体内shRNA筛选
鉴定放疗和化疗的增敏靶点
使用三个HPV阴性HNSCC细胞系(UM-SCC-22a、HN31、Cal27)感染shRNA文库,皮下植入裸鼠,肿瘤达100mm3时给予放疗或卡铂处理,分析shRNA耗竭基因。
FAK Drives Resistance to Therapy in HPV-Negative Head and Neck Cancer in a p53-Dependent Manner
研究包含体内shRNA筛选、细胞系功能实验、DNA修复检测、动物模型及临床队列验证,多个独立证据层级,具有明确功能验证和机制验证。
HPV阴性HNSCC细胞系(HN31、HN30、UM-SCC-1等) HN31异种移植小鼠模型 HPV阴性HNSCC临床队列
细胞系TP53突变状态(HN31突变型、HN30野生型) FAK抑制剂defactinib浓度(0.5μmol/L等) 放疗剂量(2 Gy)和化疗药物(卡铂、顺铂)处理 DNA修复检测(HR、NHEJ)及ROS测定 临床队列中FAK拷贝数及表达与TP53状态分层
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定放疗和化疗的增敏靶点
使用三个HPV阴性HNSCC细胞系(UM-SCC-22a、HN31、Cal27)感染shRNA文库,皮下植入裸鼠,肿瘤达100mm3时给予放疗或卡铂处理,分析shRNA耗竭基因。
验证FAK抑制在突变型TP53细胞中对放疗的增敏作用
HN31异种移植模型使用FAK shRNA敲低,结合放疗;细胞克隆形成实验评估defactinib对放疗敏感性的影响。
验证FAK抑制在突变型TP53细胞中对化疗的增敏作用
使用shRNA或defactinib抑制FAK,结合卡铂或顺铂处理,进行克隆形成、TUNEL和MTT实验。
探究FAK抑制影响DNA修复和氧化应激的机制
使用I-Scel报告基因检测HR和NHEJ,使用DCFDA检测ROS。
评估FAK表达和TP53状态与临床结局的关系
分析94例HPV阴性HNSCC患者肿瘤的FAK拷贝数、表达和TP53突变状态,进行生存分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型 | 裸鼠 | -- | -- |
| 细胞培养 | DMEM/F-12 50/50培养基 | -- | -- |
| MEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 药物处理 | 地法替尼 | Selleck Chemicals | S7654 |
| 顺铂 | Selleck Chemicals | S1166 | |
| 卡铂 | Selleck Chemicals | S1215 | |
| DNA修复实验 | KU-55933 | Selleckchem | -- |
| ROS检测 | CM-H2DCFDA | Thermo Fisher Scientific | D399 |
| 蛋白质印迹 | Halt蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Scientific | -- |
| Halt磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Scientific | -- | |
| DC蛋白测定试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| Transblot Turbo设备 | Bio-Rad | -- | |
| ECL2蛋白质印迹底物 | Pierce Biotechnology | -- | |
| 流式细胞术 | BD Accuri C6 Plus流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| FACS缓冲液 | -- | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma | -- | |
| 细胞凋亡检测 | ApopTag荧光原位凋亡检测试剂盒 | EMD Millipore | -- |
| DAPI | -- | -- | |
| VectaShield | Vector Labs | -- | |
| 细胞培养 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 聚乙烯亚胺 | -- | -- | |
| 质粒构建 | pDRGFP | Addgene | 26475 |
| EJ5GFP | Addgene | 44026 | |
| pCBASceI | Addgene | 26477 | |
| mCherry | Addgene | 41583 | |
| pBABEpuro | Addgene | 51124 | |
| 蛋白质印迹 | 磷酸化FAK (Tyr397) | Cell Signaling Technology | 3283 |
| 总FAK | Cell Signaling Technology | 3285 | |
| 磷酸化p53 (Ser20) | Cell Signaling Technology | 9287 | |
| p53 (1C12) | Cell Signaling Technology | 2524 | |
| β-肌动蛋白 (C4) | MilliporeSigma | MAB1501 | |
| p53 (DO-1) | Santa Cruz Biotechnology | sc-126 | |
| 山羊抗兔二抗 | GE Healthcare | NA934V | |
| 山羊抗小鼠二抗 | GE Healthcare | NA931V | |
| 流式细胞术 | Epoch酶标仪 | BioTek | -- |
| 蛋白质印迹 | QSonica Q700超声破碎仪 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系培养 | 细胞系来源、培养基(DMEM/F-12 或 MEM)、血清浓度、抗生素 阅读提示:Materials and Methods,Cell lines部分 |
| 药物处理 | defactinib浓度、处理时间(24小时等)、溶剂对照(DMSO) 阅读提示:Materials and Methods,Clonogenic survival assay和MTT assay部分 |
| 放疗方案 | 辐射剂量(2 Gy)、分次方案(每日一次共4天) 阅读提示:Materials and Methods,Mouse xenograft model部分 |
| DNA修复检测 | 报告质粒(pDRGFP、EJ5GFP)、转染量、药物浓度(50 μmol/L defactinib等)、阳性对照(ATM抑制剂) 阅读提示:Materials and Methods,Nonhomologous end joining and homologous recombination section |
| 临床样本分析 | 患者队列来源、TP53突变状态分层、FAK拷贝数和表达分组 阅读提示:Materials and Methods,Clinical data部分 |