KIN-3248的生化活性与选择性评估
评估KIN-3248对FGFR1-4及其突变体的抑制活性和选择性。
使用迁移率位移实验和NanoBRET检测KIN-3248对FGFR激酶的IC50,并在296个激酶面板上测试选择性。
The Irreversible FGFR Inhibitor KIN-3248 Overcomes FGFR2 Kinase Domain Mutations
包含体外细胞活力、信号通路检测、体内异种移植模型及组合治疗等实验层级,且明确进行功能验证和机制验证。
CCLP-1细胞系异种移植瘤模型 ICC-27 PDX模型 CTG-0997 PDX模型 UM-UC-14膀胱癌细胞系
FGFR2-PHGDH融合基因的激酶结构域突变(如V565F、N550K) KIN-3248给药剂量(5 mg/kg和15 mg/kg) 组合用药(afatinib, trametinib)的剂量 肿瘤体积测量方法 药效学终点(pFRS2, pERK)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估KIN-3248对FGFR1-4及其突变体的抑制活性和选择性。
使用迁移率位移实验和NanoBRET检测KIN-3248对FGFR激酶的IC50,并在296个激酶面板上测试选择性。
在FGFR依赖的ICC细胞系中建立表达FGFR2-PHGDH融合及突变的模型。
将FGFR2-PHGDH融合构建体转入CCLP-1细胞,并引入13种激酶结构域突变。
评估KIN-3248对携带FGFR2或FGFR3突变的细胞的增殖抑制和信号通路影响。
MTT细胞活力实验和免疫印迹检测pFRS2、pERK等信号蛋白。
评估KIN-3248在异种移植模型中的抗肿瘤效果。
使用CCLP-1-FP肿瘤模型和ICC PDX(CTG-0997、ICC-27),每日给药,测量肿瘤体积并分析信号通路。
测试KIN-3248与EGFR或MEK抑制剂联合使用的增效作用。
在ICC-27和ICC-21模型中联合使用afatinib或trametinib,评估肿瘤生长抑制和耐受性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| LTIM培养基 | -- | -- | |
| 细胞活力实验 | MTT试剂 | -- | -- |
| 蛋白提取 | Pierce™蛋白酶抑制剂 | ThermoFisher | A32965 |
| 免疫印迹 | phospho-FRS2 Y196抗体 | Cell Signaling Technology | 3864S |
| SHP2抗体 | Cell Signaling Technology | 3397S | |
| phospho-MEK1/2 S217/221抗体 | Cell Signaling Technology | 9154S | |
| MEK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4694S | |
| phospho-ERK1/2 T202/Y204抗体 | Cell Signaling Technology | 4370S | |
| ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695S | |
| FGFR2抗体 | Abcam | ab10648 | |
| phospho-SHP2 Y542抗体 | Abcam | ab62322 | |
| FRS2抗体 | Abcam | ab183492 | |
| β-actin抗体 | Sigma | A5316 | |
| GAPDH抗体 | Sigma | AM4300 | |
| 免疫组化 | Ki-67抗体 | Servicebio | GB13030-2 |
| 免疫荧光 | 角蛋白17/19抗体 | Cell Signaling Technology | 12434 |
| Ki-67抗体 | Servicebio | GB13030-2 | |
| 信号通路检测 | Meso Scale Discovery | -- | K150KJD-3 |
| Meso Scale Discovery | -- | K15107D | |
| Cisbio高级phospho-ERK (Thr202/Tyr204)细胞检测试剂盒 | Cisbio | 64AERPEH | |
| 细胞培养 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 杀稻瘟菌素 | -- | -- | |
| 构建载体 | NEBuilder HiFi DNA组装试剂盒 | New England Biolabs | -- |
| 蛋白裂解 | 裂解缓冲液 | -- | -- |
| Calbiochem磷酸酶抑制剂混合物I和II | Calbiochem | -- | |
| 蛋白定量 | Pierce BCA蛋白测定试剂盒 | Pierce | -- |
| 动物实验 | NSG小鼠 | Jackson Laboratory | 00557 |
| 裸鼠 | -- | -- | |
| 药物处理 | 伏替巴替尼 | Selleckchem | S8848 |
| 英菲格拉替尼 | Selleckchem | S2183 | |
| 培米替尼 | Selleckchem | S0088 | |
| 厄达非替尼 | Selleckchem | S8401 | |
| 阿法替尼 | Selleckchem | S1011 | |
| KIN-3248 | Kinnate Biopharma Inc. | -- | |
| 曲美替尼 | -- | -- | |
| ddPCR | DNeasy血液和组织DNA提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| ddPCR探针超混液 | Bio-Rad | -- | |
| 探针用液滴生成油 | Bio-Rad | -- | |
| QX200液滴读取器 | Bio-Rad | -- | |
| QX200™ ddPCR™突变检测试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| 数据分析 | GraphPad Prism软件 | -- | -- |
| 图像分析 | ImageJ软件 | -- | -- |
| Fiji软件 | -- | -- | |
| 显微成像 | Nikon Eclipse Ti显微镜 | Nikon | -- |
| EasyScan Infinity扫描仪 | Motic | -- | |
| 均质化 | Precellys 24均质器 | Bertin Instruments | -- |
| 检测设备 | PerkinElmer EnVision 2105酶标仪 | PerkinElmer | -- |
| MSD Sector 6000读板仪 | Meso Scale Discovery | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞活力实验 | 细胞密度3000细胞/孔;药物处理9点浓度;孵育3天 阅读提示:Cell viability assay部分 |
| 体内药效实验 | 小鼠品系NSG或裸鼠;细胞接种量1.5×10^6或肿瘤碎片体积;治疗起始肿瘤体积~200mm3;给药剂量和频率;治疗时间 阅读提示:In vivo studies部分 |
| 免疫印迹 | 蛋白上样量20μg;抗体稀释比例;孵育时间 阅读提示:Immunoblot analysis部分 |
| ddPCR | DNA模板量20ng;反应条件(95°C变性5分钟,40个循环94°C 30秒、55°C 1分钟、98°C 10分钟) 阅读提示:ddPCR analysis部分 |