鼻微生物组和噬菌体组特征与学龄儿童未来呼吸道病毒感染风险相关

背景：呼吸道病毒感染在儿童中较为常见，并可诱发哮喘急性发作。鼻腔微生物组和噬菌体组（感染微生物的病毒）的作用尚不明确。目的：描述学龄期哮喘患儿呼吸道病毒感染的流行病学特征，并探讨鼻腔微生物组、噬菌体组与病毒感染之间的相互作用。方法：我们对227名学龄期哮喘患儿在一年内常规采集的三次共375份鼻腔样本进行宏基因组测序和呼吸道病毒RT-qPCR检测。每两个月定期收集家长报告的感冒和哮喘症状调查。我们评估了感染期间鼻腔微生物组的多界变化，并运用sPLS-DA模型识别与前瞻性病毒感染风险相关的微生物特征。结果：124份样本（33%）检出呼吸道病毒，其中鼻病毒最为常见。过去14天内感冒症状和哮喘症状对RT-qPCR确诊感染的敏感度分别为79%和59%。呼吸道病毒感染会加重哮喘症状，伴随鼻腔细菌多样性下降和致病共生菌的重复性增殖，而真菌组和噬菌体组无显著变化。基线时以细菌组为主导的微生物谱具有保护作用（校正后OR值0.41[95% CI, 0.25 - 0.67]；P < 0.001），而噬菌体组特征则会增加病毒感染风险（校正后OR值3.74[1.85 - 7.55]；P < 0.001）。特定噬菌体与表皮葡萄球菌丰度呈负相关，后者是对抗感染风险最具保护性的共生菌。结论：鼻腔微生物组与噬菌体组对呼吸道病毒感染风险产生相反的影响，这提示它们在调节病毒感染易感性中可能发挥重要作用。