评估AKR1B1在免疫细胞中的表达及与预后的相关性
确定AKR1B1在肿瘤免疫微环境中的表达模式及其与患者预后的关联。
利用TCGA数据库分析AKR1B1表达与免疫浸润的相关性,并在TNBC和LUAD患者队列中进行免疫荧光染色检测AKR1B1表达。
Targeting AKR1B1 reprograms tumor-associated macrophages to enhance antitumor immunity
包含细胞系体外实验、BMDM体外共培养、4T1/LLC/E0771小鼠模型、Akr1b3基因敲除小鼠、患者样本队列分析及RNA-seq、代谢组学等多层级验证。
4T1乳腺癌小鼠模型 LLC肺癌小鼠模型 E0771乳腺癌小鼠模型 Akr1b3基因敲除小鼠来源的骨髓来源巨噬细胞
依帕司他给药剂量80 mg/kg,每日一次,口服 巨噬细胞清除使用氯膦酸盐脂质体,150 µL(7 mg/mL)每3-4天一次 CCR5拮抗剂马拉维罗剂量15 mg/kg,瘤内注射 抗PD-1抗体(克隆RMP1-14)剂量200 µg/小鼠,腹腔注射 4T1和LLC肿瘤模型中每组小鼠数量n=5
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定AKR1B1在肿瘤免疫微环境中的表达模式及其与患者预后的关联。
利用TCGA数据库分析AKR1B1表达与免疫浸润的相关性,并在TNBC和LUAD患者队列中进行免疫荧光染色检测AKR1B1表达。
验证药理学抑制AKR1B1是否抑制肿瘤生长。
在4T1和LLC同系小鼠模型中,给予依帕司他治疗,测量肿瘤体积和重量。
确定AKR1B1抑制对免疫细胞浸润和功能的影响。
通过流式细胞术分析肿瘤浸润免疫细胞亚群,包括CD8+ T细胞、巨噬细胞极化和效应分子表达。
确定巨噬细胞是AKR1B1抑制介导抗肿瘤免疫的关键细胞类型。
使用氯膦酸盐脂质体清除巨噬细胞后,观察依帕司他的抗肿瘤效果;并将Akr1b3-/- BMDMs与肿瘤细胞共植入野生型小鼠,检测肿瘤生长和免疫反应。
探究AKR1B1抑制是否将巨噬细胞重编程为M1样表型。
在体外,用肿瘤条件培养基处理BMDMs,给予依帕司他或使用Akr1b3-/- BMDMs,检测M1/M2标志物表达。
确定AKR1B1调控巨噬细胞极化和T细胞功能的信号通路。
通过RNA-seq、Western blot、代谢组学等,分析NF-κB信号、GSH/ROS代谢及CCL5表达。
确定CCL5-CCR5轴是否介导AKR1B1抑制增强T细胞功能的效应。
在体外共培养和体内模型中,使用CCR5拮抗剂或抗CCL5抗体处理,观察对CD8+ T细胞功能的影响。
评估依帕司他与抗PD-1联合治疗是否增强抗肿瘤效果。
在4T1和LLC模型中,单独或联合使用依帕司他和抗PD-1抗体,监测肿瘤生长和免疫指标。
验证AKR1B1表达与患者预后及免疫抑制的相关性。
在TNBC和LUAD患者队列中,检测AKR1B1表达与巨噬细胞浸润、分期及总生存期的关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | BasalMedia | L110KJ |
| 胎牛血清 | BI | 04-001-1A | |
| 青霉素-链霉素 | BasalMedia | S110JV | |
| 支原体检测试剂 | Vazyme | D101 | |
| 细胞转染 | 脂质体转染试剂3000 | Thermo Fisher Scientific | L3000015 |
| 细胞增殖检测 | IncuCyte ZOOM活细胞分析系统 | Essen BioScience | -- |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Proteintech | -- |
| 细胞增殖检测 | 羧基荧光素二醋酸琥珀酰亚胺酯 | BioLegend | 423801 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-APC/PI凋亡检测试剂盒 | MultiSciences | AP107 |
| ROS检测 | ROS染色工作液 | MCE | HY-D0940 |
| 细胞培养 | 巨噬细胞集落刺激因子 | -- | -- |
| T细胞活化 | 抗CD3抗体 | BioLegend | 145-2C11 |
| 抗CD28抗体 | BioLegend | 37N | |
| T细胞培养 | β-巯基乙醇 | -- | -- |
| 4-羟乙基哌嗪乙磺酸 | -- | -- | |
| 细胞因子染色 | 莫能霉素 | BD | 55472 |
| 动物实验 | 依帕司他 | -- | -- |
| 马拉维罗 | MCE | -- | |
| 抗PD-1抗体 | Bio X Cell | BE0146 | |
| 肿瘤组织消化 | 脱氧核糖核酸酶I | Roche | -- |
| 胶原酶IV | Sigma Aldrich | -- | |
