患者基因变异鉴定
识别与疾病症状共分离的DPP9基因变异
对三个家族进行外显子组测序,鉴定DPP9双等位基因变异,并通过桑格测序验证。
DPP9 deficiency: An inflammasomopathy that can be rescued by lowering NLRP1/IL-1 signaling
包含患者细胞实验、生化实验、小鼠模型和斑马鱼模型等多层级验证,涉及NLRP1炎症小体通路的功能和机制验证。
患者来源的原代角质形成细胞和成纤维细胞 DPP9S759A/S759A敲入小鼠模型 NLRP1敲除小鼠模型 dpp9敲除斑马鱼模型
患者细胞中DPP9蛋白表达水平和酶活性 NLRP1炎症小体激活的标志物(ASC斑点形成、IL-1β和IL-18释放) 小鼠模型中Nlrp1、Asc、Gsdmd、Il-1r、Il-18基因敲除对新生致死性的影响 斑马鱼模型中asc敲除对dpp9缺陷致死性的影响 炎症小体下游通路(IL-1β、IL-18)的贡献
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与疾病症状共分离的DPP9基因变异
对三个家族进行外显子组测序,鉴定DPP9双等位基因变异,并通过桑格测序验证。
评估DPP9变异对蛋白表达和NLRP1抑制功能的影响
从患者皮肤分离原代角质形成细胞和成纤维细胞,通过Western blot检测DPP9蛋白表达,通过酶活性实验评估DPP9变体的催化活性,并通过ASC斑点形成实验评估NLRP1抑制功能。
验证DPP9功能丧失在体内的致病机制
利用Dpp9S759A/S759A催化失活小鼠,通过杂交引入Nlrp1、Asc、Gsdmd、Il-1r或Il-18基因敲除,观察对新生致死性的影响。
验证DPP9缺陷在斑马鱼中的表型及ASC的挽救作用
通过CRISPR/Cas9生成dpp9和asc敲除斑马鱼,观察存活率和形态,并通过RT-qPCR检测il1b表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白质检测 | DPP9抗体 | abcam | ab42080 |
| DPP8抗体 | abcam | ab96470 | |
| 细胞因子检测 | IL-1β ELISA试剂盒 | BD | 557953 |
| IL-18 ELISA试剂盒 | MBL Bioscience | 7620 | |
| 细胞毒性检测 | LDH释放检测 | Promega | G1780 |
| 荧光成像 | EVOS显微镜 | Thermo Fisher Scientific | AMF5000 |
| 基因表达分析 | RNeasy Micro试剂盒 | Qiagen | 74004 |
| iScript逆转录超混合液 | Bio-Rad | 1708840 | |
| Power SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | 4309155 | |
| 7900HT快速实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者细胞分离与培养 | 皮肤活检的采集和处理方法,角质形成细胞培养条件(培养基组成、添加剂、3T3饲养层) 阅读提示:Materials and Methods中的Isolation of human fibroblasts and keratinocytes和Cell culture |
| 蛋白质检测 | 使用的抗体种类、稀释比例、品牌和货号,蛋白上样量 阅读提示:Materials and Methods中的SDS PAGE western blot, ELISA and LDH release |
| 酶活性测定 | 细胞裂解条件、底物浓度、反应体积、时间、温度、检测方法 阅读提示:Figure 2B和Materials and Methods中的Enzymatic activity assay |
| 炎症小体激活检测 | 细胞系(293T-ASC-GFP)、转染方法、NLRP1表达构建体、ASC斑点计数条件、阳性对照药物(Talabostat)浓度 阅读提示:Figure 2C和Materials and Methods中的ASC speck assay |
| 细胞因子分泌检测 | 培养上清收集时间、ELISA或Luminex检测的细胞因子类型、方法 阅读提示:Figure 2E和Materials and Methods中的ELISA、Luminex multiplex assay |
| 小鼠实验 | 小鼠品系、基因敲除背景、饲养条件、杂交策略、观察时间点、存活率统计方法 阅读提示:Materials and Methods中的Mice和Statistics |
| 斑马鱼实验 | 斑马鱼品系、胚胎培养条件、CRISPR/Cas9注射浓度、基因型鉴定方法、存活率统计 阅读提示:Materials and Methods中的Zebrafish strains and maintenance、CRISPR/Cas9-mediated Zebrafish Knockout和Live genotyping of zebrafish larvae |