检测MEX3A在卵巢癌中的表达
评估MEX3A在不同卵巢癌亚型中的表达水平。
通过RNAscope原位杂交检测患者肿瘤组织中的MEX3A mRNA,并比较不同亚型间的表达差异。
MEX3A Mediates p53 Degradation to Suppress Ferroptosis and Facilitate Ovarian Cancer Tumorigenesis
包含体外细胞功能实验(增殖、克隆形成)、原位和皮下异种移植模型、RNA-seq和GSEA分析、Co-IP和泛素化实验,并进行了p53敲低回复实验,验证功能与机制。
PA-1卵巢畸胎瘤细胞系 TOV21G卵巢透明细胞癌细胞系 OVISE和RMG-1卵巢癌细胞系 NOD/SCID小鼠原位及皮下异种移植模型
MEX3A敲低后p53蛋白水平升高而mRNA不变 MEX3A与p53蛋白相互作用并促进p53泛素化 p53敲低逆转MEX3A缺失引起的铁死亡和生长抑制 MEX3A缺失的肿瘤细胞中SLC3A2表达降低,p53阳性细胞比例升高
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估MEX3A在不同卵巢癌亚型中的表达水平。
通过RNAscope原位杂交检测患者肿瘤组织中的MEX3A mRNA,并比较不同亚型间的表达差异。
验证MEX3A对卵巢癌细胞增殖、克隆形成和存活的影响。
在PA-1和TOV21G细胞中敲低MEX3A,在OVISE和RMG-1细胞中过表达MEX3A,进行细胞生长曲线、克隆形成和软琼脂集落形成实验。
在动物模型中验证MEX3A对肿瘤生长的影响。
将MEX3A敲低或过表达的细胞注射至NOD/SCID小鼠卵巢 bursa 或皮下,监测肿瘤生长和生存期。
阐明MEX3A调控p53的分子机制。
通过RNA-seq和GSEA分析鉴定p53通路富集,通过免疫印迹、Co-IP和泛素化实验检测p53蛋白水平和相互作用,并通过CHX追踪实验评估p53稳定性。
验证p53是MEX3A功能的关键下游效应分子。
在MEX3A敲低细胞中同时敲低p53,检测细胞增殖、死亡和铁死亡标志物的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Prigrow X系列培养基 | Applied Biological Materials | -- |
| Prigrow III培养基 | Applied Biological Materials | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素-两性霉素B溶液 | Biological Industries | 03-033-1B | |
| RNA提取 | TRI试剂 | Merck | T9424 |
| 脱氧核糖核酸酶I | Thermo | EN0521 | |
| 逆转录 | SuperScript III逆转录酶 | Invitrogen | 18-080-044 |
| qRT-PCR | SYBR GREEN 2X预混液 | KAPA Biosystems | KM4116 |
| QuantStudio 5实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| RNA测序 | NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- |
| 免疫印迹 | RIPA裂解缓冲液 | Millipore | 20-188 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | S8830 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | BIOTOOLS | TAAR-BBI3 | |
| Bradford蛋白定量试剂盒 | Bio-Rad | 5000006 | |
| 抗MEX3A一抗 | Genetex | PJ90803 | |
| p53抗体 | Santa Cruz | sc-126 | |
| 磷酸化p53 (Ser15)抗体 | Cell Signaling Technology | 9284 | |
| UbcH5B抗体 | Santa Cruz | sc-100617 | |
| GLS2抗体 | ABClonal | A16029 | |
| SLC7A11抗体 | ABClonal | A2413 | |
| His标签抗体 | Proteintech | 10001-0-AP | |
| HA标签抗体 | BioLegend | 901503 | |
| TUBULIN抗体 | Genetex | 628802 | |
| HRP标记的抗兔二抗 | Bethyl | A120-102P | |
| HRP标记的抗鼠二抗 | Bethyl | A90-516D2 | |
| 链霉亲和素-HRP | Proteintech | SA00001-0 | |
| Western化学发光HRP底物 | Millipore | WBKLS0500 | |
| UVP ChemStudio Plus生物成像系统 | Analytik Jena | -- | |
| 流式分析 | CM-H2DCFDA荧光探针 | Thermo | C6827 |
| BODIPY 581/591 C11荧光探针 | Thermo | D3861 | |
| 固定化活力染料eFluor 455UV | eBioscience | 65-0868-14 | |
| FITC Annexin V凋亡检测试剂盒I | BD | 556547 | |
| 细胞周期分析 | Click-iT EdU流式细胞术检测试剂盒 | Invitrogen | C10634 |
| 流式分析 | FACS Canto II流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 免疫共沉淀 | 正常兔IgG | Abcam | ab172730 |
| 正常小鼠IgG | Jackson ImmunoResearch | 015-000-003 | |
| 蛋白A/G琼脂糖 | Thermo | 20421 | |
| 免疫组化 | Trilogy抗原修复液 | Cell Marque | 920P-07 |
| p53抗体(IHC) | Cell Signaling Technology | 2527 | |
| SLC3A2抗体 | Cell Signaling Technology | 47213 | |
| Dako REAL EnVision检测系统 | Dako | K5007 | |
| RNAscope | RNAscope 2.5 HD检测试剂盒(棕色) | Advanced Cell Diagnostics | -- |
| hs-Mex3a-O1探针 | Advanced Cell Diagnostics | -- | |
| 图像采集 | Aperio GT450切片扫描仪 | Leica Biosystems | -- |
| 图像分析 | QuPath软件 | -- | -- |
| 动物实验 | D-荧光素 | -- | -- |
| IVIS Spectrum Lumina II活体成像系统 | Perkin Elmer | -- | |
| Living Images软件4.5.5版 | Perkin Elmer | -- | |
| Peira TM900肿瘤体积测量仪 | Peira | -- | |
| 药物处理 | MG132蛋白酶体抑制剂 | Sigma-Aldrich | C2211 |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | D2650 | |
| Liproxstatin-1 | Selleckchem | SE-S7699 | |
| Ferrostatin-1 | Selleckchem | SE-S7243 | |
| Erastin | MedChemExpress | HY-15763 | |
| Z-VAD-FMK | AbMole | M3143 | |
| Necrostatin-1 | AbMole | M2315 | |
| 3-甲基腺嘌呤 | AbMole | M2296 | |
| 体外泛素化 | 体外泛素化试剂盒 | Enzo Life Sciences | BML-UW9920-0001 |
| His标记GAPDH重组蛋白 | SinoBiological Inc | 10094-H07E | |
| His标记MEX3A重组蛋白 | CUSABIO | CSB-EP013740HU | |
| p53重组蛋白 | R&D Systems | SP-454-020 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系及培养条件 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、培养温度、CO2浓度、传代次数限制 阅读提示:Materials and Methods: Cell lines and cell culture |
| MEX3A敲低/过表达 | shRNA序列、慢病毒载体、感染条件、筛选方法、敲低效率验证 阅读提示:Materials and Methods: Plasmids and reagents |
| 体内异种移植模型 | 小鼠品系、细胞注射数量、注射部位、监测时间、肿瘤大小测量方法 阅读提示:Materials and Methods: Intra bursa and subcutaneous xenograft models |
| 铁死亡表型检测 | ROS探针浓度、脂质过氧化探针浓度、染色时间、流式细胞仪设置 阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry (FACS) for ROS, lipid peroxidation, cell death and cell-cycle analyses |
| 泛素化实验 | 转染质粒、MG132浓度和处理时间、免疫沉淀抗体、检测方法 阅读提示:Materials and Methods: Coimmunoprecipitation |