建立PDX模型
建立TNBC患者来源的异种移植瘤模型，用于后续实验。
收集ARTEMIS试验患者的肿瘤样本，包括初治、新辅助化疗中、化疗后和转移灶样本。将肿瘤细胞植入预人源化的NOD/SCID小鼠第四乳腺脂肪垫，连续传代至第三代并验证。
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三阴性乳腺癌患者来源异种移植瘤的生物样本库：涵盖新辅助化疗前的初治样本与纵向序列样本
An Annotated Biobank of Triple-Negative Breast Cancer Patient-Derived Xenografts Features Treatment-Naïve and Longitudinal Samples during Neoadjuvant Chemotherapy
实验完整度
高包括PDX模型建立、基因组/转录组测序、体内化疗反应、转移分析等多个独立证据层级，并包含功能验证。
主要模型
三阴性乳腺癌患者来源异种移植瘤（PDX）模型 NOD/SCID小鼠
重点核对
PDX模型建立时的肿瘤细胞来源和数量（文中未明确说明具体数量范围） PDX模型传代次数（达到第3代） 体内化疗实验的给药方案：多柔比星（0.5 mg/kg）和环磷酰胺（50 mg/kg）单次腹腔注射 肿瘤体积测量频率（每周两次） 样本集配对：患者样本与PDX样本的配对关系
摘要
对，我没有找到明确的Abstract，这里应该输出空字符串。但根据要求，如果找不到Abstract，输出空字符串。不过这里提供了Abstract，所以应该翻译它。我重新查看，输入中确实有Abstract，所以需要翻译。
实验结论
提炼研究问题、关键发现与证据，快速把握文章的核心贡献。
- 研究问题
- 新辅助化疗耐药和转移是三阴性乳腺癌致死的主要原因，需要能反映TNBC异质性的实验模型来研究化疗耐药机制。
- 核心机制
- 纵向PDX模型中的转录变化揭示了与DNA完整性、细胞外基质相互作用、泛素-蛋白酶体系统、表观遗传学和炎症信号相关的通路失调，这些改变构成与化疗耐药相关的复杂适应网络。
- 主要证据
- 92个PDX模型来自75名ARTEMIS试验患者，包括12个纵向集；通过WES和RNA-seq显示PDX与患者肿瘤在基因组和转录组上高度保守；28%的模型可转移至肺。
- 研究意义
- 该PDX生物样本库为研究TNBC化疗耐药和转移提供了有价值的工具，有望帮助解决TNBC临床管理中的紧迫问题。
研究路径
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证PDX模型的质量
确认PDX模型的人源性和身份，排除污染和交叉污染。
通过qPCR检测人和小鼠DNA比例、PCR检测GFP阴性、STR指纹分析确认克隆身份。
基因组和转录组分析
比较患者肿瘤和PDX肿瘤的基因组和转录组特征，评估PDX的保真度。
对患者和PDX样本进行全外显子测序和RNA测序，分析突变谱、拷贝数变异、突变负荷、突变特征、基因表达、亚型等。
体内化疗反应评估
评估纵向PDX模型对AC化疗（多柔比星+环磷酰胺）的反应。
将PDX肿瘤植入小鼠，当肿瘤体积达到100-150 mm3时，随机分组，给予单次AC或溶剂对照，定期测量肿瘤体积。
转移能力分析
评估PDX模型的肺转移能力，并工程化标记PIM056以进行活体成像。
对PDX小鼠的肺切片进行H&E和IHC染色，检测转移。对PIM056进行CBR-luciferase标记，进行生物发光成像检测远处转移。
蛋白质组分析
分析纵向PDX模型的蛋白质组变化，并关联亚型。
使用RPPA检测PDX肿瘤的蛋白表达，并进行聚类和关联分析。
研究方法
按研究目的归类文中使用的方法，便于定位所需技术。
产品清单
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PDX建模 | DMEM/F12培养基 | HyClone | SH30023.01 |
| 抗生素/抗真菌剂 | Corning | MT30004CI | |
| 胶原酶 | Roche | 1088793 | |
| 透明质酸酶 | Sigma | H-3506 | |
| 红细胞裂解液 | Sigma | R7757 | |
| 基质胶 | Corning | -- | |
| DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | -- | |
| PDX质量验证 | RNaseP拷贝数检测 | Life Technologies | 20x |
| Trfc拷贝数检测 | Life Technologies | 20x | |
| TaqMan对照人基因组DNA | ThermoFisher | -- | |
| 小鼠基因组DNA | Promega | -- | |
| 2x TaqMan基因表达预混液 | Life Technologies | -- | |
| Promega 16高灵敏度STR试剂盒 | Promega | DC2100 | |
| 组织学 | Reveal Decloaker溶液 | Biocare Medical | RV1000M |
| EZ-Retriever v.3.0微波炉 | -- | -- | |
| Dako双重酶封闭液 | Dako | S2003 | |
| 人线粒体抗体 | Abcam | ab92824 | |
| 泛细胞角蛋白抗体 | Abcam | ab86734 | |
| M.O.M试剂盒 | Vector Laboratories | MP-2400 | |
| 细胞工程 | 磁激活细胞分选 | Miltenyi | 130-104-694 |
| Mammocult培养基 | StemCell Technologies | -- | |
| 聚凝胺 | Sigma | -- | |
| TrypLE Express消化试剂 | Gibco | -- | |
| Sytox Blue活细胞染料 | Life Technologies | -- | |
| BD Aria Fusion荧光激活细胞分选仪 | BD | -- | |
| 生物发光成像 | D-荧光素 | GoldBio | -- |
| IVIS Spectrum成像系统 | PerkinElmer | -- |
关键环节
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PDX模型建立 | 肿瘤细胞来源：患者肿瘤样本（FNA活检）；细胞数量：4,000-100,000；植入前需要预人源化，但具体条件文中未明确说明。 阅读提示：Methods: Establishment of PDX collection |
| PDX模型质量控制 | qPCR探针、STR分析使用的方法和试剂盒；传代至第三代。 阅读提示：Methods: Quality control of PDX models |
| 基因组分析 | 测序平台：Illumina HiSeq 2000/HiSeq4000；比对参考基因组：hg19；突变调用工具和参数（MuSE, Mutect2, Varscan2, 共识法）。 阅读提示：Methods: Whole-exome sequencing data analysis, Somatic mutation calls |
| 转录组分析 | RNA-seq比对软件：STAR；基因定量：HTSeq-Count和RSEM；批次效应校正：ComBat。 阅读提示：Methods: RNA sequencing data analysis |
| 体内化疗反应 | 给药方案：多柔比星0.5 mg/kg和环磷酰胺50 mg/kg单次腹腔注射；肿瘤起始体积100-150 mm3；小鼠品系：NOD/SCID。 阅读提示：Methods: Preclinical studies in mice |