化疗诱导代谢与线粒体功能重塑的评估
评估化疗药物(5-FU、oxaliplatin)对PDAC细胞代谢、线粒体功能和氧化还原状态的影响。
采用LC/MS-MS进行代谢组学分析,检测TCA循环、NADPH、GSH及核苷酸变化;通过Seahorse分析线粒体呼吸。
IDH1 Inhibition Potentiates Chemotherapy Efficacy in Pancreatic Cancer
体外细胞实验、体内动物模型(PDX、同系原位、转基因)及代谢组学等多层级验证,包含功能验证和机制验证。
人胰腺癌细胞系(Mia-Paca2、PANC-1、AsPC-1、Hs766T等) 小鼠KPC原位胰腺癌模型 患者源性异种移植瘤模型(PDX) KP−/−C转基因小鼠模型
体外实验中细胞在低葡萄糖(2.5 mmol/L)和低镁(<0.4 mmol/L)条件下培养 5-FU和oxaliplatin的浓度范围及处理时间(48小时至6天) ivosidenib的给药剂量(75 mg/kg,口服,每日两次) 动物模型的肿瘤体积监测方法(卡尺测量,公式为Length×Width²/2) 对照组设置(vehicle control)及样本量(如每组5只或10只)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估化疗药物(5-FU、oxaliplatin)对PDAC细胞代谢、线粒体功能和氧化还原状态的影响。
采用LC/MS-MS进行代谢组学分析,检测TCA循环、NADPH、GSH及核苷酸变化;通过Seahorse分析线粒体呼吸。
探究IDH1表达水平与PDAC患者预后及化疗耐药的关系。
利用TCGA数据分析IDH1表达与生存关系;qPCR和免疫印迹检测化疗后IDH1表达变化。
评估抑制IDH1(药理或遗传)对化疗药物敏感性的影响。
通过细胞活力(PicoGreen)、克隆形成、Bliss独立性模型分析协同效应。
验证组合治疗通过增加ROS和诱导凋亡发挥抗肿瘤作用。
检测ROS(DCFDA)、caspase-3/7活性、脂质过氧化(TBAR)、细胞活力,并用NAC或DMKG进行挽救实验。
在多个动物模型中验证ivosidenib联合化疗(5-FU、oxaliplatin、FOLFIRINOX)的抗肿瘤效果和安全性。
使用PDX、同系原位KPC和KP−/−C模型,测量肿瘤体积、生存期、体重及组织学毒性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco/Invitrogen | -- |
| 胎牛血清 | Gibco/Invitrogen | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Invitrogen | -- | |
| 无糖DMEM | Life Technologies | 21013-024 | |
| 药物处理 | 5-氟尿嘧啶 | Sigma | F6627 |
| 奥沙利铂 | Sigma | O9512 | |
| 艾伏尼布 | Asta Tech | 40817 | |
| 挽救实验 | N-乙酰半胱氨酸 | Sigma | A9165 |
| 二甲基-α-酮戊二酸 | Sigma-Aldrich | 349631 | |
| 转染 | 小干扰RNA | Ambion | s7121, s7119, AM4635 |
| 脂质体转染试剂2000 | Invitrogen | -- | |
| Opti-MEM培养基 | Invitrogen | -- | |
| 迁移实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | -- | -- | |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Bis-Tris凝胶 | Life Technologies | -- | |
| PVDF膜 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 抗IDH1抗体 | Invitrogen | OTI2H9 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Invitrogen | 15739-BTIN | |
| 化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | 32106 | |
| Odyssey红外成像系统 | LI-COR | -- | |
| 克隆形成 | 甲醇 | -- | -- |
| GloMax酶标仪 | Promega | -- | |
| ROS检测 | 2',7'-二氯二氢荧光素二乙酸酯 | Invitrogen | -- |
| 凋亡检测 | Caspase-Glo 3/7试剂盒 | Promega | G8090 |
| 代谢物检测 | 5500 QTRAP三重四极杆质谱仪 | AB/SCIEX | -- |
| Prominence UFLC高效液相色谱系统 | Shimadzu | -- | |
| 酰胺亲水相互作用色谱柱 | Waters | -- | |
| NADPH检测 | NADP/NADPH-Glo检测试剂盒 | Promega | G9081 |
| GSH检测 | GSH-Glo检测试剂盒 | Promega | V6911 |
| RNA提取 | RNeasy PureLink RNA提取试剂盒 | Life Technologies | 12183025 |
| 逆转录 | 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4387406 |
