染的小鼠模型
Crq与POPG的结合能力(表面等离子体共振,KD=1.8±0.1 nM) Crq的质膜定位(亚细胞分级分离和荧光显微镜) crq基因沉默效率(siRNA敲低,qRT-PCR验证) 伯氏疏螺旋体感染后蜱体内细菌载量(recA表达) IMD和JNK通路激活(Relish裂解和JNK磷酸化)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定伯氏疏螺旋体感染蜱细胞后发生变化的脂质分子。
用伯氏疏螺旋体刺激ISE6细胞1小时和24小时,进行质谱脂质组学分析。
寻找与免疫刺激脂质POPG结合的蜱蛋白。
使用生物素化POPG从蜱细胞裂解液中pull-down相互作用蛋白,并通过质谱鉴定,筛选膜受体候选分子。
验证Crq是否结合POPG及其亚细胞定位。
通过表面等离子体共振检测重组Crq胞外域与POPG的结合亲和力;通过亚细胞分级分离和荧光显微镜观察Crq在蜱细胞中的定位。
研究Crq在蜱摄食、蜕皮和免疫中的作用。
通过显微注射siRNA沉默蜱若虫中crq表达,观察摄食重量、蜕皮时间、蜕皮类固醇合成及伯氏疏螺旋体载量。
确定Crq是否通过TAK1激活IMD和JNK通路。
在IDE12细胞中分别沉默crq和tak1,用POPG刺激后检测Relish裂解和JNK磷酸化水平。
鉴定Crq调节的IMD和JNK通路下游基因。
在crq或 relish 沉默的蜱中检测puckered、ctenidin-1等基因的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | L15C300培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Millipore Sigma | -- | |
| 胰蛋白胨磷酸肉汤 | BD | -- | |
| 牛脂蛋白浓缩物 | MP Biomedicals | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | ThermoFisher | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解缓冲液 | Millipore Sigma | -- |
| Halt蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Scientific | -- | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Ambion | -- |
| RNA干扰 | Silencer siRNA构建试剂盒 | Thermo Scientific | -- |
| 核转染 | SF缓冲液 | Lonza Bioscience | -- |
| 显微镜成像 | CellMask绿色质膜染料 | Invitrogen | -- |
| Hoechst核染料 | AAT Bioquest | -- | |
| 蜕皮类固醇定量 | 20-羟基蜕皮酮EIA试剂盒 | Cayman Chemical | -- |
| 蛋白质表达与纯化 | His标签Crq胞外域 | -- | -- |
| 核磁共振光谱 | 二维核磁共振波谱 | -- | -- |
| 统计分析 | GraphPad PRISM软件 | GraphPad Software | 9.1.0 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | IDE12和ISE6细胞的培养条件(培养基、血清浓度、温度) 阅读提示:Materials and Methods, Tick Cell Culture |
| 脂质组学分析 | 伯氏疏螺旋体感染复数、刺激时间、样本量(n=4-6) 阅读提示:Results, I. scapularis Crq Binds the Infection-Derived Lipid POPG; Table 1 |
| Pull-down及质谱 | 生物素化POPG浓度、pull-down条件 阅读提示:Results, I. scapularis Crq Binds the Infection-Derived Lipid POPG; Figure 1A |
| 表面等离子体共振 | POPG浓度范围(12.5-200 nM)、重复次数(n=2) 阅读提示:Results, I. scapularis Crq Binds the Infection-Derived Lipid POPG; Figure 1D-E |
| 细胞转染与刺激 | siRNA浓度(1 μg/mL)、转染试剂、刺激物浓度(10 ng/mL POPG)、刺激时间 阅读提示:Materials and Methods, RNA Interference and Tick Experiments; Figure 4B-C |
| 体内RNAi实验 | siRNA剂量(20-40 ng/蜱)、注射后恢复时间、小鼠品系(C3H/HeJ, C57BL/6J)、感染菌株及剂量、感染时间(最多5天) 阅读提示:Materials and Methods, RNA Interference and Tick Experiments; Figure 3A |