队列建立与样本收集
建立神经母细胞瘤患者队列并收集系列骨髓样本,以研究t-MDS/AL的进化。
纳入52例神经母细胞瘤患者,分为转化组(17例)、短暂组(14例)和对照组(21例),共199份骨髓样本。样本在治疗期间每3-6个月采集一次,并额外收集部分样本用于ddPCR。
Bone Marrow Surveillance of Pediatric Cancer Survivors Identifies Clones that Predict Therapy-Related Leukemia
包含三个独立队列的纵向系列样本分析、TP53突变的ddPCR回溯检测、以及657例儿科患者的扩展队列验证,且包含功能验证(CH风险预测)。
神经母细胞瘤患者骨髓样本(包括转化组、短暂组、对照组) 儿科实体瘤患者队列(MSK-IMPACT队列)
患者队列:52例神经母细胞瘤患者,分为转化组(17例)、短暂组(14例)、对照组(21例),另加657例儿科实体瘤患者队列 样本采集:骨髓样本每3-6个月采集一次,共199份(转化组88份,短暂组74份,对照组37份) 检测方法:HemePACT靶向DNA测序、ArcherDX FusionPlex RNA测序、ddPCR、MSK-IMPACT测序 突变检测阈值:VAF≥0.02且≥3个突变支持读数 相对风险计算:比较转化组与短暂组,相对风险8.8(95%CI: 1.3-57.8)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立神经母细胞瘤患者队列并收集系列骨髓样本,以研究t-MDS/AL的进化。
纳入52例神经母细胞瘤患者,分为转化组(17例)、短暂组(14例)和对照组(21例),共199份骨髓样本。样本在治疗期间每3-6个月采集一次,并额外收集部分样本用于ddPCR。
检测t-MDS/AL相关的基因突变、重排和拷贝数异常。
使用HemePACT靶向DNA测序检测基因突变和拷贝数异常,使用ArcherDX FusionPlex RNA测序检测基因融合,并对TP53突变进行ddPCR验证。
评估t-MDS/AL相关突变在诊断前的时间点是否出现及其动态变化。
对系列样本进行突变检测,追踪突变的出现时间和VAF变化,并比较不同组间的突变频率。
评估CH在更广泛的儿科实体瘤患者中的发生率。
对657例儿科实体瘤患者的肿瘤和匹配血液样本进行MSK-IMPACT测序,分析CH的发生率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA测序 | HemePACT | Nimblegen SeqCap | -- |
| RNA测序 | ArcherDX FusionPlex PanHeme 面板 | ArcherDX | -- |
| 全外显子测序 | MSK-IMPACT | MSK | -- |
| ddPCR | QX200 ddPCR系统 | Bio-Rad | 1864001 |
| DNA提取 | DNeasy 血液和组织试剂盒 | QIAGEN | 69504 |
| DNA/RNA提取 | AllPrep DNA/RNA 微型试剂盒 | QIAGEN | 80204 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | ThermoFisher | 15596018 |
| 测序平台 | Illumina HiSeq 4000 | Illumina | -- |
| Illumina HiSeq 2500 | Illumina | -- | |
| Illumina NextSeq 500 | Illumina | -- | |
| 测序试剂 | KAPA Hyper Prep 试剂盒 | Kapa Biosystems | KK8504 |
| HiSeq 3000/4000 SBS 试剂盒 | Illumina | -- | |
| TruSeq SBS 试剂盒 v4 | Illumina | -- | |
| HiSeq Rapid SBS 试剂盒 v2 | Illumina | -- | |
| NextSeq 500/550 高输出试剂盒 v2.1 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 队列选择 | 患者纳入标准(年龄、诊断、治疗历史)、分组标准(t-MDS/AL、短暂、对照)、样本数量(转化组17例、短暂组14例、对照组21例) 阅读提示:Methods: Patient selection, Table 1 |
| 样本收集与处理 | 骨髓样本采集频率(每3-6个月)、保存方法(DMSO或TRIzol)、DNA/RNA提取方法(AllPrep或DNeasy试剂盒) 阅读提示:Methods: Sample selection, Sample processing |
| 测序与突变检测 | 测序平台(HiSeq 4000/2500、NextSeq 500)、测序深度(中位705×)、突变检测阈值(VAF≥0.02,≥3支持读数)、融合检测方法(ArcherDX) 阅读提示:Methods: Panel design, Sequencing methods, Variant calling |
| ddPCR验证 | TP53突变位点、检测平台(QX200)、DNA投入量(10ng)、循环条件(95°C 10分钟;40个循环94°C 30秒和52-55°C 1分钟;98°C 10分钟) 阅读提示:Methods: ddPCR procedures |
| 数据分析与统计 | 变异调用工具(CaVEMan、Mutect、Strelka、Pindel)、统计检验(ANOVA、t检验)、相对风险计算(fmsb R包) 阅读提示:Methods: Computational pipelines, Data analysis and statistical tests |