病例筛选与样本收集
确定2012-2018年间西奈山医院所有经过HPV检测的头颈部鳞状细胞乳头状瘤病例,建立研究队列。
通过检索手术病理档案,筛选出134例进行过HPV检测的SPs,其中131例有足够细胞材料,2例因检测结果不确定被排除,最终129例纳入研究。
The Prevalence, Anatomic Distribution and Significance of HPV Genotypes in Head and Neck Squamous Papillomas as Detected by Real-Time PCR and Sanger Sequencing
研究包含回顾性病例分析、HPV检测(实时PCR、Sanger测序)、p16免疫组化验证,但缺乏功能实验和动物模型,证据层级有限。
头颈部鳞状细胞乳头状瘤临床样本(129例) 喉部乳头状瘤(含复发性呼吸道乳头状瘤病病例) 口腔及口咽部乳头状瘤
HPV检测方法:实时PCR(针对L1区域),基因分型采用Sanger测序 样本来源:2012-2018年西奈山医院手术病理档案 组织样本类型:福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织切片 高危HPV阳性病例需复核形态学、p16免疫组化及重复PCR检测 复发性呼吸道乳头状瘤(RRP)定义:黏膜连续区域出现多发融合SP和/或同一解剖部位随时间复发
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定2012-2018年间西奈山医院所有经过HPV检测的头颈部鳞状细胞乳头状瘤病例,建立研究队列。
通过检索手术病理档案,筛选出134例进行过HPV检测的SPs,其中131例有足够细胞材料,2例因检测结果不确定被排除,最终129例纳入研究。
检测SPs中HPV的存在,并确定具体基因型,区分低危和高危型HPV。
采用实时PCR检测HPV L1区域进行筛查,阳性样本通过高分辨率熔解曲线分析确认,并用HPV16/18特异性PCR及Sanger测序进行基因分型。
验证初始报告为高危HPV阳性的病例是否为真阳性,排除假阳性。
对高危HPV阳性病例进行切片复查、p16免疫组化染色、原始PCR曲线回顾,并重复PCR检测。
分析HPV状态与人口学特征、解剖部位及临床分类(RRP vs 孤立性SP)的相关性。
收集临床、人口学和病理信息,包括p16免疫组化结果和解剖部位,并进行统计学比较。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | Maxwell 16 FFPE组织LEV DNA试剂盒 | Promega | -- |
| DNA质量检测 | NanoDrop ND-2000c分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| HPV检测 | LightCycler 480高分辨率熔解试剂盒 | -- | -- |
| p16免疫组化 | p16小鼠单克隆抗体 | MTM Laboratories | -- |
| Ultra view聚合物检测试剂盒 | Ventana Medical Systems | -- | |
| Ventana BenchMark XT自动染色仪 | Ventana | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HPV检测 | 实时PCR引物(GP5+/GP6+)和检测程序;高分辨率熔解曲线分析条件;HPV16/18特异性PCR引物和探针 阅读提示:Methods: Human Papillomavirus DNA Genotyping |
| p16免疫组化 | p16阳性判读标准(弥漫染色,>75%肿瘤细胞);抗原修复条件(10 mM柠檬酸盐缓冲液,92°C 30分钟) 阅读提示:Methods: p16 Immunohistochemistry |
| 病例选择与分类 | 纳入标准(2012-2018年西奈山医院进行HPV检测的SPs);RRP定义(连续区域多发融合SP和/或同一部位复发) 阅读提示:Methods: Patients |
| 高危HPV阳性复核 | 重复PCR检测的条件(新鲜切片);原始PCR曲线阈值(循环阈值40) 阅读提示:Results: 描述3例初始HPV16阳性复核过程;Figure 2 legend |