验证KDM6A缺失与TAN浸润的相关性
确定KDM6A缺失是否与PDAC中肿瘤相关中性粒细胞增多相关
在KPC-Kdm6a小鼠和人类PDAC样本中进行免疫组化染色,量化MPO+中性粒细胞。
KDM6A Loss Recruits Tumor-Associated Neutrophils and Promotes Neutrophil Extracellular Trap Formation in Pancreatic Cancer
包含基因工程小鼠模型、人类组织样本、体外细胞实验及体内抗体阻断实验,多层级验证功能与机制。
KPC-Kdm6a基因工程小鼠PDAC模型 原位同基因小鼠模型(KPC 7940细胞) PANC-1、HPAF-II、HPDE人胰腺细胞系 PLB-985分化中性粒细胞样细胞
遗传背景:KPC-Kdm6a小鼠不同基因型(Kdm6a+/+、+/fl、fl/fl等) 细胞系:PANC-1 KDM6A敲除、HPAF-II和HPDE敲低、KPC 7940敲低 CXCL1中和抗体(4 mg/kg,腹腔注射,每周两次) NETs检测:MPO和CitH3共定位 中性粒细胞趋化实验:PLB-985N或小鼠骨髓中性粒细胞,条件培养基处理
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定KDM6A缺失是否与PDAC中肿瘤相关中性粒细胞增多相关
在KPC-Kdm6a小鼠和人类PDAC样本中进行免疫组化染色,量化MPO+中性粒细胞。
评估KDM6A缺失是否增加NETs形成
通过免疫荧光染色MPO和CitH3,并使用ZENS软件进行共定位分析。
验证KDM6A缺失的PDAC细胞是否能促进中性粒细胞迁移
使用transwell系统,将分化PLB-985N细胞或小鼠骨髓中性粒细胞置于上室,条件培养基置于下室,计数迁移细胞。
探究KDM6A缺失促进中性粒细胞招募的分子机制
使用Bru-seq分析基因表达变化,RT-qPCR和ELISA验证CXCL1表达,ChIP-PCR分析组蛋白修饰。
验证CXCL1是否为KDM6A缺失驱动的肿瘤生长和中性粒细胞浸润的关键介质
将KPC shCtrl或shKdm6a细胞原位植入C57BL/6J小鼠,腹腔注射抗CXCL1抗体或IgG对照,比较肿瘤重量和TAN、NETs水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | GIBCO | -- |
| 胎牛血清 | GIBCO | -- | |
| 青霉素/链霉素 | GIBCO | -- | |
| EMEM培养基 | -- | -- | |
| 角质形成细胞无血清培养基 | Invitrogen | -- | |
| RPMI 1640+GlutaMAX培养基 | GIBCO | -- | |
| 细胞分化 | 二甲基亚砜 | -- | -- |
| 基因编辑 | Edit-R慢病毒Cas9核酸酶载体 | Dharmacon | -- |
| Edit-R人KDM6A crRNA | Dharmacon | CM-014140-04-0002 | |
| Edit-R CRISPR-Cas9合成tracrRNA | Dharmacon | U-002005-05 | |
| 基因敲低 | KDM6A siRNA | Dharmacon | -- |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| GIPZ慢病毒 | Horizon Discovery | RHS4346, V2LMM_196734 | |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| Bru-seq | 溴尿苷 | Sigma-Aldrich | -- |
| Trizol试剂 | -- | -- | |
| 抗BrdU抗体 | BD Pharmingen | 555627 | |
| Illumina TruSeq试剂盒 | Illumina | -- | |
| RT-qPCR | RNeasy小型试剂盒 | QIAGEN | -- |
| SuperScript III第一链合成试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| SYBR Green试剂 | Applied Biosystems | -- | |
| MicroAmp光学96孔反应板 | Applied Biosystems | -- | |
| ChIP | ChIP试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9003S |
| KDM6A抗体 | Cell Signaling Technology | 33510 | |
| H3K27me3抗体 | Cell Signaling Technology | 9733 | |
| H3K27ac抗体 | Active Motif | 39060 | |
| H3K4me3抗体 | Active Motif | 39060 | |
| H3K4me抗体 | Abcam | ab8580 | |
| Western blot | Bradford蛋白定量试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 过氧化物酶偶联二抗 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | -- | |
| ECL检测试剂盒 | Thermo Scientific | -- | |
| ELISA | DuoSet ELISA开发系统 | R&D Systems | -- |
| IHC | CD3抗体 | Dako Agilent | A0452 |
| B220抗体 | Thermo Fisher Scientific | 14-0452-82 | |
| F4/80抗体 | Cell Signaling Technology | 70076S | |
| MPO抗体 | R&D Systems | AF3667 | |
| CXCL1抗体 | Abcam | ab86436 | |
| CK19抗体 | Abcam | ab52625 | |
| SignalStain Boost IHC检测试剂 | Cell Signaling Technology | 8114, 8125 | |
| 山羊二抗 | Abcam | ab97110 | |
| 大鼠二抗 | Abcam | ab6734 | |
| DAB底物试剂盒 | Cell Signaling Technology | -- | |
| Signal Stain封片剂 | Cell Signaling Technology | 14177S | |
| IF | 瓜氨酸化组蛋白H3抗体 | Abcam | ab5103 |
| CXCR2抗体 | Abcam | ab14935 | |
| Alexa Fluor 488山羊抗兔IgG | Invitrogen | A-11008 | |
| NorthernLights抗山羊IgG-NL557 | R&D Systems | NL001 | |
| ProLong Gold抗淬灭封片剂(含DAPI) | Invitrogen | P36031 | |
| 共聚焦显微镜ZENS 800 | ZEISS | -- | |
| 中性粒细胞分离 | Histopaque-1077分离液 | Sigma-Aldrich | -- |
| Histopaque-1119分离液 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 趋化实验 | 抗CXCL1抗体 | R&D Systems | MAB453-500 |
| 流式细胞术 | 抗小鼠CD16/CD32抗体 | BD | 553142 |
| Live/Dead染料 | Thermo Fisher | NC0584313 | |
| 抗CD11b抗体 | Biolegend | 101256 | |
| 抗Ly6G抗体 | Biolegend | 127628 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠基因型、年龄、性别、样本量 阅读提示:Materials and Methods: Animal study;Figure 1 legend |
| 细胞培养 | 细胞系、培养基、血清浓度、培养条件 阅读提示:Materials and Methods: Cell lines |
| 基因编辑 | CRISPR敲除、siRNA/shRNA序列、转染试剂、浓度 阅读提示:Materials and Methods: KDM6A-knockout PANC-1 cells, Knockdown of KDM6A |
| 趋化实验 | 细胞数量、膜孔径、血清浓度、抗体浓度、时间 阅读提示:Materials and Methods: Chemotaxis assay;Figure 3 legend |
| 体内抗体处理 | 抗体剂量、给药途径、给药频率、时间点 阅读提示:Materials and Methods: Animal study;Figure 7 legend |