筛选降低TC核内水平的小分子
鉴定能够降低TC核内定位或诱导其降解的化合物。
使用两种化学文库(Pinpoint化学探针库和FDA批准药物库)共3,878种化合物,在EHE17细胞中进行免疫荧光表型筛选,检测TC的细胞质/细胞核比率。
CDK9 Inhibition by Dinaciclib Is a Therapeutic Vulnerability in Epithelioid Hemangioendothelioma
体外细胞实验(细胞活力、凋亡、蛋白免疫印迹)、分子实验(qPCR、ChIP、RNA-seq)及体内小鼠异种移植模型等多层级验证。
EHE17细胞系(小鼠EHE GEMM来源) EHE6细胞系(小鼠EHE GEMM来源) EHE26细胞系(小鼠EHE GEMM来源) NSG小鼠皮下异种移植模型
EHE17细胞系 化合物浓度(dinaciclib 300 nM, CGP60474 500 nM, AZD4573 300 nM, MG132 10 μM) 小鼠给药剂量(40 mg/kg,腹腔注射,每周两次,持续4周) 处理时间(16小时)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定能够降低TC核内定位或诱导其降解的化合物。
使用两种化学文库(Pinpoint化学探针库和FDA批准药物库)共3,878种化合物,在EHE17细胞中进行免疫荧光表型筛选,检测TC的细胞质/细胞核比率。
确认CDK抑制剂处理是否导致TC蛋白水平降低和蛋白酶体降解。
用CGP60474和dinaciclib处理EHE17、EHE6、EHE26细胞,通过免疫印迹检测TC蛋白水平;并用蛋白酶体抑制剂MG132处理以验证降解机制。
确定CDKi处理是否下调TC依赖的转录程序。
通过qPCR检测TC靶基因(Amotl2、Arhgap29、Ajuba)的表达;使用RNA-seq分析dinaciclib处理后全局基因表达变化,并通过基因集富集分析(GSEA)比较TEAD抑制剂MGH-CP1处理的基因表达。
评估CDKi处理对EHE细胞存活和凋亡的影响。
使用CCK-8代谢检测法测定细胞活力,使用Caspase-Glo检测法测定caspase 3/7活性。
评估dinaciclib在EHE同种移植模型中的体内抗肿瘤活性。
将EHE17细胞皮下注射到NSG小鼠,肿瘤形成后随机分组,腹腔注射dinaciclib或载体,每周两次,持续4周,评估肺转移灶面积和体重变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | c-endo培养基 | -- | -- |
| DMEM/F12培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10437028 | |
| 内皮细胞生长补充剂 | Corning | 356006 | |
| 肝素 | Millipore/Sigma | H3149 | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 支原体检测试剂盒 | R&D Systems | CUL001B | |
| 免疫荧光 | PhenoPlate微孔板 | Perkin Elmer | 6055300 |
| 甲醛 | -- | -- | |
| 封闭缓冲液 | CST | 12411 | |
| TAZ抗体 | CST | 83669 | |
| CAMTA1抗体 | Invitrogen | PA5-78440 | |
| YAP抗体 | CST | 14074 | |
| Alexa Fluor 488二抗 | CST | 4412 | |
| Hoechst 33342 | Invitrogen | H3570 | |
| 细胞处理 | 索拉非尼 | MedChemExpress | HY-10201 |
| 辛伐他汀 | MedChemExpress | HY-17502 | |
| 细胞松弛素D | MedChemExpress | HY-N6682 | |
| 毛喉素 | MedChemExpress | HY-15371 | |
| Dinaciclib | MedChemExpress | HY-10492 | |
| CGP60474 | MedChemExpress | HY-11009 | |
| dBET6 | MedChemExpress | HY-112588 | |
| 雷公藤甲素 | MedChemExpress | HY-32735 | |
| 雷公藤内酯酮 | MedChemExpress | HY-32736 | |
| 帕博西尼 | MedChemExpress | HY-50767 | |
| RO-3306 | MedChemExpress | HY-12529 | |
| CVT-313 | MedChemExpress | HY-15339 | |
| Roscovitine | MedChemExpress | HY-30237 | |
| AZD4573 | MedChemExpress | HY-112088 | |
| MG-132 | CST | 2194 | |
| Leptomycin B | CST | 9676S | |
| INI-43 | Sigma | SML1911 | |
| MGH-CP1 | Selleckchem | S9735 | |
| 表型筛选 | Pinpoint化学探针库 | -- | -- |
| FDA批准药物库 | ApexBio | L1021 | |
| PhenoPlate微孔板 | Perkin Elmer | 6057302 | |
| Multidrop分液器 | Thermo Scientific | 5840330 | |
| Cytation 5 | Agilent BioTek | -- | |
| 蛋白检测 | RIPA裂解缓冲液 | Thermo Scientific | 89901 |
| Histone H3抗体 | CST | 3638 | |
| GAPDH抗体 | Thermo Fisher | 39-8600 | |
| β-actin抗体 | Sigma | A5441 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Santa Cruz | sc-2004 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Thermo Fisher | G21040 | |
| ECL发光试剂 | Thermo Scientific | 34577 | |
| ChemiDoc成像系统 | Bio-Rad | 12003153 | |
| 分子生物学 | Quick-RNA Miniprep试剂盒 | Zymo Research | R1054 |
| High-Capacity cDNA反转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4368814 | |
| SYBR Green | Bio-Rad | 1725271 | |
| SimpleChIP Plus酶法染色质IP试剂盒 | CST | 9005 | |
| 通用探针库 | Roche | 04707494001 | |
| 测序 | RNA测序服务 | Novogene | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8 | Dojindo | CK04 |
| 凋亡检测 | Caspase-Glo检测试剂盒 | Promega | G8090 |
| 动物实验 | NSG小鼠 | The Jackson Laboratory | 005557 |
| 羟丙基-β-环糊精 | -- | -- | |
| 数据分析 | GraphPad Prism | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | EHE细胞系(EHE17、EHE6、EHE26)的培养条件:c-endo培养基,含20% FBS、40 ng/ml内皮细胞生长补充剂、15 U/ml肝素、50 μg/ml青霉素/链霉素,5% CO2,37°C。 阅读提示:见Materials and Methods中的Cell Lines |
| 化合物处理 | 化合物浓度和处理时间:dinaciclib(300 nM)、CGP60474(500 nM)、AZD4573(300 nM)处理16小时;MG132(10 μM)处理;均需验证。 阅读提示:见Materials and Methods中的Compounds及结果部分 |
| 表型筛选 | EHE17细胞铺板密度(约5000细胞/孔)、化合物浓度(10 μM)、处理时间(16小时)、免疫荧光TAM抗体浓度(1:200)、二抗浓度(1:500)。 阅读提示:见Materials and Methods中的Phenotypic Screen |
| 细胞活力检测 | 细胞铺板数(2000细胞/24孔板)、处理时间(7天)、检测波长(450 nm)。 阅读提示:见Materials and Methods中的Cell Viability Assays |
| 凋亡检测 | 细胞处理时间(24小时)、caspase 3/7活性检测。 阅读提示:见Materials and Methods中的Apoptosis Assay |
| 动物实验 | 小鼠品系(NSG,7周龄)、细胞注射数(5×10^6 EHE17细胞)、肿瘤起始体积(约150 mm^3)、给药剂量(40 mg/kg)、给药频率(每周两次)、疗程(4周)、溶剂(20% HPBCD)。 阅读提示:见Materials and Methods中的Mouse Allografts |