识别候选调控增强子
通过共表达分析识别可能调控CALCRL表达的增强子。
使用GRO-Seq数据,通过弹性网络回归分析eRNA与基因共表达,识别出enhancer-8与CALCRL表达相关。
Coronary Artery Disease Risk Variant Dampens the Expression of CALCRL by Reducing HSF Binding to Shear Stress Responsive Enhancer in Endothelial Cells In Vitro
包含体外细胞模型(TeloHAEC、HAEC、HCAEC)、CRISPR-Cas9增强子删除、siRNA敲低、荧光素酶报告基因、EMSA、ChIP-qPCR、RNA-Seq等多项功能与机制验证。
人主动脉内皮细胞(TeloHAEC、HAEC) 原代人冠状动脉内皮细胞(HCAEC)
rs880890的A/G等位基因对增强子活性的差异影响 剪切应力条件(单向流 vs 扰动流)下HSF1结合变化 CRISPR-Cas9介导的增强子删除对CALCRL表达的影响 HSF1敲低对CALCRL表达和增强子活性的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过共表达分析识别可能调控CALCRL表达的增强子。
使用GRO-Seq数据,通过弹性网络回归分析eRNA与基因共表达,识别出enhancer-8与CALCRL表达相关。
测试候选增强子在不同细胞类型中的活性。
将携带rs880890的698bp片段克隆到荧光素酶报告载体,转染多种细胞系,检测增强子活性。
确定rs880890和rs840585等位基因对增强子活性的影响。
通过荧光素酶报告基因和STARR-Seq比较不同单倍型活性,聚焦rs880890。
检验HSF1是否差异结合rs880890的A和G等位基因。
通过EMSA和等位基因特异性ChIP-qPCR检测HSF1结合。
测试单向流和扰动流下增强子活性和CALCRL表达的变化。
将细胞暴露于单向流或扰动流,进行荧光素酶报告基因、ATAC-seq、ChIP-seq和RT-qPCR分析。
通过CRISPR删除和siRNA敲低验证增强子和CALCRL对下游通路和细胞功能的影响。
CRISPR-Cas9删除372bp增强子区域,siRNA敲低CALCRL,进行增殖、管形成、NO产生等实验。
识别CALCRL调控的基因和通路。
对CALCRL敲低和增强子删除样本进行RNA-Seq,并进行WGCNA和功能富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 血管细胞基础培养基 | ATCC | PCS-100-030 |
| 内皮细胞生长试剂盒-VEGF | ATCC | PCS-100-041 | |
| DMEM培养基 | Lonza | -- | |
| 胎牛血清 | GIBCO | -- | |
| MV2培养基 | Promocell | -- | |
| 基因编辑 | Alt-R CRISPR-Cas9系统 | IDT | -- |
| Neon转染系统 | -- | -- | |
| 基因表达分析 | RNeasy迷你试剂盒 | Qiagen | -- |
| RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| SYBR green qPCR | -- | -- | |
| StepOne实时PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 荧光素酶报告基因 | hSTARR-seq_ORI质粒 | Addgene | 99296 |
| pGL4.75载体 | Promega | -- | |
| Lipofectamine干细胞转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | STEM00008 | |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1980 | |
| 剪切应力实验 | Ibidi泵系统Quad | ibidi GmbH | 10906 |
| Ibidi μ-Slide VI | ibidi GmbH | 80606 | |
| PureCol胶原溶液 | Advanced BioMatrix | 5005 | |
| 灌注套装(红色) | ibidi GmbH | 10962 | |
| siRNA转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher | -- |
| CALCRL的Silencer Select siRNA(s19889和s19890) | Thermo Fisher | -- | |
| HSF1 siRNA(SI03246348) | Qiagen | -- | |
| 非靶向对照(1027310) | Qiagen | -- | |
| RNA提取和逆转录 | GenElute™哺乳动物总RNA小提试剂盒 | Sigma Aldrich | -- |
| High-Capacity cDNA逆转录试剂盒 | ThermoFisher | -- | |
| RT-qPCR | SYBR Green MasterMix | Roche | -- |
| ChIP-qPCR | Pierce琼脂糖ChIP试剂盒 | Thermo Scientific | -- |
| 抗HSF1抗体 | Cell Signaling Technology | 4356 | |
| LightCycler 480 II | Roche | -- | |
| 蛋白质印迹 | Any kD™ Mini-PROTEAN® TGX Stain-Free™蛋白凝胶 | Bio-Rad Laboratories | 4568123 |
| 抗CALCRL抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-50644 | |
| 抗GAPDH抗体 | Thermo Fisher Scientific | 39-8600 | |
| Pierce™ ECL Plus Western印迹底物 | Thermo Fisher Scientific | 32134 | |
| ChemiDoc | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| EMSA | LightShift™化学发光EMSA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 20148 |
| 6%阻滞凝胶 | Invitrogen | EC6365BOX | |
| RNA测序 | QuantSeq 3' mRNA-Seq文库制备试剂盒FWD | Lexogen | -- |
| Qubit dsDNA HS检测试剂盒 | ThermoFisher Scientific | Q32854 | |
| 高灵敏度DNA试剂盒 | Agilent Technologies | 5067-4626 | |
| Illumina NextSeq 500测序仪 | Illumina | -- | |
| NO检测 | 硝酸盐比色检测试剂盒 | Cayman chemical | 780001 |
| 细胞毒性检测 | LDH细胞毒性检测试剂盒 | Cayman chemicals | 601170 |
| 氧化低密度脂蛋白 | Thermofisher | L34357 | |
| 低密度脂蛋白 | Thermofisher | L3486 | |
| 细胞功能分析 | xCELLigence DP系统 | ACEA Biosciences | -- |
| 管形成实验 | Matrigel基底膜基质 | Corning | -- |
| Incucyte (S3系统) | Sartorius | 4647 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 增强子活性检测(荧光素酶报告基因) | 细胞类型(TeloHAEC等)、转染试剂、载体构建、rs880890等位基因 阅读提示:Methods: Dual Luciferase reporter assays; Figure 2D |
| 转录因子结合验证(EMSA) | 核提取物来源、探针序列、竞争实验条件 阅读提示:Methods: EMSA; Figure 3A |
| 等位基因特异性ChIP-qPCR | HAEC供体基因型、ChIP抗体、TaqMan assay 阅读提示:Methods: Allele specific ChIP-qPCR; Figure 3B |
| 剪切应力处理 | 流动装置、剪切应力模式(UF/DF)、剪切应力大小、时间(24小时)、培养基组成(含4%葡聚糖) 阅读提示:Methods: HSF1 knockdown and CALCRL expression under athero-relevant flows; Dual Luciferase reporter assays under athero-relevant flows |
| CRISPR-Cas9增强子删除 | gRNA序列、转染方法、删除区域大小、验证方法 阅读提示:Methods: CRISPR-Cas9–mediated enhancer deletion; Figure 1D |
| CALCRL敲低和功能实验 | siRNA序列、转染试剂、细胞密度、检测时间点(管形成、增殖、NO) 阅读提示:Methods: siRNA mediated knockdown of CALCRL; Cell proliferation assay; Tube formation assay |
| 转录组分析 | RNA-seq文库制备、测序平台、差异表达分析参数 阅读提示:Methods: RNA‐Sequencing and Data Analysis |