建立鱼藤酮诱导的PD小鼠模型并给予B. coprocola治疗
评估B. coprocola对PD小鼠模型的影响
C57BL/6J小鼠随机分为对照组、模型组和B. coprocola组,模型组腹腔注射鱼藤酮(2 mg/kg)3周,随后B. coprocola组口服灌胃B. coprocola(108 CFU/只/天)3周,对照组和模型组给予溶剂。
Bacteroides coprocola protects dopaminergic neurons in rotenone-induced Parkinson's disease mouse model by modulating gut microbiota dysbiosis and inhibiting the NLRP3 signaling pathway
包含体内动物模型、体外细胞实验、组学测序等多层级证据,并进行功能验证和机制验证。
鱼藤酮诱导的帕金森病小鼠模型 LPS诱导的骨髓来源巨噬细胞模型 小鼠原代巨噬细胞
鱼藤酮腹腔注射剂量为2 mg/kg,每日一次,持续3周 B. coprocola口服灌胃剂量为108 CFU/只/天,持续3周 LPS浓度1 μg/ml,ATP浓度1 mM,刺激BMDMs 24小时 乙酸钠处理浓度5 mM,丁酸钠处理浓度0.5 mM 每组样本量为5或6(如动物实验每组5-15只)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估B. coprocola对PD小鼠模型的影响
C57BL/6J小鼠随机分为对照组、模型组和B. coprocola组,模型组腹腔注射鱼藤酮(2 mg/kg)3周,随后B. coprocola组口服灌胃B. coprocola(108 CFU/只/天)3周,对照组和模型组给予溶剂。
检测B. coprocola对PD相关行为和胃肠功能的影响
通过转棒实验、爬杆实验、平衡木实验评估运动功能;测量肠道推进距离、结肠长度和粪便含水量评估胃肠功能。
检测B. coprocola对多巴胺能神经元和α-突触核蛋白的影响
通过免疫荧光和免疫组化检测脑和结肠中TH阳性细胞、α-syn和pS129-α-syn的表达。
评估B. coprocola对肠道菌群多样性和组成的影响
收集粪便样本,提取DNA,进行16S rRNA V3-V4区域扩增和Illumina MiSeq测序,分析α多样性和β多样性及菌属相对丰度。
检测B. coprocola对紧密连接蛋白和LPS渗漏的影响
通过Western blot和免疫荧光检测ZO-1和occludin表达,ELISA检测结肠、血液和中脑中的LPS和LBP水平。
检测B. coprocola对肠道-血液-大脑轴中M1/M2巨噬细胞极化的影响
从结肠、血液和脑中分离单细胞,使用流式细胞术分析CD80+ M1和CD206+ M2巨噬细胞的比例。
验证B. coprocola对NLRP3炎症小体通路的抑制作用
通过Western blot检测中脑和结肠中TLR4, MyD88, p-IκB-α, NF-κB, NLRP3, caspase-1, IL-1β和IL-6蛋白水平;ELISA检测血液中IL-1β和IL-6。
鉴定B. coprocola产生的潜在活性代谢物
通过GC-MS和LC-MS/MS检测粪便和B. coprocola培养上清液中短链脂肪酸,并进行PCA和PLS-DA分析。
提供B. coprocola的基因组见解,特别是脂肪酸合成相关基因
提取高质量DNA,使用Illumina和PacBio/Nanopore平台测序,组装环形基因组,进行COG和KEGG功能注释。
验证乙酸和丁酸对巨噬细胞极化和NLRP3通路的影响
将BMDMs用LPS+ATP诱导,加入NaA或NaB,通过流式细胞术和Western blot检测极化标志物和NLRP3通路蛋白。
验证FFAR2/3是乙酸和丁酸调节巨噬细胞极化和NLRP3通路的关键受体
使用siRNA Smart Pool转染BMDMs,敲低FFAR2/3,随后用NaA或NaB处理,通过流式细胞术和Western blot检测M1/M2极化和NLRP3通路蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型构建 | 鱼藤酮 | Sigma-Aldrich | 83-79-4 |
| 二甲基亚砜 | Beyotime | ST038 | |
| 动物灌胃 | 粪居拟杆菌 | Mingzhoubio | -- |
| PCR鉴定 | PCR试剂 | Yeasen | 10102ES03 |
| 动物实验 | 伊文思蓝 | Sigma-Aldrich | 314-13-6 |
| 羧甲基纤维素钠 | Sigma-Aldrich | 9004-32-4 | |
| 动物麻醉 | 三溴乙醇 | -- | -- |
| 流式细胞术 | Fc受体阻断剂 | BD | 553141 |
| Zombie Aqua™ 可固定活力试剂盒 | BioLegend | 423101 | |
| eBioscience™ Foxp3试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 00-5523-00 | |
