LMS PDX模型建立
建立并验证能够忠实反映人LMS特征的临床前模型。
将49个LMS手术样本植入免疫缺陷小鼠,成功建立17个PDX系,并进行组织学、拷贝数改变、转录组分析。
Preclinical Modeling of Leiomyosarcoma Identifies Susceptibility to Transcriptional CDK Inhibitors through Antagonism of E2F-Driven Oncogenic Gene Expression
研究包含PDX模型建立与表征(组织学、基因组、转录组)、体外功能验证(HT-DBP、细胞色素c释放实验)及体内疗效验证(药物处理PDX),并具有机制验证(RNA-seq GSEA分析)。
LMS患者来源异种移植(PDX)模型 LMS33和LMS4 PDX LMS患者手术样本
PDX模型的肿瘤植入成功率为35%(17/49),且与有丝分裂率和肿瘤分级相关 药物处理:berzosertib 60 mg/kg口服,linsitinib 50 mg/kg口服,flavopiridol 7.5 mg/kg腹腔注射,YKL-5-124 2.5 mg/kg腹腔注射,均为每周5天 处理时长:药效实验为21天,评估flavopiridol的3天,评估YKL-5-124的5天 对照组:使用载体(vehicle)处理,部分实验使用DMSO、阿霉素和navitoclax作为对照 体内实验样本量:每个处理组的小鼠数量在图表和图例中指明,例如LMS33的flavopiridol组n=6,对照组n=7
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立并验证能够忠实反映人LMS特征的临床前模型。
将49个LMS手术样本植入免疫缺陷小鼠,成功建立17个PDX系,并进行组织学、拷贝数改变、转录组分析。
评估PDX在组织学、拷贝数改变和转录程序上是否与亲本肿瘤保持一致。
通过组织学染色(H&E, SMA, desmin)、超低通量全基因组测序(ULP-WGS)、RNA-seq和聚类分析等方法比较PDX与亲本肿瘤。
测试根据基因组和转录组特征选择的靶向药物(ATR抑制剂和IGF1R抑制剂)在PDX中的抗癌活性。
对LMS33(ATRX双等位失活)用berzosertib(ATR抑制剂)治疗21天;对LMS20(IGF1R高表达)用linsitinib(IGF1R抑制剂)治疗21天。
通过HT-DBP筛选LMS PDX和患者样本中诱导凋亡的药物,识别新的治疗脆弱性。
使用HT-DBP平台对4个LMS PDX和2个患者样本进行35种化合物筛选,检测凋亡启动变化;随后对LMS33进行CDK抑制剂验证,检测细胞色素c释放。
验证转录CDK抑制剂在体内对LMS肿瘤生长的抑制作用。
对LMS33 PDX小鼠用flavopiridol(7.5 mg/kg i.p.,每周5天,21天)治疗;对LMS4和LMS33 PDX小鼠用YKL-5-124(2.5 mg/kg i.p.,每周5天,21天)治疗。
探究转录CDK抑制剂(YKL-5-124)对LMS肿瘤转录程序的影响。
对LMS33 PDX小鼠用YKL-5-124或vehicle处理5天,4小时后取肿瘤进行RNA-seq,进行GSEA分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| Xenograft model | 17β-雌二醇缓释片 | Innovative Research of America | NE-121 |
| Drug administration | 贝佐替尼 | Medchem Express | HY-13902 |
| 林西替尼 | LC Laboratories | L5814 | |
| 夫拉平度 | Selleck Chemicals | S1230 | |
| YKL-5-124 | Selleck Chemicals | S8863 | |
| Immunohistochemistry | 平滑肌肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 19245 |
| 结蛋白抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-33065 | |
| Ki-67抗体 | Cell Signaling Technology | 9027 | |
| cleaved caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9579 | |
| HRP标记二抗 | Cell Signaling Technology | 8114 | |
| DAB底物试剂盒 | Cell Signaling Technology | 8059 | |
| NovaRed底物试剂盒 | Vector Laboratories | SK-4800 | |
| In situ hybridization | RNAscope探针 - Hs-IGF1R | Advanced Cell Diagnostics | 415811 |
| RNAscope 2.5 HD检测试剂盒 | Advanced Cell Diagnostics | 322300 | |
| DNA extraction and quantification | Quant-iT PicoGreen dsDNA检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | P7589 |
| cfDNA extraction | QIAamp循环核酸提取试剂盒 | Qiagen | 55114 |
| DNA fragment size selection | AMPure XP磁珠 | Beckman Coulter | A63881 |
| DNA shearing | Covaris超声破碎仪 | Covaris | -- |
| Library preparation | KAPA Hyper文库制备试剂盒 | Kapa Biosystems | KK8500 |
| DNA sequencing | MiSeq Nano流动槽 | Illumina | -- |
| HiSeq 2500测序仪 | Illumina | -- | |
| RNA extraction | RNeasy Plus试剂盒 | Qiagen | 74136 |
| RNA-seq library preparation | NEBNext Ultra II DNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | E7645S |
| RNA sequencing | NextSeq 500测序仪 | Illumina | -- |
| NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| HT-DBP - cell dissociation | 胶原酶4 | Life Technologies | 17104019 |
| 透明质酸酶 | Worthington Biochemical Corporation | LS002594 | |
| HT-DBP - cell culture | 胶原包被384孔板 | Corning | 354667 |
| HT-DBP - drug dispensing | HPD300数字药物分配器 | Hewlett Packard and Tecan | -- |
| HT-DBP - washing | BioTek 406EL洗板机 | BioTek | -- |
| HT-DBP - buffer dispensing | Thermo Multidrop Combi分液器 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| HT-DBP - staining | Hoechst 33342染料 | Invitrogen | H3570 |
| 细胞色素c-Alexa Fluor 647抗体 | BioLegend | 612310 | |
| HT-DBP - imaging | IXM XLS高内涵宽场显微镜 | Molecular Devices | -- |
| Data analysis | GraphPad Prism | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PDX建立 | 肿瘤样本来源、小鼠品系(约6周龄雌性裸鼠)、植入方式(皮下)、雌激素补充条件(LMS7和LMS29) 阅读提示:Materials and Methods: Xenograft Models |
| 药物处理 | 药物剂量、给药途径(口服或腹腔)、给药频率(每周5天)、处理时长(21天或特定时长)、溶剂配方 阅读提示:Materials and Methods: Drug Administration |
| HT-DBP筛选 | 细胞解离条件、培养时间(24小时)、药物浓度、BH3肽浓度、对照组(DMSO、navitoclax、doxorubicin) 阅读提示:Materials and Methods: High-Throughput Dynamic BH3 Profiling |
| 转录组分析 | 处理时长(5天)、肿瘤收取时间(最后一次给药后4小时)、每组样本量(n=3)、比对和定量方法 阅读提示:Materials and Methods: RNA-seq |
| 免疫组化 | 抗体稀释度(如Ki-67 1:400, cleaved caspase-3 1:250)、抗原修复方法、染色定量方法 阅读提示:Materials and Methods: Immunohistochemistry and In Situ Hybridization |