Polycomb蛋白RYBP与TET甲基胞嘧啶氧化酶的缺失促进广泛的CpG岛高甲基化和恶性转化

Deficiency of the Polycomb Protein RYBP and TET Methylcytosine Oxidases Promotes Extensive CpG Island Hypermethylation and Malignant Transformation

作者信息Wei Cui, Zhijun Huang, Seung-Gi Jin, Jennifer Johnson, Kin H Lau, Galen Hostetter, Gerd P Pfeifer
PMID37272752
发布时间2023-08-01
DOI10.1158/0008-5472.CAN-23-0269

实验完整度

包含细胞模型(HBEC3-KT)、CRISPR敲除、WGBS、ChIP-seq、RNA-seq、软琼脂集落形成、小鼠异种移植瘤等体外体内多层次验证。

主要模型

人支气管上皮细胞系HBEC3-KT(及其RYBP/TET1/2/3四敲除衍生克隆) NSG小鼠异种移植瘤模型 TCGA肺鳞癌(LUSC)数据集

重点核对

RYBP和TET1/2/3基因敲除的克隆验证(Sanger测序确认移码突变) H2AK119ub1和H3K27me3的ChIP-seq信号在QKO细胞中的改变 WGBS数据中QKO细胞中高甲基化CGI的数量和特征 软琼脂集落形成能力和异种移植瘤形成的表型验证

摘要

CpG岛(CGI)高甲基化是癌细胞的一个常见特征,主要影响Polycomb相关的基因组区域。阐明导致人类癌症DNA高甲基化的潜在机制有助于确定化学预防策略。在此,我们评估了Polycomb复合物和5-甲基胞嘧啶(5mC)氧化酶在保护CGI免受DNA甲基化中的作用,并观察到编码Polycomb抑制复合物1(PRC1)组分的四个基因在肿瘤中下调。在非致瘤性支气管上皮细胞中,RYBP(变体PRC1复合物的关键激活因子)与所有三种5mC氧化酶(TET蛋白)的失活导致Polycomb标记的CGI广泛高甲基化,影响了近4000个靶基因,这与人类肺鳞状细胞肿瘤中观察到的DNA高甲基化景观非常相似。RYBP和TET缺陷的细胞表现出与癌症相关的通路(包括Hippo肿瘤抑制网络的缺陷)的甲基化相关异常调控。值得注意的是,四重敲除细胞获得了转化表型,包括锚定非依赖性生长和小鼠中鳞状细胞癌的形成。这项工作提供了一种促进CGI高甲基化的机制,并表明这种高甲基化可导致细胞转化。双重保护机制的破坏可能是肿瘤中CGI全基因组高甲基化的途径。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
Polycomb复合物和TET蛋白的功能障碍是否以及如何导致CpG岛高甲基化和细胞恶性转化?
核心机制
RYBP和TET蛋白的联合失活导致Polycomb靶向的CGI广泛高甲基化,这一过程涉及H2AK119ub1标记的丢失以及后续的DNA甲基化获得,并可能通过抑制Hippo肿瘤抑制通路(如FAT2、RASSF基因的沉默)和激活AP-1等促生长信号促进肿瘤发生。
主要证据
人支气管上皮细胞中RYBP和TET1/2/3的CRISPR敲除导致约5000多个CGI高甲基化,其中76%是H2AK119ub1标记的;QKO细胞在软琼脂中形成大克隆,并在NSG小鼠中形成鳞状细胞癌;TCGA数据中LUSC肿瘤样本的高甲基化CGI有47.5%与QKO细胞重叠。
研究意义
该研究提出了一种导致CGI高甲基化的机制,表明Polycomb和TET介导的双重保护机制的破坏是肿瘤中全基因组CGI高甲基化的一条途径,可能为化学预防策略提供参考。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