| Cyto FLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 血液裂解 | 裂解液 | BD | 555899 |
| 脑组织消化 | 神经组织解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-107-677 |
| 胃蛋白酶 | MedChemExpress | HY-P1635 | |
| 结肠消化 | RPMI-1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11875093 |
| 胎牛血清 | Capricorn | FBS-26A | |
| Liberase | Sigma-Aldrich | 5401020001 | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Roche | 11284932001 | |
| 密度梯度离心 | Percoll分离液 | Yeasen | 40501ES60 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P1046 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | A55860 | |
| HRP偶联抗兔二抗 | Abclonal | AS038 | |
| HRP偶联抗鼠二抗 | Abclonal | AS003 | |
| ECL化学发光试剂盒 | Epizyme | SQ201 | |
| NLRP3抗体 | Adipogen | AG-20B-0014-C100 | |
| IL-6抗体 | Abclonal | A0286 | |
| ZO-1抗体 | Proteintech | 21773-1-AP | |
| Occludin抗体 | Proteintech | 27260-1-AP | |
| NF-κB抗体 | Abclonal | A19653 | |
| SIRT1抗体 | CST | 9475 | |
| caspase-1抗体 | CST | 24232 | |
| Iba-1抗体 | CST | 17198 | |
| 磷酸化IκBα抗体 | HUABIO | HA722770 | |
| FFAR2抗体 | Proteintech | 84544-1-RR | |
| FFAR3抗体 | HUABIO | ER63606 | |
| TLR4抗体 | Abclonal | A5258 | |
| MyD88抗体 | CST | 4283 | |
| IL-1β抗体 | Thermo Fisher Scientific | P420B | |
| β-肌动蛋白抗体 | Abclonal | AC026 | |
| 免疫荧光 | OCT包埋剂 | Sakura Finetek | 4583 |
| Leica切片机 | Leica Microsystems | -- | |
| 微波炉 | Midea | M1-211A | |
| 柠檬酸盐缓冲液 | Servicebio | G1202 | |
| Triton X-100 | Sigma | X100-5 | |
| 正常山羊血清 | Beyotime | C0265 | |
| TH抗体 | Thermo Fisher Scientific | P21962 | |
| α-突触核蛋白抗体 | CST | 4179 | |
| Iba-1/AIF-1抗体 | CST | 17198 | |
| Alexa 488偶联山羊抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific | A32723 | |
| HRP偶联驴抗兔 | Abclonal | AS038 | |
| Alexa 594偶联山羊抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific | A11005 | |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Vazyme Biotech | R411-01 |
| PrimeScript RT-PCR试剂盒 | Abclonal | RK20433 | |
| SYBR Premix Ex Taq | Vazyme Biotech | R433 | |
| QuantStudio 7平台 | Life Technologies | -- | |
| 引物 | GENEWIZ | -- | |
| ELISA | ELISA试剂盒 | Jianglai Industrial Limited | JL20691, JL29644, JL20268, JL18442 |
| 16S rRNA测序 | QIAamp DNA粪便迷你试剂盒 | QIAGEN | 51604 |
| Illumina MiSeq测序系统 | Illumina | -- | |
| BMDM培养 | 重组小鼠巨噬细胞集落刺激因子 | PeproTech | 315-02-10UG |
| 脂多糖 | Shandong Sparkjade Biotechnology | SJ-MB0005 | |