| 流式染色 | Zombie Aqua可固定活力染料试剂盒 | BioLegend | -- |
| 抗CD16/32抗体 | BioLegend | 93 | |
| 流式细胞术 | BD LSRFortessa X-20流式细胞仪 | BD | -- |
| 流式数据分析 | FlowJo软件 | -- | -- |
| 荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Beyotime | RG027 |
| 代谢组学 | 液相色谱-串联质谱联用 | -- | -- |
| RNA提取 | RNAFastPure细胞/组织总RNA提取试剂盒V2 | Vazyme | RC112 |
| 逆转录 | HiScript III一步法逆转录预混液 | Vazyme | R333 |
| RT-qPCR | Taq Pro通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q712 |
| LightCycler 480实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | -- | |
| 化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | 34095 | |
| Odyssey FC成像系统 | LI-COR Biosciences | -- | |
| ELISA | IL-12p70、CCL3、CCL4和CCL5 ELISA试剂盒 | Multisciences | -- |
| 细胞因子芯片 | 小鼠细胞因子芯片试剂盒 | R&D Systems | ARY006 |
| 免疫荧光 | 抗颗粒酶B抗体 | Abcam | ab255598 |
| 抗CD8抗体 | Abcam | ab37291 | |
| 抗iNOS抗体 | Abcam | ab37291 | |
| 抗CD206抗体 | Cell Signaling | 77699 | |
| 抗CD68抗体 | Abcam | ab955 | |
| 抗AKR1B1抗体 | Abcam | ab75236 | |
| DyLight 488标记二抗 | Thermo | -- | |
| DyLight 594标记二抗 | Thermo | -- | |
| 组织切片 | Leica正置显微镜 | Leica Microsystems | -- |
| 组织芯片 | 柠檬酸盐缓冲液 | MXB | MVS-0101 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、FBS浓度、抗生素使用 阅读提示:Methods: Cell lines and cell culture |
| 小鼠模型 | 小鼠品系、年龄、性别、肿瘤细胞系、接种数量和部位 阅读提示:Methods: Mouse tumor models and treatment regimen |
| 药物处理 | 依帕司他剂量和给药途径(80 mg/kg,口服),治疗起始时间 阅读提示:Methods: Mouse tumor models and treatment regimen |
| 巨噬细胞清除 | 氯膦酸盐脂质体剂量(150 µL,7 mg/mL)和给药频率 阅读提示:Methods: Mouse tumor models and treatment regimen |
| CCR5拮抗剂处理 | 马拉维罗剂量(15 mg/kg)和给药途径(瘤内注射) 阅读提示:Methods: Mouse tumor models and treatment regimen |
| 免疫细胞分析 | 流式抗体克隆、染色方案、仪器设置 阅读提示:Methods: Flow cytometry staining and analysis |
| BMDM生成 | BMDM来源(WT或Akr1b3-/-)、M-CSF浓度(20 ng/mL)、培养时间 阅读提示:Methods: Generation of naïve bone marrow-derived macrophages and stimulation |
| RNA-seq分析 | 测序平台、比对工具、差异表达筛选标准(adjusted p<0.01) 阅读提示:Methods: RNA sequencing and data analysis |
| 代谢组学分析 | 样品制备、色谱质谱参数、代谢物鉴定平台 阅读提示:Methods: Liquid chromatography with tandem mass spectrometry and data analysis |
| 生存分析 | 患者队列、分组标准(中位数)、统计方法(Cox回归) 阅读提示:Methods: Survival analysis using the TIDE database |