宏基因组下一代测序在鹦鹉热衣原体所致重症肺炎诊断中的应用

Metagenomic next-generation sequencing in the diagnosis of severe pneumonias caused by Chlamydia psittaci

作者信息Xiancheng Chen, Ke Cao, Yu Wei, Yajun Qian, Jing Liang, Danjiang Dong, Jian Tang, Zhanghua Zhu, Qin Gu, Wenkui Yu
PMID32314307
期刊Infection
发布时间2020-08
DOI10.1007/s15010-020-01429-0

实验完整度

中

包含9例重症鹦鹉热肺炎的回顾性病例分析,涉及临床特征、实验室检查、影像学、mNGS诊断及治疗结局,但缺乏体外或动物实验验证。

主要模型

9例重症鹦鹉热肺炎患者

重点核对

mNGS检测样本类型(血液或肺泡灌洗液) mNGS检测平台BGISEQ-100 诊断标准:符合重症社区获得性肺炎标准且mNGS检出鹦鹉热衣原体DNA 所有患者接受米诺环素治疗至少2周

摘要

目的 人类感染鹦鹉热衣原体可导致严重的临床表现,包括重症肺炎、成人呼吸窘迫综合征,偶有死亡。宏基因组下一代测序(mNGS)的实施为诊断提供了一种有前景的新工具。本文描述了重症鹦鹉热肺炎的临床谱系,以使医生更好地理解,并强调重症鹦鹉热肺炎的罕见性和严重性。 方法 利用mNGS诊断了9例重症鹦鹉热肺炎。回顾性分析疾病进展、新诊断工具、治疗和结局的数据,并总结发现。 结果 常见症状包括寒战和弛张热(100%)、咳嗽和乏力(100%),以及头痛和肌痛(77.8%)。所有患者均为重症鹦鹉热肺炎,发展为呼吸衰竭,其中6/9例患者伴有脓毒症。mNGS需要48-72小时提供结果,有助于确定鹦鹉热的诊断。实验室数据显示白细胞、中性粒细胞和降钙素原正常或轻度升高,但C反应蛋白水平升高。计算机断层扫描显示肺实变和磨玻璃影,始于单侧肺上叶,并蔓延至双肺,伴有粟粒性、结节性或实变性阴影。一名患者因继发肺炎克雷伯菌感染死亡,其余八名患者完全康复。 结论 使用mNGS可以提高鹦鹉热诊断的准确性并减少诊断延迟。重症鹦鹉热肺炎对及时使用适当的抗生素反应良好。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
重症鹦鹉热肺炎的临床特征及mNGS在其诊断中的应用价值。
核心机制
文中未明确说明
主要证据
基于9例经mNGS诊断的重症鹦鹉热肺炎患者的回顾性分析,总结临床症状、实验室指标、CT影像、治疗及结局。
研究意义
mNGS可提高鹦鹉热诊断准确性并减少诊断延迟,重症鹦鹉热肺炎对及时使用适当抗生素反应良好。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

病例纳入与诊断

筛选符合重症社区获得性肺炎标准且mNGS检出鹦鹉热衣原体DNA的患者。

回顾性收集2017年11月至2019年6月入住南京鼓楼医院的重症鹦鹉热肺炎患者,所有患者均通过mNGS检测血或肺泡灌洗液中的病原体DNA。

2

临床特征收集与分析

总结重症鹦鹉热肺炎的临床表现、实验室检查和影像学特征。

从电子病历提取症状、实验室数据、CT影像资料,并进行统计分析。

3

治疗与结局评估

评估mNGS指导下的抗生素治疗对重症鹦鹉热肺炎的疗效。

患者确诊后改用米诺环素治疗,观察体温、呼吸功能及临床结局。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
天根微量DNA提取试剂盒Tiangen BiotechDP316
安捷伦2100Agilent--
BGISEQ-100测序平台Beijing Genomics Institute--
米诺环素----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
mNGS检测
检测样本类型(血液或肺泡灌洗液)、核酸提取试剂盒、测序平台、分析参考基因组hg19、微生物数据库
阅读提示:Patients and methods: mNGS操作步骤
病例纳入
重症社区获得性肺炎诊断标准、mNGS检出鹦鹉热衣原体、常规病原学检查阴性
阅读提示:Patients and methods: Diagnostic criteria for severe psittacosis pneumonia
治疗
抗生素方案:确诊后改为米诺环素,至少2周
阅读提示:Results: Treatment
影像学评估
CT扫描时间点及影像特征
阅读提示:Results: Technical investigations, Figure 1-2