AIBP在动脉粥样硬化病变中的表达
确定AIBP是否存在于人类和小鼠动脉粥样硬化病变中。
利用BE-1单克隆抗体对小鼠主动脉根部切片和人类颈动脉内膜切除术标本进行免疫组化染色,与巨噬细胞标记CD68共定位。
Intracellular AIBP (Apolipoprotein A-I Binding Protein) Regulates Oxidized LDL (Low-Density Lipoprotein)-Induced Mitophagy in Macrophages
包含体外细胞实验、基因敲除小鼠模型、人类样本分析及机制研究,多层级验证AIBP功能。
骨髓来源巨噬细胞(BMDM) Apoa1bp敲除小鼠 人类颈动脉斑块标本
BMDM用25 μg/ml OxLDL处理24小时 WT与Apoa1bp−/−小鼠Ldlr敲减并喂西方饮食12周 100 nM Bafilomycin A1预处理1小时 共转染flag-AIBP、PARK2-myc、MFN1/2-myc于HEK293
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定AIBP是否存在于人类和小鼠动脉粥样硬化病变中。
利用BE-1单克隆抗体对小鼠主动脉根部切片和人类颈动脉内膜切除术标本进行免疫组化染色,与巨噬细胞标记CD68共定位。
测试OxLDL是否影响巨噬细胞AIBP蛋白表达。
将WT BMDM用25 μg/ml OxLDL处理不同时间,免疫印迹检测AIBP表达变化。
比较WT和Apoa1bp−/−巨噬细胞在OxLDL刺激下的自噬水平。
WT和Apoa1bp−/− BMDM用OxLDL处理,通过免疫印迹检测LC3-II,进行免疫荧光计数LC3斑点,并用巴弗洛霉素A1处理观察LC3-II积累。
在体内验证AIBP缺乏对动脉粥样硬化病变中自噬和凋亡的影响。
Ldlr ASO注射并高脂喂养12周后,收集主动脉根部,进行LC3和CD68免疫组化,TUNEL染色检测凋亡,分析坏死核心面积。
确定AIBP缺乏是否影响OxLDL诱导的ROS产生和细胞凋亡。
WT和Apoa1bp−/− BMDM用OxLDL处理,使用DCF-DA和MitoSox检测总ROS和线粒体ROS,Annexin V染色检测凋亡。
测试AIBP是否调节OxLDL诱导的线粒体自噬和线粒体膜电位。
分离线粒体检测LC3-II,使用mt-Keima实验检测线粒体自噬通量,JC-1染色检测膜电位,免疫印迹检测OXPHOS复合物。
确定AIBP是否与线粒体自噬相关蛋白结合及结合区域。
在HEK293细胞中共转染flag-AIBP和PARK2-myc等,进行免疫共沉淀,免疫印迹检测相互作用;使用AIBP截短突变体(25-289 aa和52-289 aa)进行定位分析。
验证AIBP是否增强MFN1和MFN2的泛素化。
在HEK293细胞中共转染AIBP、ubiquitin、MFN1/2,通过免疫沉淀检测MFN的泛素化水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Cellgro | 10-013-CV |
| 胎牛血清 | Omega Scientific | FB-01 | |
| 庆大霉素 | Omega Scientific | GT-10 | |
| 嘌呤霉素 | InvivoGen | ant-pr-1 | |
| 杀稻瘟菌素 | InvivoGen | ant-bl-05 | |
| LDL氧化 | 人天然低密度脂蛋白 | Alfa Aesar | BT-603 |
| 硫酸铜 | -- | -- | |
| 脂质蓄积检测 | 油红O | Sigma-Aldrich | O0625 |
| 异丙醇 | Fisher Scientific | A416500 | |
| 流式细胞术 | APC偶联抗CD36抗体 | BioLegend | -- |
| FACSCanto II流式细胞仪 | BD Bioscience | -- | |
| ROS检测 | DCF-DA荧光探针 | Invitrogen | D399 |
| MitoSox Red线粒体超氧化物指示剂 | Invitrogen | -- | |
| 免疫印迹 | 抗LC3抗体 | Cell Signaling Technology | 4108 |
| 抗LC3抗体 | Cell Signaling Technology | 12741 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4967 | |
| 抗SIRT3抗体 | Cell Signaling Technology | 5490 | |
| 抗磷酸化ULK1抗体 | Cell Signaling Technology | 5869 | |
| 抗VDAC抗体 | Cell Signaling Technology | 4661 | |
| 抗PARKIN抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32282 | |
| 抗myc抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-40 | |
| 抗ha抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-805 | |
| 抗ULK1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-390904 | |
| 抗Beclin1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-11427 | |
| 抗泛素抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8017 | |
| 抗flag抗体 | Sigma-Aldrich | F3165 | |
| 抗SQSTM1/p62抗体 | Abcam | ab56416 | |