基因表达分析

评估Polycomb基因和TET基因在肿瘤中的表达变化

利用TCGA数据库分析肺腺癌和肺鳞癌中PRC1和PRC2基因的表达,发现RYBP等下调

2

基因敲除细胞系构建

创建RYBP和TET蛋白缺陷的支气管上皮细胞模型

使用CRISPR/Cas9技术在HBEC3-KT细胞中依次敲除RYBP、YAF2、TET1/2/3,生成单敲、双敲、三敲和四敲(QKO)克隆

3

表观遗传修饰分析

检测Polycomb标记和DNA甲基化的变化

对对照和敲除细胞进行ChIP-seq(H2AK119ub1、H3K27me3、RYBP)和WGBS分析,鉴定DMR和CGI甲基化状态

4

转录组分析

鉴定差异表达基因和相关信号通路

对对照和敲除细胞进行RNA-seq,分析DEG和KEGG通路富集

5

细胞功能实验

评估敲除细胞的增殖和转化能力

进行MTT细胞增殖实验和软琼脂集落形成实验

6

体内肿瘤形成实验

验证QKO细胞的致瘤性

将对照和QKO细胞皮下注射到NSG小鼠,观察肿瘤形成并进行组织学和IHC分析

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
角质细胞无血清培养基Thermo17005042
DMEM培养基Life Technologies11965-092
胎牛血清Life Technologies26140-079
pLentiCRISPR E质粒Addgene78852
psPAX2包装质粒Addgene12260
pMD2.G包膜质粒Addgene12259
FuGene HD转染试剂PromegaE2311
杀稻瘟菌素ThermoFisherA1113903
潮霉素BThermoFisher10687010
PureLink RNA Mini试剂盒Invitrogen12183020
SuperScript III逆转录酶试剂盒Invitrogen18088
pfuUltra II Fusion HS DNA聚合酶Agilent600670
KAPA RNA HyperPrep试剂盒(含RiboErase)KAPA Biosystems--
乙二醇双琥珀酰亚胺琥珀酸酯Thermo Scientific21565
抗RYBP抗体MilliporeAB3637
抗H2AK119ub1抗体Cell Signaling Technology8240
抗H3K27me3抗体Cell Signaling Technology9733
TruSeq ChIP样品制备试剂盒IlluminaIP-202-1012
Quick-DNA Miniprep Plus试剂盒Zymo ResearchD4070
Accel-NGS甲基化测序DNA文库试剂盒Swift Biosciences30024
NE-PER核质蛋白提取试剂盒Thermo78835
PR-619Sigma Aldrich--
MTT试剂SigmaM5655
碘硝基四氮唑蓝SigmaI10406
Cultrex基底膜提取物R&D Systems3632-010-02
Covaris E220 Evo超声仪Covaris--
Illumina NextSeq500测序仪Illumina--
Illumina NovaSeq 6000测序仪Illumina--
Illumina HiSeq 2500测序仪Illumina--
Leica倒置显微镜Leica--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养
HBEC3-KT细胞培养基成分(KSFM、BPE、EGF),293T细胞培养基(DMEM、FBS),培养条件(37°C,5% CO2)。
阅读提示:Materials and Methods: Cell culture
基因敲除
gRNA序列(靶向外显子2或催化结构域N端),转染条件(FuGene HD),筛选药物浓度(blasticidin 4μg/mL,hygromycin 40μg/mL),克隆筛选方法(单细胞克隆)。
阅读提示:Materials and Methods: Generation of HBEC3 KO cell lines using CRISPR/Cas9
表观遗传分析
ChIP-seq用抗体(H2AK119ub1、H3K27me3、RYBP),WGBS建库试剂盒(Accel-NGS Methyl-Seq),测序深度(约24x),DMR阈值(q<0.05)。
阅读提示:Materials and Methods: Chromatin immunoprecipitation sequencing and data analysis; Whole-genome bisulfite sequencing and data analysis
细胞功能
MTT实验细胞数(1000),软琼脂实验细胞数(5000),琼脂浓度(0.35%),培养时间(10-14天)。
阅读提示:Materials and Methods: Cell proliferation and soft agar growth assays
体内实验
小鼠品系和性别(NSG雌性),年龄(4-5周),注射细胞数(6×10^6),观察时间(2个月)。
阅读提示:Materials and Methods: In vivo tumorigenicity and histology analysis