表位定位与P2-1设计
确定有害抗TN抗体mAb9的表位,并设计具有改善溶解性和稳定性的衍生物P2-1。
通过点印迹法鉴定mAb9的表位为P2,并通过计算机建模预测其结构。将P2序列进行修饰,去除疏水性苯丙氨酸、引入亲水性苏氨酸、替换甲硫氨酸和半胱氨酸,以改善溶解性和氧化稳定性。
Repurposing a detrimental antibody epitope as targeted therapeutics for sepsis and rheumatoid arthritis
包含动物模型(CLP脓毒症、CAIA关节炎)、细胞实验(人PBMCs、巨噬细胞)、分子实验(SPR、RNA-seq)及组织学验证,多层级验证明确。
BALB/c小鼠CLP脓毒症模型 BALB/c小鼠胶原抗体诱导关节炎模型 人外周血单个核细胞(PBMCs) 人巨噬细胞
P2-1剂量与给药时间点(0.1或1.0 mg/kg,CLP后不同时间) P2-1与HMGB1结合亲和力(KD=16.87±9.07 nmol/L) P2-1选择性抑制HMGB1诱导的Ctsl mRNA和pCTS-L分泌 pCTS-L中和抗体mAb2在CAIA模型中的剂量依赖性效果 动物模型中的性别分别评估与合并条件
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定有害抗TN抗体mAb9的表位,并设计具有改善溶解性和稳定性的衍生物P2-1。
通过点印迹法鉴定mAb9的表位为P2,并通过计算机建模预测其结构。将P2序列进行修饰,去除疏水性苯丙氨酸、引入亲水性苏氨酸、替换甲硫氨酸和半胱氨酸,以改善溶解性和氧化稳定性。
评估P2和P2-1在CLP诱导的脓毒症模型中的保护效果。
对小鼠进行CLP手术,然后给予P2或P2-1,监测生存率和血清细胞因子/趋化因子水平。
评估P2-1和pCTS-L中和抗体在CAIA模型中的治疗效果。
通过给小鼠注射抗II型胶原抗体和LPS诱导关节炎,然后给予P2-1或mAb2,评估关节炎严重程度、疼痛敏感性和关节组织炎症。
阐明P2-1与HMGB1的结合及其对HMGB1诱导的细胞反应的影响。
利用SPR和计算对接分析P2-1与HMGB1的结合;用HMGB1加或不加P2-1刺激人PBMCs和巨噬细胞,检测Ctsl mRNA、pCTS-L分泌和细胞死亡。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | BALB/c小鼠 | Jackson Laboratory | -- |
| BALB/c小鼠 | Charles River Laboratories | -- | |
| CAIA模型 | 抗II型胶原抗体混合物 | Chondrex, Inc. | -- |
| 脂多糖 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 蛋白表达与纯化 | pCAL-n载体 | -- | -- |
| 大肠杆菌BL21 (DE3) pLysS细胞 | -- | -- | |
| 肽合成 | P2肽 | GenScript | U114VHD110-1/PE6854 |
| P2-1肽 | GenScript | U114VHD110-4/PE6857 | |
| SPR分析 | OpenSPR | Nicoya Life Science | -- |
| HBS-P缓冲液 | GE Healthcare | -- | |
| PBMC培养 | Ficoll-Paque PLUS | -- | -- |
| RPMI-1640培养基 | Invitrogen | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Invitrogen | -- | |
| 青霉素 | Invitrogen | -- | |
| 链霉素 | Invitrogen | -- | |
| RNA-seq | RNeasy Mini试剂盒 | Qiagen | -- |
| TruSeq RNA文库制备试剂盒v2 | Illumina | -- | |
| NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| 细胞因子分析 | 小鼠细胞因子抗体阵列 | RayBiotech Inc. | AAM-CYM-3-8 |
| 人细胞因子抗体阵列 | RayBiotech Inc. | AAH-CYT-3-8 | |
| Western blot | Amicon Ultra离心过滤器 | MilliporeSigma | UFC801096 |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| UN-SCAN-IT凝胶分析软件 | Silk Scientific Inc. | -- | |
| 组织学 | EDTA/蔗糖溶液 | Newcomer Supply | 1048B |
| Nikon Eclipse Ti2显微镜 | Nikon | -- | |
| 疼痛评估 | Von Frey纤维丝 | Stoelting Co. | -- |
| HMGB1内吞实验 | 动力素抑制剂 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CLP脓毒症模型 | 小鼠品系、年龄、性别;CLP手术具体操作;P2-1剂量(0.1或1.0 mg/kg)和给药时间点(如2、20、24、28、44、48、52小时);对照组处理;生存率监测时长 阅读提示:Methods: Animal models and ethics statement, Cecal ligation and puncture (CLP) sepsis model; Figure 2 legends |
| CAIA关节炎模型 | 小鼠品系、年龄;α-CII和LPS剂量及给药时间(Day 0和Day 3);P2-1剂量(1.0或2.0 mg/kg)和给药方案(预防或治疗,每日);关节炎评分标准;Von Frey测试参数 阅读提示:Methods: Collagen antibody-induced arthritis (CAIA) model, Pain sensitivity assessment; Figure 4 and Additional file 1: Fig. S6 legends |
| PBMC实验 | PBMC分离方法(Ficoll密度梯度离心);培养条件(培养基、血清、抗生素);HMGB1刺激浓度(0.5或2.0 µg/ml)和时间(16小时);P2-1浓度(5.0或10.0 µg/ml);pCTS-L检测方法(Western blot) 阅读提示:Methods: Human peripheral blood mononuclear cell (PBMC) isolation and culture, Western blotting analysis of pCTS-L; Figure 6 legends |
| SPR结合实验 | HMGB1固定化方法;P2-1浓度范围;缓冲液(HBS-P);KD计算模型(1:1结合);重复次数(n=3 technical replicates) 阅读提示:Methods: Surface plasmon resonance (SPR) assay; Figure 5a legend |
| RNA-seq分析 | RNA提取试剂盒(RNeasy Mini Kit);文库制备试剂盒(TruSeq RNA Library Prep Kit v2);测序平台(NovaSeq 6000);生物重复数(n=6);差异表达基因筛选阈值(adjusted P < 0.05, |log2 fold change| > 1) 阅读提示:Methods: RNA sequencing (RNA-Seq) and bioinformatics analysis; Figure 6a legend |