| qPCR | Taqman通用预混液 | Thermo Fisher Scientific | 4440038 |
| IDH1探针 | Thermo Fisher Scientific | 4351372 | |
| CFX96 Maestro Manager 2.0软件 | Bio-Rad | -- | |
| 线粒体功能分析 | Seahorse XFp细胞培养微孔板 | Agilent | #103025-100 |
| XFp FluxPak探针板 | Agilent | #103022-100 | |
| XF校准液 | Agilent | #100840-000 | |
| 线粒体压力测试试剂盒 | Agilent | #103015-100 | |
| 寡霉素 | -- | -- | |
| 鱼藤酮 | -- | -- | |
| 动物实验 | 基质胶 | Corning | 354234 |
| D-荧光素 | -- | -- | |
| Spectrum CT成像系统 | PerkinElmer | 2898979 | |
| 他莫昔芬 | -- | -- | |
| 玉米油 | -- | -- | |
| 聚乙二醇400 | -- | -- | |
| 吐温-80 | -- | -- | |
| 生理盐水 | -- | -- | |
| 伊立替康 | Sigma-Aldrich | I1406 | |
| 10%福尔马林 | Richard Allan Scientific | 427-098 | |
| 免疫组化 | 柠檬酸盐缓冲液 | -- | -- |
| 过氧化氢 | -- | -- | |
| 山羊血清 | Cell Signaling Technology | 5425 | |
| SignalStain抗体稀释液 | Cell Signaling Technology | 8112 | |
| Ki67抗体(SP6) | BioCare Medical | -- | |
| 裂解的caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9579 | |
| Signal Stain Boost免疫组化检测试剂 | Cell Signaling Technology | 8114 | |
| HRP底物试剂盒 | Vector | SK-4200 | |
| 图像分析 | ImageJ软件 | -- | -- |
| 细胞活力检测 | Quant-iT PicoGreen dsDNA定量试剂盒 | Invitrogen | P7589 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基(DMEM含10%FBS和1%青霉素/链霉素)、培养条件(37°C,5% CO2)、低葡萄糖(2.5 mmol/L)和低镁(0.08 mmol/L)条件 阅读提示:Materials and Methods: Cell lines and cell culture |
| 药物处理 | 药物浓度范围:ivosidenib 1.25–20 μmol/L,5-FU 0.15–20 μmol/L,oxaliplatin 0.12–16 μmol/L;处理时间(6天);低镁条件(<0.4 mmol/L) 阅读提示:Materials and Methods: Cell growth assays |
| 组合药物协同分析 | Bliss独立性模型计算,协同评分 阅读提示:Materials and Methods: Cell growth assays |
| siRNA转染 | siRNA浓度(1 μmol/L)、转染试剂(Lipofectamine 2000)、转染后48小时开始实验 阅读提示:Materials and Methods: siRNA transfection |
| ROS和凋亡检测 | 处理时间(48小时)、DCFDA浓度(10 μmol/L)孵育45分钟、caspase-3/7活性检测 阅读提示:Materials and Methods: Cellular ROS and apoptosis analysis |
| 代谢组学分析 | 细胞处理时间(48小时)、LC/MS-MS方法、代谢物提取方法 阅读提示:Materials and Methods: Metabolite quantitation by LC/MS-MS |
| 线粒体功能分析 | 细胞接种密度(10,000 cells/well)、处理时间(36小时)、Mito Stress test试剂盒浓度(oligomycin 1.5 μmol/L, FCCP 2.5 μmol/L, rotenone/antimycin A 0.5 μmol/L) 阅读提示:Materials and Methods: Bioenergetics analysis |
| 体内实验 | 动物品系、年龄、性别(如雌性裸鼠、C57BL/6J)、细胞接种数量(Mia-Paca2 1×10^6,KPC 5×10^4)、给药方案(ivosidenib 75 mg/kg口服每日两次,5-FU 30 mg/kg腹腔每周两次,oxaliplatin 5 mg/kg每周一次,FOLFIRINOX配方) 阅读提示:Materials and Methods: Animal studies |
| 组织病理学分析 | 组织固定(10%福尔马林)、切片厚度(5 μm)、抗原修复条件(10 mmol/L柠檬酸盐pH 6.0,123°C 10分钟)、抗体浓度和孵育条件 阅读提示:Materials and Methods: Immunohistochemistry |