患者来源细胞系建立与基因组特征分析
获得代表典型KRAS/TP53突变PDAC的体外模型,并明确其基因组背景。
从患者手术标本建立PDX和低传代细胞系PancVH1,通过全外显子测序、aCGH和免疫印迹验证KRAS、TP53等关键突变和信号通路激活状态。
Pharmacologic Targeting of TFIIH Suppresses KRAS-Mutant Pancreatic Ductal Adenocarcinoma and Synergizes with TRAIL
包含体外细胞模型、PDX来源细胞系、类器官模型等多个证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
PancVH1 PDCL(KRAS/TP53突变胰腺癌细胞系) TKCC PDCLs(多种KRAS突变胰腺癌细胞系) PDAC患者来源类器官(PDTOs) HPNE正常胰腺导管上皮细胞系
使用PancVH1、TKCC PDCLs和PDTOs共多种模型进行验证 检查TFIIH抑制剂(THZ1、SNS-032、Triptolide)对RPB1、MCL1、XIAP、CFLAR等蛋白表达的影响 采用Caspase-8活性测定和Caspase-8抑制剂实验验证凋亡依赖 通过Bliss独立模型评估药物联合协同作用 通过免疫印迹检测蛋白表达量变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得代表典型KRAS/TP53突变PDAC的体外模型,并明确其基因组背景。
从患者手术标本建立PDX和低传代细胞系PancVH1,通过全外显子测序、aCGH和免疫印迹验证KRAS、TP53等关键突变和信号通路激活状态。
系统鉴定KRAS突变PDAC细胞生存所依赖的基因和可成药靶点。
在PancVH1中执行针对6659个基因的可成药基因组siRNA筛选,并在其他7个KRAS突变PDAC细胞系和HPNE中进行激酶组siRNA筛选,随后进行二级筛选和基因集富集分析。
通过药物筛选验证RNAi筛选中鉴定的靶点,并发现TFIIH复合物作为潜在治疗靶点。
使用含320种药物的CTD2网络告知子集(CNIS)库对PancVH1和HPNE进行高内涵药物筛选,并进一步在14个TKCC PDCL和11个PDCL亚组中用22种和7种药物进行剂量反应分析。
阐明TFIIH抑制剂诱导细胞死亡的分子机制。
通过免疫印迹检测TFIIH抑制剂(THZ1, SNS-032, Triptolide)处理后RPB1、CFLAR、MCL1、XIAP、STAT3、FOSL1等蛋白水平变化,以及caspase-8活性和caspase-8抑制剂对细胞活力的影响。
验证TFIIH抑制剂与TRAIL联合使用的协同抗肿瘤效果。
在11个KRAS突变PDCL中,使用6x6剂量矩阵(TRAIL与THZ1/SNS-032/Triptolide组合)处理72小时后,用Bliss独立模型计算协同分数。
在更接近体内环境的PDAC患者来源类器官模型中验证TFIIH抑制剂的疗效。
利用CNIS库和定制平台对PDAC患者来源类器官(PDTOs)和正常胰腺类器官(NPO)进行药物处理,比较TFIIH抑制剂与标准治疗药物的效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI1640培养基 | ATCC | 30-2001 |
| ITS补充剂 | Corning | 354351 | |
| 胎牛血清 | Atlas Biologicals | -- | |
| RNA干扰 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | ThermoFisher Scientific | 13778500 |
| Opti-MEM培养基 | Thermo Scientific | 31985-062 | |
| 细胞活力检测 | CellTiterGlo发光细胞活力检测试剂盒 | Promega | -- |
| 免疫印迹 | 抗CFLAR抗体 | ENZO | ALX-804-961 |
| 抗CDK7抗体 | Cell Signaling Technology | 2916 | |
| 抗Cyclin H抗体 | Cell Signaling Technology | 2927 | |
| 抗XPB抗体 | Cell Signaling Technology | 8746 | |
| 药物处理 | THZ1(CDK7/12/13共价抑制剂) | ApexBio | B4736 |
| SNS-032(CDK7/9抑制剂) | Selleckchem | S1145 | |
| 雷公藤甲素(XPB抑制剂) | Tocris | 3253 | |
| 联合药物处理 | izTRAIL(多价TRAIL) | Adipogen | AG-40B-0069-C010 |
| 细胞培养(类器官) | Matrigel基质胶 | -- | -- |
| 免疫印迹 | PVDF膜 | Millipore | IPFL00010 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞培养基成分和添加物,如血清浓度、生长因子等 阅读提示:详见Materials and Methods中的Cell Culture部分 |
| RNAi筛选 | siRNA转染浓度、细胞密度、转染试剂用量及处理时间 阅读提示:详见Materials and Methods中的Arrayed druggable genome RNAi screen和DsiRNA gene target validation部分 |
| 药物处理 | 药物浓度范围、处理时长和细胞活力测定时间点 阅读提示:详见Materials and Methods中的Drug profiling部分和相应图注 |
| 免疫印迹 | 抗体信息、裂解缓冲液、上样量及检测条件 阅读提示:详见Materials and Methods中的Immunoblotting部分及图注 |
| Caspase-8活性及抑制实验 | 药物浓度(如500nM)、处理时间(24小时)、抑制剂使用浓度 阅读提示:详见Materials and Methods中的Caspase-8 activity assay部分 |
| 联合用药协同实验 | 药物组合矩阵范围、细胞密度、处理时间 阅读提示:详见Materials and Methods中的Bliss independence drug synergy assay部分 |
| 类器官模型 | 类器官培养条件、药物处理浓度及时间 阅读提示:详见Materials and Methods中的Preclinical PDAC Organoid Screening Platform部分 |