| Alexa Fluor 488标记抗兔IgG | Invitrogen | A11034 | |
| Alexa Fluor 568标记抗小鼠IgG | Invitrogen | A11031 | |
| Alexa Fluor 568标记抗大鼠IgG | Invitrogen | A11077 | |
| Alexa Fluor 647标记抗小鼠IgG | Invitrogen | A21237 | |
| OXPHOS抗体混合物 | Invitrogen | 45-7999 | |
| 抗LDLR抗体 | Proteintech | 10785-1-AP | |
| 抗CD68抗体 | BioLegend | 137001 | |
| 抗CD36抗体 | BioLegend | 102612 | |
| 免疫组织化学 | 抗CD16/CD32抗体(FcRr阻断剂) | BD Bioscience | 553141 |
| 抗CD31抗体 | BD Bioscience | 562939 | |
| 药物处理 | 巴弗洛霉素A1 | Calbiochem | 196000 |
| 线粒体膜电位检测 | MitoProbe JC-1检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | M34152 |
| 逆转录病毒生产 | pCHAC-mt-mKeima质粒 | Addgene | 72342 |
| 逆转录病毒感染 | 聚凝胺 | Sigma-Aldrich | H9268 |
| 免疫共沉淀 | GenJet体外DNA转染试剂 | SignaGen Laboratories | -- |
| 蛋白A/G琼脂糖珠 | Genesee Scientific | 20-528 | |
| 蛋白A/G琼脂糖珠 | Genesee Scientific | 20-537 | |
| 免疫印迹 | Nu-PAGE Bis-Tris凝胶 | Invitrogen | -- |
| RNA提取 | Nucleospin RNA柱 | Clontech | -- |
| cDNA合成 | cDNA EcoDry合成试剂 | Clontech | -- |
| qPCR | KAPA SYBR FAST通用qPCR试剂盒 | KAPA Biosystems | KK4602 |
| Rotor Gene Q热循环仪 | Qiagen | -- | |
| 免疫细胞化学 | Prolong Gold抗淬灭封片剂(含DAPI) | Cell Signaling Technology | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | eBioscience | BMS500FI |
| 线粒体分离 | 线粒体分离试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 89874 |
| TUNEL染色 | TMR红色原位细胞死亡检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | 12156792910 |
| 动物模型 | 西方饮食 | Envigo | TD.96121 |
| 抗Ldlr反义寡核苷酸 | Ionis Pharmaceuticals, Inc. | -- | |
| 免疫组化 | Vector Red底物 | Vector | SK-5100 |
| Simpo-Mount封片剂 | IHC World | EO3-18 | |
| 成像 | NanoZoomer玻片扫描仪 | Hamamatsu | -- |
| Airyscan共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| UVP成像系统 | UVP | -- | |
| 抗体生产 | ClonaCell-HY杂交瘤试剂盒 | StemCell Technologies | -- |
| 杂交瘤-SFM培养基 | Life Technologies | -- | |
| Fetal Clone 3血清 | Life Technologies | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | Apoa1bp−/−和WT小鼠品系、年龄(10周龄开始)、性别(雄性)、Ldlr ASO剂量(5 mg/kg,每周一次,共4周,然后双周一次共8周)、西方饮食(Envigo TD.96121)喂养12周。 阅读提示:Materials and Methods: Animals, diet and assessment of atherosclerosis |
| 细胞实验 | BMDM分离自WT和Apoa1bp−/−小鼠,OxLDL浓度25 μg/ml,处理时间24小时(或指定时间)。 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture; Figure legends 2, 4, 6 |
| 线粒体自噬检测 | mt-Keima逆转录病毒感染BMDM 24小时,OxLDL处理24小时,流式检测红色/绿色信号比。 阅读提示:Materials and Methods: Mt-Keima mitophagy assay; Figure 4F–G |
| 免疫共沉淀 | HEK293细胞共转染质粒(flag-AIBP、PARK2-myc、MFN1-myc、MFN2-myc),裂解缓冲液成分,免疫沉淀抗体。 阅读提示:Materials and Methods: Co-immunoprecipitation assay; Figure 5 |
| 统计方法 | 数据以mean±SEM表示,正态性检验(Shapiro-Wilk),两组比较用t检验,多组用ANOVA,重复测量用repeated measures t-test,显著性水平p<0.05。 阅读提示:Materials and Methods: Statistical analyses |