生成Notch突变SCLC小鼠模型
研究Notch1或Notch2缺失对SCLC肿瘤发生的影响
通过CRISPR/Cas9基因编辑技术,在LSL-Cas9小鼠中气管内注射编码Cre和sgRNA的腺病毒,同时敲除Rb1、Trp53、Rbl2及Notch1或Notch2,监测肿瘤形成和生存期。
Plasticity in the Absence of NOTCH Uncovers a RUNX2-Dependent Pathway in Small Cell Lung Cancer
包含CRISPR GEMM体内实验、细胞系体外实验、RNA-seq及GSEA分析、CRISPR功能验证等,涵盖肿瘤发生、表型、机制及免疫应答多个层面。
LSL-Cas9小鼠SCLC模型 原代SCLC细胞系(悬液与贴壁亚群) 人SCLC细胞系NCI-H1694、CORL47
Notch1或Notch2基因敲除对SCLC肿瘤发生的影响(基因编辑效率及肿瘤生长监测) Notch突变细胞系中非神经内分泌亚群的形成及HES1、REST、RUNX2的表达 STING激动剂ADU-S100对Notch2突变贴壁细胞的增殖抑制及CXCL10诱导 Runx2或Rest敲除对神经内分泌-非神经内分泌可塑性的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
研究Notch1或Notch2缺失对SCLC肿瘤发生的影响
通过CRISPR/Cas9基因编辑技术,在LSL-Cas9小鼠中气管内注射编码Cre和sgRNA的腺病毒,同时敲除Rb1、Trp53、Rbl2及Notch1或Notch2,监测肿瘤形成和生存期。
明确Notch缺失引起的转录组改变
对Notch突变和对照肿瘤进行RNA-seq,并利用GSEA分析富集通路。
探究Notch缺失是否影响非神经内分泌亚群的形成及其分子特征
从肿瘤中分离原代细胞,建立悬液和贴壁细胞系,通过免疫印迹和RT-qPCR检测HES1、REST等表达。
验证RUNX2对REST表达及非神经内分泌可塑性的必要性
在K93(Notch-WT)和K60(Notch2-Mutant)细胞中通过CRISPR敲除Runx2或Rest,观察贴壁细胞形成。
检测Notch突变细胞对STING激动剂的敏感性
用STING激动剂ADU-S100处理贴壁细胞,检测CXCL10分泌和细胞增殖。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Gemini | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 氢化可的松 | Sigma Aldrich | H0135 | |
| 胰岛素-转铁蛋白-硒 | Gemini | 400-145 | |
| β-雌二醇 | Sigma Aldrich | E2257 | |
| 细胞扩增 | Bambanker冷冻培养基 | Bulldog Bio | -- |
| 支原体检测 | 支原体检测试剂盒 | Lonza | LT07-218 |
| 药物处理 | 多西环素 | Sigma | -- |
| Compound E(γ-分泌酶抑制剂) | EMD Millipore | 565790 | |
| ADU-S100(STING激动剂) | ChemieTek | CT-ADU-S100 | |
| 2'3'-环鸟苷酸-腺苷酸 | InvivoGen | tlrl-nacga23 | |
| 构建腺病毒载体 | pAd/PL载体 | Invitrogen | V494-20 |
| 腺病毒包装 | PacI限制性内切酶 | New England Biolabs | -- |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | -- | -- | |
| 腺病毒纯化 | Virabind腺病毒纯化试剂盒 | Cell Biolabs | VPK-100 |
| 腺病毒滴度测定 | QuickTiter腺病毒定量试剂盒 | Cell Biolabs | VPK106 |
| 动物实验 | 22号1英寸导管 | ThermoFisher Scientific | 1484120 |
| 原代细胞分离 | 胶原酶/透明质酸酶 | Stem cell biology | 07912 |
| 分散酶 | Corning | 354235 | |
| 70μm细胞筛网 | BD | 352350 | |
| 原代细胞培养 | 超低吸附培养皿 | Corning | 3471 |
| RNA提取 | RNeasy小提试剂盒 | Qiagen | -- |
| RNA-seq文库构建 | NEBNext Ultra II非链特异性试剂盒 | New England Biolabs | -- |
| 测序 | NovaSeq6000测序仪 | Illumina | -- |
| 细胞计数 | Vi-Cell XR细胞计数仪 | Beckman Coulter | -- |
| 细胞因子检测 | 小鼠CXCL10 ELISA试剂盒 | R&D Systems | DY466 |
| 抗体 | 抗Ascl1抗体 | -- | -- |
| 抗Notch1抗体 | -- | -- | |
| 抗Notch2抗体 | -- | -- | |
| 抗Hes1抗体 | -- | -- | |
| 抗Rest抗体 | -- | -- | |
| 抗Runx2抗体 | -- | -- | |
| 抗STING抗体 | -- | -- | |
| 抗STAT1抗体 | -- | -- | |
| 抗磷酸化STAT1抗体 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| SCLC肿瘤模型的生成 | 小鼠品系、年龄、气管内注射的腺病毒滴度及体积 阅读提示:Materials and Methods: Mouse Experiments, Intratracheal Injections; Figure 1A, D |
| 原代细胞系建立与贴壁诱导 | 贴壁培养的细胞密度、培养时间、培养基成分 阅读提示:Methods: Generation of cell lines from mouse SCLC tumors; Mouse SCLC Attachment Assays |
| Runx2/Rest敲除实验 | 细胞系(K93和K60)、sgRNA序列、感染和筛选方法、培养时间 阅读提示:Methods: Runx2 Rest sgRNA Attachment Experiments; Figure 6E-J |
| STING激动剂处理 | 细胞类型、ADU-S100和2'3'-cGAMP的浓度、处理时间、检测指标(CXCL10,增殖) 阅读提示:Methods: STING Agonist Experiments; Figure 5J-K |
| 转录组分析 | 样本类型和数量(肿瘤或细胞)、RNA提取方法、文库构建试剂盒、测序平台和比对软件 阅读提示:Methods: RNA-Sequencing; Figure 3A, 5A |