| 三磷酸腺苷 | Shandong Sparkjade Biotechnology | SJ-MN0102A | |
| BMDM处理 | 乙酸钠 | Absin | abs42027403 |
| 丁酸钠 | MedChemExpress | HY-B0350A | |
| siRNA转染 | Lipofectamine™ RNAiMAX试剂 | Invitrogen | 13778030 |
| 靶向FFAR2/3的siRNA | GenePharma | -- | |
| 显微镜观察 | 倒置显微镜 | Nikon | Ti-S |
| 荧光显微镜 | 荧光显微镜 | Nikon CSU-W1 Sora 2 Camera; Olympus Corporation | VS120-S6-W |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 鱼藤酮腹腔注射剂量为2 mg/kg,每日一次,持续3周;溶剂为2% DMSO;C57BL/6J雄性小鼠6周龄,体重20-22g 阅读提示:Materials and methods: Animals and experimental design; Rotenone model induction and administration |
| B. coprocola处理 | B. coprocola规格为108 CFU/只/天,口服灌胃,每日一次,持续3周;菌液溶解在PBS中,灌胃在15分钟内完成 阅读提示:Materials and methods: B. coprocola identification, culture and administration |
| 行为学测试 | 转棒实验初始速度4 rpm,加速至30 rpm,最大时间120s;爬杆实验记录从杆顶到平台的时间;平衡木实验记录通过时间;每个实验重复3次,间隔30分钟 阅读提示:Materials and methods: Behavioral tests |
| 胃肠功能评估 | 肠道推进距离使用2.5% Evans blue(0.3 ml)经口给予,麻醉后测量;结肠长度从盲肠末端到肛门 阅读提示:Materials and methods: Intestinal transit distance and colon length measurement |
| 流式细胞术 | 抗体组合:CD11b-APC, CD45-Percp/Cy5.5, CD86-BV421, CD206-PE, F4/80-BV650, CD80-FITC;使用FMO对照设置门;样本制备方法需遵循方案 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry; Figure S5 for gating strategy |
| Western blot | 抗体稀释比例:anti-NLRP3 1:1000, anti-IL-6 1:1000, anti-ZO-1 1:5000, anti-Occludin 1:5000, anti-NF-κB 1:1000, anti-SIRT1 1:1000, anti-caspase-1 1:1000, anti-Iba-1 1:1000, anti-p-IκBα 1:5000, anti-FFAR2 1:1000, anti-FFAR3 1:1000, anti-TLR4 1:1000, anti-MyD88 1:1000, anti-IL-1β 1:1000;β-actin 1:100000;二抗1:5000 阅读提示:Materials and methods: Western blotting |
| 肠道菌群测序 | 每只小鼠收集5个粪便颗粒;DNA提取使用QIAamp DNA Stool Mini Kit;PCR扩增V3-V4区,引物357F/806R;测序平台Illumina MiSeq 阅读提示:Materials and methods: Fecal DNA extraction and 16S RNA sequencing |
| 体外BMDM实验 | BMDMs在20 ng/mL M-CSF下培养7天;LPS(1 μg/ml)+ATP(1 mM)刺激24h诱导M1;NaA 5 mM或NaB 0.5 mM处理24h;siRNA转染使用Lipofectamine RNAiMAX,转染48h后刺激 阅读提示:Materials and methods: Polarization of mouse BMDMs and SCFA treatment; siRNA transfection |
| SCFA分析 | 粪便样本400 mg,预处理包括研磨和超声;使用GC-MS和LC-MS/MS检测;B. coprocola培养上清液也进行分析 阅读提示:Materials and methods: Fecal sample collection and SCFA level measurement |
| 统计分析 | 多组比较采用单因素方差分析,后采用Tukey's检验或Games-Howell检验;两组比较采用Mann-Whitney U检验或非配对t检验;显著性水平P<0.05 阅读提示:Materials and methods: Statistical analysis |