验证NSs对细胞因子/趋化因子基因表达的影响
确定NSs是否在体外促进细胞因子/趋化因子基因的过度诱导。
使用Flag标记的NSs表达载体转染HeLa细胞,结合SeV感染,通过qRT-PCR检测IL-8、IL-6、CXCL1、CXCL2、CCL2和IL2RA基因表达。
The Nonstructural Protein NSs of Severe Fever with Thrombocytopenia Syndrome Virus Causes a Cytokine Storm through the Hyperactivation of NF- κ B
包括细胞模型(HeLa, HEK293T)中的基因表达、NF-κB激活测定、基因敲除/敲低、蛋白互作、体内小鼠模型验证及药理学抑制,多层次功能与机制验证。
HeLa细胞 HEK293T细胞 Ifnar1−/−小鼠
NSs表达对细胞因子/趋化因子基因诱导的影响 NF-κB抑制剂TPCA-1对细胞因子表达的作用 TBK1缺失或抑制对NF-κB活性和细胞因子表达的影响 TBK1与IKKβ相互作用是否被NSs破坏 体内SFTSV感染模型中TPCA-1对细胞因子诱导的抑制
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定NSs是否在体外促进细胞因子/趋化因子基因的过度诱导。
使用Flag标记的NSs表达载体转染HeLa细胞,结合SeV感染,通过qRT-PCR检测IL-8、IL-6、CXCL1、CXCL2、CCL2和IL2RA基因表达。
确定NF-κB是否为NSs诱导细胞因子所必需。
使用NF-κB抑制剂TPCA-1、siRNA敲低p65、以及IKKα/β或IKKγ敲除的HeLa细胞,检测IL-8基因表达。
确定NSs是否增强NF-κB的核转位和转录活性。
通过亚细胞分离和免疫印迹检测细胞核p65水平,免疫染色观察p65核转位,以及NF-κB依赖的荧光素酶报告基因测定。
确定TBK1是否抑制NF-κB信号和细胞因子表达。
使用TBK1敲除的HeLa和HEK293T细胞,检测NF-κB DNA结合活性(EMSA)、IκB-α磷酸化、报告基因活性及下游基因表达。
揭示NSs增强NF-κB的分子机制。
通过免疫共沉淀和免疫印迹检测TBK1与IKKβ的相互作用,以及NSs对其的影响。
确定NF-κB抑制是否在体内减轻SFTSV诱导的细胞因子风暴。
在Ifnar1−/−小鼠中感染SFTSV,腹腔注射TPCA-1,检测脾脏中细胞因子基因表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养和转染 | Lipofectamine 2000 | Life Technologies | -- |
| 基因敲除 | pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) | Addgene | -- |
| 免疫印迹 | Immobilon-P PVDF膜 | Millipore | -- |
| Chemi-lumi One Super | Nacalai Tesque | -- | |
| 免疫沉淀 | Protein G Mag Sepharose | GE Healthcare | -- |
| 免疫染色 | 8孔腔室玻片 | Matsunami | -- |
| TCS-SP8共聚焦显微镜 | Leica Microsystems | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| RNA提取和qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| DNase I | Roche Diagnostics | -- | |
| 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- | |
| qPCR | TaqMan快速通用PCR预混液 | Applied Biosystems | -- |
| Thunderbird探针qPCR预混液 | Toyobo | -- | |
| Fast SYBR绿色预混液 | Applied Biosystems | -- | |
| 荧光素酶报告基因实验 | Dual-Glo荧光素酶检测 | Promega | -- |
| 细胞因子检测 | 细胞因子25重人检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Luminex 100 | Luminex | -- | |
| 体内感染模型 | RNAlater | -- | -- |
| TissueLyzer II | Qiagen | -- | |
| 细胞分选 | SH800细胞分选仪 | Sony | -- |
| 病毒扩增 | Vero细胞 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和处理 | HeLa和HEK293T细胞来源、培养条件和传代方法;转染试剂浓度;NSs表达载体浓度;SeV感染剂量(3.2×10^2 HAU);TNF-α浓度(20 ng/ml);TPCA-1浓度(20 µM);处理时间(9小时等) 阅读提示:Materials and Methods中的'Chemicals', 'siRNA and transfection', 'Viruses', 'Luciferase reporter assay'部分 |
| 基因敲除和互补 | CRISPR/Cas9敲除靶序列;质粒PX458转染条件;单克隆筛选方法;敲除验证(免疫印迹);TBK1或IKKβ互补的慢病毒构建和转导条件 阅读提示:Materials and Methods中的'Generation of knockout cells by CRISPR/Cas9'和'Lentiviruses and complementation of knockout cells'部分 |
| 蛋白相互作用 | 免疫共沉淀中细胞裂解物制备、抗体用量(抗TBK1抗体)、蛋白G磁珠孵育时间和洗涤条件 阅读提示:Materials and Methods中的'Immunoblotting and immunoprecipitation'部分,以及Figure 4 legend |
| 体内感染模型 | Ifnar1−/−小鼠来源、性别、年龄和数量(14只);SFTSV SPL010株剂量(2×10^6 TCID50)和接种途径;TPCA-1给药剂量(1 mg)和时间;脾脏采集时间 阅读提示:Materials and Methods中的'SFTSV infection in vivo'部分,以及Figure 5B legend |