高通量药物敏感性筛选
识别 DSRCT 细胞系中对小分子抑制剂的选择性脆弱性
使用 79 种小分子抑制剂对 JN1 细胞进行 384 孔板筛选,计算 AUC 和 Z-score,与 92 种细胞系比较。
Replication Stress Is an Actionable Genetic Vulnerability in Desmoplastic Small Round Cell Tumors
涵盖高通量药物筛选、多细胞系验证、PDX 类器官和体内异种移植模型,并包含机制验证(DNA fiber、R-loop、免疫通路)和功能验证(siRNA 沉默、RNase H1 过表达)。
JN-DSRCT-1(JN1)细胞系 R 细胞系(PDX 来源) GR_13 患者来源异种移植来源类器官(PDX-O) JN1 细胞系来源异种移植小鼠模型(NSG 小鼠)
DSRCT 模型对 PARPi 和 ATRi 的敏感性依赖 EWS-WT1 表达 PARP1 表达水平决定 PARPi 敏感性(R 细胞低表达 PARP1 表现为抵抗) PARPi 联合 ATRi 诱导 DNA 损伤、复制应激、微核形成和 R-loop 积累 RNase H1 过表达可逆转对 PARPi 和 ATRi 的敏感性 PARPi 和 ATRi 联合诱导 cGAS-STING 通路激活及 PD-L1 表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别 DSRCT 细胞系中对小分子抑制剂的选择性脆弱性
使用 79 种小分子抑制剂对 JN1 细胞进行 384 孔板筛选,计算 AUC 和 Z-score,与 92 种细胞系比较。
验证 PARPi 和 ATRi 在 DSRCT 细胞系中的敏感性
对 JN1、R、A673、SaOS-2 细胞进行剂量反应生存实验,并评估联合用药的协同效应。
在更具临床相关性的模型中验证 PARPi 和 ATRi 的疗效
使用 GR_13 PDX-O 进行药物组合生存实验,并在 NSG 小鼠 JN1 异种移植模型中评估 talazoparib 和 M1774 的体内抗肿瘤效果。
阐明 EWS-WT1 在 PARPi 和 ATRi 敏感性中的机制作用
通过 DNA fiber 分析评估复制叉速度,检测 R-loop 水平,并用 siRNA 沉默 EWS-WT1 或过表达 RNase H1 研究其对药物敏感性的影响。
评估 PARPi 和 ATRi 对 cGAS-STING 通路和 PD-L1 表达的影响
检测 TBK1/IRF3 磷酸化、CCL5/CXCL10 mRNA 表达和 PD-L1 表面表达,并检验 EWS-WT1 沉默的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F-12 培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15070063 | |
| MEM 非必需氨基酸 | Gibco | 11140050 | |
| 胰蛋白酶-EDTA | Gibco | 25200056 | |
| 支原体检测试剂盒 | Lonza | -- | |
| 细胞鉴定 | STR 鉴定试剂盒 | Promega | -- |
| 分子生物学 | ppyCAG-RNaseH1-V5 质粒 | Addgene | 111906 |
| 转染 | Lipofectamine 2000 转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 药物处理 | 奥拉帕利 | Selleck Chemicals | -- |
| 他拉唑帕利 | Selleck Chemicals | -- | |
| 维利帕利 | Selleck Chemicals | -- | |
| 加替色替 | Selleck Chemicals | -- | |
| 希拉色替 | Selleck Chemicals | -- | |
| 贝佐色替 | Selleck Chemicals | -- | |
| 普雷色替 | Selleck Chemicals | -- | |
| SRA-737 | Selleck Chemicals | -- | |
| 图武色替 | Merck | -- | |
| 顺铂 | Selleck Chemicals | -- | |
| 拓扑替康 | Selleck Chemicals | -- | |
| SN-38 | Selleck Chemicals | -- | |
| 丝裂霉素 C | Sigma-Aldrich | -- | |
| 胸苷 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 碘脱氧尿苷 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 5-氯-2'-脱氧尿苷 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 检测试剂 | PicoGreen 染料 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 高通量筛选 | CellTiter-Glo 发光细胞活力检测试剂 | Promega | -- |
| 类器官培养 | Advanced DMEM/F-12 培养基 | Gibco | 12634028 |
| HEPES 缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 15630049 | |
