分子对接与分子动力学模拟
评估V-1520与TSPO的结合模式及稳定性
使用Bacillus cereus TSPO晶体结构进行分子对接,并运行1000 ns的分子动力学模拟评估复合物稳定性。
Preclinical Fluorescence-Guided Imaging Leveraging Surrounding Sentinel Tumor Microenvironment Identifies High-Risk Premalignant Pancreatic Lesions
包含体外分子对接与分子动力学模拟、基因工程小鼠模型、术中荧光成像、离体成像、组织学与免疫组化等多层级实验,并进行功能验证。
KSC基因工程小鼠(Ptf1a-Cre; LSL-KrasG12D/+; Smad4flox/flox) KC基因工程小鼠(Ptf1a-Cre; LSL-KrasG12D/+) 野生型同窝对照小鼠
V-1520注射剂量为0.2 mM,100 μL(1.5 mg/kg),通过尾静脉注射,注射后24小时进行成像 KSC小鼠年龄分组:早期出生后4-5周,青春期6-10周,成年11-12周 KC小鼠年龄为15-23周 使用Curadel RP-1 OSN系统进行术中成像,800 nm波长滤光片 统计方法包括未配对t检验和单因素方差分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估V-1520与TSPO的结合模式及稳定性
使用Bacillus cereus TSPO晶体结构进行分子对接,并运行1000 ns的分子动力学模拟评估复合物稳定性。
建立胰腺癌进展模型和胰腺炎模型
通过Cre-Lox重组产生KSC小鼠(KrasG12D突变和Smad4缺失)和KC小鼠(仅Kras突变),并用PCR进行基因分型。
在活体状态下评估V-1520在各阶段KSC小鼠胰腺中的积累
尾静脉注射V-1520,24小时后使用Curadel RP-1 OSN系统进行术中成像,采集白光、荧光和叠加图像。
验证V-1520在胰腺病变中的特异性积累及全身分布
处死小鼠后收集主要器官,用Curadel RP-1 OSN系统进行离体近红外成像,并量化胰腺/肌肉比值。
评估胰腺组织病理变化、TSPO表达及巨噬细胞浸润和极化
对胰腺组织进行H&E和天狼星红染色,进行TSPO、CD68、CD80、CD163免疫荧光/免疫组化染色,并使用HALO软件进行定量。
获取V-1520在小鼠体内的三维空间分布
注射V-1520后24小时处死小鼠,冷冻包埋后使用Xerra平台进行断层成像,切片成像。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 荧光引导手术成像 | Curadel RP-1 OSN系统 | -- | -- |
| 离体成像 | Odyssey成像系统 | LI-COR Biosciences | -- |
| 组织学染色 | 三色染色试剂盒 | Abcam | Ab150686 |
| 组织学扫描 | Aperio AT2显微镜 | Leica | -- |
| 组织学定量 | HALO图像分析平台 | Indica Labs, Inc | -- |
| 免疫荧光染色 | TSPO重组兔单克隆抗体 | Invitrogen | MA5-24844 |
| CD68抗体 | Abcam | ab53444 | |
| 羊抗兔IgG(H+L)高交叉吸附二抗,Alexa Fluor Plus 488 | Invitrogen | A32731 | |
| 羊抗大鼠IgG(H+L)交叉吸附二抗,Alexa Fluor 633 | Invitrogen | A-21094 | |
| ProLong™ Gold抗淬灭封片剂(含DNA染料DAPI) | Invitrogen | P3693 | |
| 免疫荧光成像 | FV3000共聚焦显微镜 | Olympus | -- |
| 免疫组化染色 | CD68抗体 | Abcam | . |
| CD80/B7-1单克隆抗体 | Proteintech | 66406-1-Ig | |
| CD163多克隆抗体 | Proteintech | 16646-1-AP | |
| 即用型生物素化羊抗兔IgG二抗 | Vector Laboratories | BP-9100-50 | |
| 即用型VECTASTAIN® Elite® ABC-HRP试剂,过氧化物酶 | Vector Laboratories | PK-7100 | |
| M.O.M.®(鼠抗鼠)ImmPRESS® HRP聚合物试剂盒 | Vector Laboratories | MP-2400 | |
| 图像扫描 | KEYENCE BZ-X810全功能荧光显微镜 | KEYENCE | -- |
| 冷冻荧光断层成像 | Xerra平台 | EMIT Imaging | -- |
| 统计分析 | Graph Prism | GraphPad Software | version |
| 分子对接 | Maestro平台 | Schrödinger | version |
| 分子动力学模拟 | Desmond模块 | Schrödinger | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 分子对接与分子动力学模拟 | Maestro版本、OPLS4力场、模拟时间1000ns、温度300K、压力1.01325bar 阅读提示:Materials and Methods: Molecular docking, Molecular dynamics simulations |
| 小鼠模型 | 小鼠基因型(KSC: Ptf1a-Cre; LSL-KrasG12D/+; Smad4flox/flox;KC: Ptf1a-Cre; LSL-KrasG12D/+),年龄范围(KSC: 4-12周;KC: 15-23周),性别(两种性别) 阅读提示:Materials and Methods: Genetically engineered mouse models |
| 体内成像 | V-1520注射剂量(100 μL 0.2 mM,1.5 mg/kg),注射途径(尾静脉),成像时间(注射后24小时),成像系统(Curadel RP-1 OSN系统),波长(800 nm) 阅读提示:Materials and Methods: In vivo imaging with FGS, Results: Fig. 1C |
| 组织病理学与免疫组化 | 抗体克隆号、品牌、稀释度(文中未明确说明)、染色条件(4℃过夜)、图像采集系统 阅读提示:Materials and Methods: Tissue processing and histological examination, Immunofluorescent and immunohistochemical staining |
| 图像定量与统计 | HALO软件版本、统计分析使用Graph Prism(版本10.3),统计方法(未配对t检验、单因素方差分析),显著性水平(p<0.05) 阅读提示:Materials and Methods: Statistical analysis, Results: figure legends |