基因表达分析
评估Polycomb基因和TET基因在肿瘤中的表达变化
利用TCGA数据库分析肺腺癌和肺鳞癌中PRC1和PRC2基因的表达,发现RYBP等下调
Deficiency of the Polycomb Protein RYBP and TET Methylcytosine Oxidases Promotes Extensive CpG Island Hypermethylation and Malignant Transformation
包含细胞模型(HBEC3-KT)、CRISPR敲除、WGBS、ChIP-seq、RNA-seq、软琼脂集落形成、小鼠异种移植瘤等体外体内多层次验证。
人支气管上皮细胞系HBEC3-KT(及其RYBP/TET1/2/3四敲除衍生克隆) NSG小鼠异种移植瘤模型 TCGA肺鳞癌(LUSC)数据集
RYBP和TET1/2/3基因敲除的克隆验证(Sanger测序确认移码突变) H2AK119ub1和H3K27me3的ChIP-seq信号在QKO细胞中的改变 WGBS数据中QKO细胞中高甲基化CGI的数量和特征 软琼脂集落形成能力和异种移植瘤形成的表型验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估Polycomb基因和TET基因在肿瘤中的表达变化
利用TCGA数据库分析肺腺癌和肺鳞癌中PRC1和PRC2基因的表达,发现RYBP等下调
创建RYBP和TET蛋白缺陷的支气管上皮细胞模型
使用CRISPR/Cas9技术在HBEC3-KT细胞中依次敲除RYBP、YAF2、TET1/2/3,生成单敲、双敲、三敲和四敲(QKO)克隆
检测Polycomb标记和DNA甲基化的变化
对对照和敲除细胞进行ChIP-seq(H2AK119ub1、H3K27me3、RYBP)和WGBS分析,鉴定DMR和CGI甲基化状态
鉴定差异表达基因和相关信号通路
对对照和敲除细胞进行RNA-seq,分析DEG和KEGG通路富集
评估敲除细胞的增殖和转化能力
进行MTT细胞增殖实验和软琼脂集落形成实验
验证QKO细胞的致瘤性
将对照和QKO细胞皮下注射到NSG小鼠,观察肿瘤形成并进行组织学和IHC分析
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 角质细胞无血清培养基 | Thermo | 17005042 |
| DMEM培养基 | Life Technologies | 11965-092 | |
| 胎牛血清 | Life Technologies | 26140-079 | |
| 基因敲除 | pLentiCRISPR E质粒 | Addgene | 78852 |
| 慢病毒包装 | psPAX2包装质粒 | Addgene | 12260 |
| pMD2.G包膜质粒 | Addgene | 12259 | |
| 转染 | FuGene HD转染试剂 | Promega | E2311 |
| 药物筛选 | 杀稻瘟菌素 | ThermoFisher | A1113903 |
| 潮霉素B | ThermoFisher | 10687010 | |
| RNA提取 | PureLink RNA Mini试剂盒 | Invitrogen | 12183020 |
| RT-PCR | SuperScript III逆转录酶试剂盒 | Invitrogen | 18088 |
| pfuUltra II Fusion HS DNA聚合酶 | Agilent | 600670 | |
| RNA-seq | KAPA RNA HyperPrep试剂盒(含RiboErase) | KAPA Biosystems | -- |
| ChIP-seq | 乙二醇双琥珀酰亚胺琥珀酸酯 | Thermo Scientific | 21565 |
| 抗RYBP抗体 | Millipore | AB3637 | |
| 抗H2AK119ub1抗体 | Cell Signaling Technology | 8240 | |
| 抗H3K27me3抗体 | Cell Signaling Technology | 9733 | |
| TruSeq ChIP样品制备试剂盒 | Illumina | IP-202-1012 | |
| WGBS | Quick-DNA Miniprep Plus试剂盒 | Zymo Research | D4070 |
| Accel-NGS甲基化测序DNA文库试剂盒 | Swift Biosciences | 30024 | |
| 蛋白提取 | NE-PER核质蛋白提取试剂盒 | Thermo | 78835 |
| 组蛋白提取 | PR-619 | Sigma Aldrich | -- |
| 细胞增殖 | MTT试剂 | Sigma | M5655 |
| 软琼脂实验 | 碘硝基四氮唑蓝 | Sigma | I10406 |
| 动物实验 | Cultrex基底膜提取物 | R&D Systems | 3632-010-02 |
| 仪器 | Covaris E220 Evo超声仪 | Covaris | -- |
| 测序 | Illumina NextSeq500测序仪 | Illumina | -- |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| Illumina HiSeq 2500测序仪 | Illumina | -- | |
| 显微镜 | Leica倒置显微镜 | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HBEC3-KT细胞培养基成分(KSFM、BPE、EGF),293T细胞培养基(DMEM、FBS),培养条件(37°C,5% CO2)。 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture |
| 基因敲除 | gRNA序列(靶向外显子2或催化结构域N端),转染条件(FuGene HD),筛选药物浓度(blasticidin 4μg/mL,hygromycin 40μg/mL),克隆筛选方法(单细胞克隆)。 阅读提示:Materials and Methods: Generation of HBEC3 KO cell lines using CRISPR/Cas9 |
| 表观遗传分析 | ChIP-seq用抗体(H2AK119ub1、H3K27me3、RYBP),WGBS建库试剂盒(Accel-NGS Methyl-Seq),测序深度(约24x),DMR阈值(q<0.05)。 阅读提示:Materials and Methods: Chromatin immunoprecipitation sequencing and data analysis; Whole-genome bisulfite sequencing and data analysis |
| 细胞功能 | MTT实验细胞数(1000),软琼脂实验细胞数(5000),琼脂浓度(0.35%),培养时间(10-14天)。 阅读提示:Materials and Methods: Cell proliferation and soft agar growth assays |
| 体内实验 | 小鼠品系和性别(NSG雌性),年龄(4-5周),注射细胞数(6×10^6),观察时间(2个月)。 阅读提示:Materials and Methods: In vivo tumorigenicity and histology analysis |