冠状动脉疾病风险变异通过减少HSF与内皮细胞中剪切应力响应增强子的结合来降低CALCRL表达(体外研究)

Coronary Artery Disease Risk Variant Dampens the Expression of CALCRL by Reducing HSF Binding to Shear Stress Responsive Enhancer in Endothelial Cells In Vitro

作者信息Ilakya Selvarajan, Miika Kiema, Ru-Ting Huang, Jin Li, Jiayu Zhu, Petri Pölönen, Tiit Örd, Kadri Õunap, Mehvash Godiwala, Anna Kathryn Golebiewski, Aarthi Ravindran, Kiira Mäklin, Anu Toropainen, Lindsey K Stolze, Maximiliano Arce, Peetra U Magnusson, Stephen White, Casey E Romanoski, Merja Heinäniemi, Johanna P Laakkonen, Yun Fang, Minna U Kaikkonen
PMID38602103
发布时间2024-06
DOI10.1161/ATVBAHA.123.318964

实验完整度

包含体外细胞模型(TeloHAEC、HAEC、HCAEC)、CRISPR-Cas9增强子删除、siRNA敲低、荧光素酶报告基因、EMSA、ChIP-qPCR、RNA-Seq等多项功能与机制验证。

主要模型

人主动脉内皮细胞(TeloHAEC、HAEC) 原代人冠状动脉内皮细胞(HCAEC)

重点核对

rs880890的A/G等位基因对增强子活性的差异影响 剪切应力条件(单向流 vs 扰动流)下HSF1结合变化 CRISPR-Cas9介导的增强子删除对CALCRL表达的影响 HSF1敲低对CALCRL表达和增强子活性的影响

摘要

背景:降钙素受体样(CALCRL)蛋白是内皮流体剪切应力反应的重要介质,与冠状动脉疾病(CAD)的遗传风险相关。在本研究中,我们对携带CAD风险SNP的非编码调控元件进行了功能表征,并研究了它们在内皮细胞中调控CALCRL表达的作用。方法:为了对CALCRL基因周围携带的CAD SNP进行功能表征,我们采用了整合方法,包括统计学、转录(RNA-Seq)和表观遗传学(ATAC-Seq、ChIP-qPCR、EMSA)分析,以及荧光素酶报告基因实验,并在人主动脉内皮细胞(HAECs)中进行靶向基因和增强子扰动(siRNA、CRISPR-Cas9)。结果:我们证明携带rs880890的调控元件表现出高增强子活性,并显示出显著的等位基因偏向。A等位基因优于G等位基因,尤其在剪切应力条件下,这是通过HSF1基序和结合的改变介导的。CRISPR删除rs880890增强子导致CALCRL表达下调,而热休克因子(HSF1)敲低导致rs880890增强子活性和CALCRL表达显著降低。与单向流相比,在扰动流下内皮细胞中HSF1与增强子区域的结合显著减少。CALCRL敲低以及变异扰动实验表明,CALCRL在介导eNOS、apelin、血管生成素、前列腺素和内皮素-1信号通路中发挥作用,导致细胞增殖、管形成和一氧化氮产生减少。结论:总体而言,我们的结果表明存在一个内皮特异性的热休克因子调控的转录增强子,介导CALCRL表达。更好地理解CALCRL基因调控以及SNP在调节CALCRL表达中的作用,可以为理解剪切应力信号反应的遗传调控提供重要步骤。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
CALCRL基因周围的非编码调控元件(特别是携带CAD风险SNP的增强子)如何在内皮细胞中调控CALCRL表达,以及剪切应力如何影响这一调控过程?
核心机制
rs880890的A等位基因增强HSF1与增强子的结合,促进CALCRL表达;扰动流减少HSF1结合和增强子活性,降低CALCRL表达,进而影响eNOS、apelin、血管生成素、前列腺素和内皮素-1信号通路,导致细胞增殖、管形成和NO产生减少。
主要证据
荧光素酶报告基因显示A等位基因增强子活性更高;EMSA和ChIP-qPCR显示A等位基因HSF1结合增加;CRISPR增强子删除和HSF1敲低降低CALCRL表达;RNA-Seq和功能实验显示CALCRL敲低影响相关通路和细胞功能。
研究意义
本研究揭示了一个新的机械敏感通路,HSF是发挥抗动脉粥样硬化作用的重要转录因子;为理解SNP如何通过剪切应力调控CALCRL表达提供机制,可能有助于理解冠心病遗传调控。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

