体外细胞毒性筛选
评估YUM70对胰腺癌细胞系和正常细胞的细胞毒性。
使用MTT法检测YUM70对多种胰腺癌细胞系(MIA PaCa-2, PANC-1, BxPC-3, UM59)和正常胰腺细胞(HPNE)的细胞活力,计算IC50值。
The Hydroxyquinoline Analogue YUM70 Inhibits GRP78 to Induce ER Stress-Mediated Apoptosis in Pancreatic Cancer
包含体外细胞活力与3D球体实验、Bru-seq转录组分析、Western blot验证、ATPase活性与热位移实验、免疫共沉淀、PROTAC降解实验、异种移植模型体内疗效及组合协同实验等多层次验证。
MIA PaCa-2、PANC-1、BxPC-3胰腺癌细胞系 UM59患者来源胰腺癌细胞系 HPNE正常胰腺细胞 MIA PaCa-2异种移植裸鼠模型
YUM70在胰腺癌细胞中的IC50值 YUM70对GRP78 ATPase活性的抑制浓度 YUM70与GRP78的结合及靶点验证 YUM70在异种移植模型中的给药剂量(30 mg/kg)和频率 YUM70与拓扑替康、伏立诺他联合用药的协同指数
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估YUM70对胰腺癌细胞系和正常细胞的细胞毒性。
使用MTT法检测YUM70对多种胰腺癌细胞系(MIA PaCa-2, PANC-1, BxPC-3, UM59)和正常胰腺细胞(HPNE)的细胞活力,计算IC50值。
在3D培养模型中验证YUM70对肿瘤球体的生长抑制作用。
将PANC-1和UM59细胞在U型底96孔板中培养形成球体,用YUM70处理,测量球体大小和细胞活力。
识别YUM70处理后的转录变化,揭示内质网应激相关通路。
用YUM70 (5 μM)处理MIA PaCa-2细胞24小时,提取新生RNA进行测序,分析差异表达基因和通路富集。
确认YUM70直接与GRP78结合并抑制其活性。
采用热位移实验测定YUM70对纯化GRP78熔解温度的影响,通过CETSA检测细胞内靶点结合,并用ATPase实验测定酶活性抑制。
评估YUM70是否通过ER应激诱导凋亡。
用Western blot检测UPR和凋亡蛋白表达(如CHOP、ATF4、p-eIF2α、cleaved PARP、cleaved caspase 3),并用caspase-3/7活性实验、Annexin V-FITC实验确认凋亡。
评估YUM70在体内的抗肿瘤作用和安全性。
将MIA PaCa-2细胞皮下注射到裸鼠,当肿瘤体积达50 mm³时分组,腹腔注射YUM70或对照,每周5次,监测肿瘤体积和体重,结束后取肿瘤和主要器官进行IHC和H&E染色。
探索YUM70与现有抗肿瘤药物的协同效应。
用克隆形成实验检测YUM70与拓扑替康、伏立诺他等药物联合对MIA PaCa-2细胞存活的影响,并计算组合指数。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 二甲基亚砜 | Sigma | D2438 |
| 药物处理 | 衣霉素 | Cayman Chemicals | 11445 |
| 拓扑替康 | Selleckchem | S1231 | |
| 伏立诺他 | LC Laboratories | V-8477 | |
| MG132 | Cayman | 10012628 | |
| 细胞培养 | CellTracker™ 绿色CMFDA染料 | Thermo Fisher Scientific | C2925 |
| 内质网染色 | 内质网红色荧光探针 | Invitrogen | E34250 |
| Western blot | M-PER哺乳动物蛋白提取试剂 | Thermo Fisher Scientific | 78503 |
| BCA蛋白检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 4970S | |
| CHOP抗体 | Cell Signaling Technology | 2895S | |
| cleaved PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 5625 | |
| p-eIF2α抗体 | Cell Signaling Technology | 9721 | |
| cleaved caspase 3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664 | |
| caspase 3抗体 | Cell Signaling Technology | 14220 | |
| PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 9542 | |
| PERK抗体 | Cell Signaling Technology | 5683P | |
| IRE1α抗体 | Cell Signaling Technology | 3294 | |
| GRP78抗体 | Santa Cruz/Proteintech | SC13968/PA519503 | |
| CHAC-1抗体 | GenTex | GTX120775 | |
| DDIT4抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-13253 | |
| FAM129A抗体 | Sigma | SAB4300570 | |
| UPP1抗体 | Sigma | SAB1402388 | |
| ATF4抗体 | Proteintech | 10835-1-AP | |
| 免疫荧光 | Hoechst染料 | Invitrogen | 33342 |
| ProLong™Gold抗淬灭封片剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 3D球体实验 | 胶原蛋白 | Stemcell Technologies | -- |
| CellTiter-Glo® 3D细胞活力检测试剂盒 | Promega | G9683 | |
| ATPase活性检测 | ADP-Glo™激酶检测试剂盒 | Promega | V6930 |
| 热位移实验 | 1,8-ANS荧光探针 | -- | -- |
| CETSA | Veriti热循环仪 | Applied Biosystems | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | BD Pharmigen | 556547 |
| 流式分析 | Bio-Rad ZE5流式细胞分析仪 | Bio-Rad | -- |
| 酶标仪 | 多功能酶标仪 (Synergy H1) | BioTek | -- |
| 蛋白质印迹 | Odyssey成像系统 | LI-COR Biosciences | -- |
| 细胞培养 | PlasmoTest™支原体检测试剂盒 | InvivoGen | rep-pt1 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(MIA PaCa-2, PANC-1, BxPC-3, HPNE等)的培养基和FBS浓度 阅读提示:Materials and Methods: Cell lines and culture conditions |
| 细胞活力测定 | YUM70处理浓度、时间、细胞数和MTT试剂盒 阅读提示:Figure 1 legend; Materials and Methods |
| 3D球体实验 | 细胞接种数、胶原浓度、处理时间、CellTiter-Glo® 3D检测步骤 阅读提示:Materials and Methods: 3D spheroid assay |
| Bru-seq | YUM70浓度(5 μM)、处理时间(24小时)、Bru标记浓度及时间 阅读提示:Materials and Methods: Bru-seq |
| 靶点结合实验 | YUM70和对照化合物浓度,热位移实验的温度范围,CETSA加热温度和时间 阅读提示:Materials and Methods: Thermal shift assay, CETSA |
| Western blot | YUM70处理浓度和时间,抗体信息和稀释比例 阅读提示:Materials and Methods: Western blot, Figure legends 2 and 3 |
| 凋亡检测 | YUM70处理浓度和时间,caspase 3/7试剂盒和Annexin V-FITC试剂盒使用 阅读提示:Materials and Methods: Caspase activity assay, Annexin V-FITC assay |
| 异种移植实验 | 细胞注射数量、动物品系、给药剂量、频率、给药途径、对照组组成 阅读提示:Materials and Methods: Xenograft study, Figure 5 legend |