| GlutaMAX 添加剂 | Thermo Fisher Scientific | 35050038 | |
| B27 添加剂 | Thermo Fisher Scientific | 17504044 | |
| N-2 添加剂 | Thermo Fisher Scientific | 17502048 | |
| 普利莫辛 | InvivoGen | Ant-pm-05 | |
| 芬净 | InvivoGen | Ant-fn-1 | |
| N-乙酰半胱氨酸 | Sigma-Aldrich | A72250 | |
| 烟酰胺 | Sigma-Aldrich | N0636 | |
| 重组人 RSPO3 | PeproTech | 120-44 | |
| 重组人 Wnt3A | Proteintech | HZ-1296 | |
| 白血病抑制因子 | Proteintech | HZ-1292 | |
| 重组人 IL22 | Proteintech | HZ-1325 | |
| 白细胞介素 6 | Proteintech | HZ-1019 | |
| 重组人碱性成纤维细胞生长因子 | PeproTech | 100-18B | |
| 重组人胰岛素样生长因子 | PeproTech | 100-11 | |
| ROCK 抑制剂 Y-27632 | Selleckchem | S1049 | |
| 组织保存液 | Miltenyi Biotec | 130-100-008 | |
| Hank's 平衡盐溶液 | Gibco | 24020091 | |
| II 型胶原酶 | Gibco | 17101-015 | |
| 100 μm 细胞筛网 | Greiner Bio-One | 542000 | |
| 细胞去除试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-104-694 | |
| LS 分离柱 | Miltenyi Biotec | 130-122-729 | |
| U 形底超低吸附培养板 | Corning | 7007 | |
| U 形底 96 孔板 | Greiner Bio-One | 650970 | |
| VIAFLO 电动移液器 | Integra | 4624 | |
| TrypLE Express 消化酶 | Thermo Fisher Scientific | 12604-013 | |
| 70 μm 细胞筛网 | Greiner Bio-One | 542070 | |
| Cyto3D 活死细胞检测试剂盒 | Tebubio | BM01 | |
| CellTiter-Glo 3D 活力检测试剂 | Promega | G9682 | |
| 免疫荧光 | RAD51 抗体 | Abcam | ab133534 |
| γH2AX 抗体 | Millipore | 05-636 | |
| Alexa Fluor 488 标记的兔二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-11008 | |
| Alexa Fluor 647 标记的小鼠二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-21235 | |
| DAPI 染料 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| DNA fiber combing | 低熔点琼脂糖 | -- | -- |
| 动物实验 | NSG 小鼠 | Charles River Laboratories | -- |
| 仪器 | VICTOR X 多功能酶标仪 | PerkinElmer | -- |
| ImageXpress Micro 共聚焦高内涵成像系统 | Molecular Devices | -- | |
| Celigo 图像细胞仪 | Revvity | -- | |
| Incucyte SX1 活细胞成像系统 | Sartorius | -- | |
| Hamilton Microlab STAR 液体处理工作站 | Hamilton | -- | |
| Thermo Fisher Scientific Multidrop Combi 分液器 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基成分、血清浓度、培养条件 阅读提示:Materials and Methods, Cell lines |
| 药物处理 | 药物浓度、处理时间、给药方式 阅读提示:Materials and Methods, Drugs and chemicals, Results |
| 类器官培养 | 类器官培养基成分、细胞密度、处理时间 阅读提示:Materials and Methods, PDX-O culture, PDX-O drug combination survival assay |
| 动物实验 | 小鼠品系、细胞接种数量、给药方案 阅读提示:Materials and Methods, Development of PDXs, Results (in vivo study) |
| 机制验证 | siRNA 序列、转染条件、抗体稀释度 阅读提示:Materials and Methods, Immunofluorescence, DNA fiber combing |