识别候选调控增强子

通过共表达分析识别可能调控CALCRL表达的增强子。

使用GRO-Seq数据,通过弹性网络回归分析eRNA与基因共表达,识别出enhancer-8与CALCRL表达相关。

2

验证增强子的细胞类型特异性活性

测试候选增强子在不同细胞类型中的活性。

将携带rs880890的698bp片段克隆到荧光素酶报告载体,转染多种细胞系,检测增强子活性。

3

评估SNP等位基因对增强子活性的影响

确定rs880890和rs840585等位基因对增强子活性的影响。

通过荧光素酶报告基因和STARR-Seq比较不同单倍型活性,聚焦rs880890。

4

验证等位基因特异性的转录因子结合

检验HSF1是否差异结合rs880890的A和G等位基因。

通过EMSA和等位基因特异性ChIP-qPCR检测HSF1结合。

5

评估剪切应力对增强子活性和CALCRL表达的影响

测试单向流和扰动流下增强子活性和CALCRL表达的变化。

将细胞暴露于单向流或扰动流,进行荧光素酶报告基因、ATAC-seq、ChIP-seq和RT-qPCR分析。

6

功能扰动验证增强子和CALCRL的作用

通过CRISPR删除和siRNA敲低验证增强子和CALCRL对下游通路和细胞功能的影响。

CRISPR-Cas9删除372bp增强子区域,siRNA敲低CALCRL,进行增殖、管形成、NO产生等实验。

7

转录组分析下游效应

识别CALCRL调控的基因和通路。

对CALCRL敲低和增强子删除样本进行RNA-Seq,并进行WGCNA和功能富集分析。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
血管细胞基础培养基ATCCPCS-100-030
内皮细胞生长试剂盒-VEGFATCCPCS-100-041
DMEM培养基Lonza--
胎牛血清GIBCO--
MV2培养基Promocell--
Alt-R CRISPR-Cas9系统IDT--
Neon转染系统----
RNeasy迷你试剂盒Qiagen--
RevertAid第一链cDNA合成试剂盒Thermo Fisher Scientific--
SYBR green qPCR----
StepOne实时PCR系统Thermo Fisher Scientific--
hSTARR-seq_ORI质粒Addgene99296
pGL4.75载体Promega--
Lipofectamine干细胞转染试剂Thermo Fisher ScientificSTEM00008
双荧光素酶报告基因检测系统PromegaE1980
Ibidi泵系统Quadibidi GmbH10906
Ibidi μ-Slide VIibidi GmbH80606
PureCol胶原溶液Advanced BioMatrix5005
灌注套装(红色)ibidi GmbH10962
Lipofectamine RNAiMAX转染试剂Thermo Fisher--
CALCRL的Silencer Select siRNA(s19889和s19890)Thermo Fisher--
HSF1 siRNA(SI03246348)Qiagen--
非靶向对照(1027310)Qiagen--
GenElute™哺乳动物总RNA小提试剂盒Sigma Aldrich--
High-Capacity cDNA逆转录试剂盒ThermoFisher--
SYBR Green MasterMixRoche--
Pierce琼脂糖ChIP试剂盒Thermo Scientific--
抗HSF1抗体Cell Signaling Technology4356
LightCycler 480 IIRoche--
Any kD™ Mini-PROTEAN® TGX Stain-Free™蛋白凝胶Bio-Rad Laboratories4568123
抗CALCRL抗体Thermo Fisher ScientificPA5-50644
抗GAPDH抗体Thermo Fisher Scientific39-8600
Pierce™ ECL Plus Western印迹底物Thermo Fisher Scientific32134
ChemiDocBio-Rad Laboratories--
LightShift™化学发光EMSA试剂盒Thermo Fisher Scientific20148
6%阻滞凝胶InvitrogenEC6365BOX
QuantSeq 3' mRNA-Seq文库制备试剂盒FWDLexogen--
Qubit dsDNA HS检测试剂盒ThermoFisher ScientificQ32854
高灵敏度DNA试剂盒Agilent Technologies5067-4626
Illumina NextSeq 500测序仪Illumina--
硝酸盐比色检测试剂盒Cayman chemical780001
LDH细胞毒性检测试剂盒Cayman chemicals601170
氧化低密度脂蛋白ThermofisherL34357
低密度脂蛋白ThermofisherL3486
xCELLigence DP系统ACEA Biosciences--
Matrigel基底膜基质Corning--
Incucyte (S3系统)Sartorius4647

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
增强子活性检测(荧光素酶报告基因)
细胞类型(TeloHAEC等)、转染试剂、载体构建、rs880890等位基因
阅读提示:Methods: Dual Luciferase reporter assays; Figure 2D
转录因子结合验证(EMSA)
核提取物来源、探针序列、竞争实验条件
阅读提示:Methods: EMSA; Figure 3A
等位基因特异性ChIP-qPCR
HAEC供体基因型、ChIP抗体、TaqMan assay
阅读提示:Methods: Allele specific ChIP-qPCR; Figure 3B
剪切应力处理
流动装置、剪切应力模式(UF/DF)、剪切应力大小、时间(24小时)、培养基组成(含4%葡聚糖)
阅读提示:Methods: HSF1 knockdown and CALCRL expression under athero-relevant flows; Dual Luciferase reporter assays under athero-relevant flows
CRISPR-Cas9增强子删除
gRNA序列、转染方法、删除区域大小、验证方法
阅读提示:Methods: CRISPR-Cas9–mediated enhancer deletion; Figure 1D
CALCRL敲低和功能实验
siRNA序列、转染试剂、细胞密度、检测时间点(管形成、增殖、NO)
阅读提示:Methods: siRNA mediated knockdown of CALCRL; Cell proliferation assay; Tube formation assay
转录组分析
RNA-seq文库制备、测序平台、差异表达分析参数
阅读提示:Methods: RNA‐Sequencing and Data Analysis