患者入组和样本采集
获取DFI患者的骨样本和血液样本,用于后续检测
纳入30例DFI患者,术中从溃疡基底部取两块骨样本,分别用于标准培养和NGS;诊断时采集外周血用于免疫分析。
Comparative study of culture, next-generation sequencing, and immunoassay for identification of pathogen in diabetic foot ulcer
前瞻性观察研究,采用培养、NGS和免疫分析三种方法对比,但缺乏功能验证和机制验证,样本量较小。
糖尿病患者感染性糖尿病足溃疡(DFU)
纳入糖尿病患者(I型或II型)且年龄>18岁,手术清创或截肢后获取骨样本 样本处理:一个样本用于标准培养(需氧、厌氧、真菌),另一个在-80°C保存后送MicroGenDX进行NGS 免疫分析:外周血分离PBMC培养72小时收集MENSA,血清用于Luminex多重免疫分析 统计分析:使用Kappa系数评估一致性,以NGS为金标准
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取DFI患者的骨样本和血液样本,用于后续检测
纳入30例DFI患者,术中从溃疡基底部取两块骨样本,分别用于标准培养和NGS;诊断时采集外周血用于免疫分析。
比较标准培养和NGS在病原体鉴定上的一致性
对骨样本进行标准培养,另一部分样本经MicroGenDX进行NGS,检测细菌和真菌的16S rRNA和ITS区域。
检测针对金黄色葡萄球菌和无乳链球菌的新合成抗体,评估其与培养和NGS的一致性
从全血分离PBMC,培养72小时收集MENSA,血清和MENSA用于Luminex免疫分析。
评估患者术后12周伤口愈合情况,并分析其与检测结果的关系
术后12周或二次截肢时评估伤口愈合状态,分为愈合和未愈合组。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA测序 | Ion Torrent个人基因组机 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 免疫分析 | Bio-Plex 200系统 | Bio-Rad | -- |
| PBMC分离 | Ficoll-Paque淋巴细胞分离液 | -- | -- |
| 样本保存 | 肝素钠采血管 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者入组 | 纳入标准:I型或II型糖尿病,年龄>18岁;排除标准:静脉淤积性溃疡、严重缺血等 阅读提示:Methods: Study Design and Patients |
| 样本采集和处理 | 骨样本:两块豌豆大小;血液:两管肝素钠和一管血清管;样本保存温度:-80°C 阅读提示:Methods: Operative Procedures and Specimen Collection and Whole blood processing |
| 标准培养 | 培养类型:需氧、厌氧、真菌 阅读提示:Methods: Operative Procedures and Specimen Collection |
| NGS测序 | 测序平台:Ion Torrent PGM;数据库:NIH GenBank;比对一致性≥90% 阅读提示:Methods: Next-Generation Sequencing |
| 免疫分析 | PBMC培养72小时;MENSA和血清1:10000稀释;检测重复次数:双份 阅读提示:Methods: Whole blood processing and Multiplex Luminex Immunoassay |
| 数据分析 | Kappa系数计算;以NGS为金标准 阅读提示:Methods: Data and Statistical Analysis |