患者来源模型建立与特征鉴定
建立并表征FGFR2融合阳性胆管癌的体内外模型,评估其对FGFR抑制剂的敏感性和耐药性。
从FGFR抑制剂试验患者建立细胞系和PDX模型,通过全外显子测序确认无FGFR2激酶域继发突变,并检测其对infigratinib、futibatinib和pemigatinib的IC50。
EGFR Inhibition Potentiates FGFR Inhibitor Therapy and Overcomes Resistance in FGFR2 Fusion-Positive Cholangiocarcinoma
研究包含体外细胞系实验、高通量药物筛选、信号通路分析、体内异种移植模型及PDX模型等多个独立证据层级,并包含功能验证和机制验证。
FGFR2融合阳性胆管癌患者来源细胞系(ICC13-7, ICC21, ICC10-6等) FGFR2融合阳性胆管癌患者来源异种移植模型(PDX,MG69)
细胞系对FGFR抑制剂的敏感性与耐药性范围(IC50值) EGFR信号反馈激活的动力学(EGFR磷酸化Y1068) 联合治疗对MEK/ERK和mTOR通路信号的持久抑制 体内模型中联合治疗的肿瘤消退效果(如ICC21异种移植模型完全缓解)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立并表征FGFR2融合阳性胆管癌的体内外模型,评估其对FGFR抑制剂的敏感性和耐药性。
从FGFR抑制剂试验患者建立细胞系和PDX模型,通过全外显子测序确认无FGFR2激酶域继发突变,并检测其对infigratinib、futibatinib和pemigatinib的IC50。
识别能够增强FGFR抑制剂疗效并诱导细胞死亡的小分子化合物。
使用111种化合物库,在6种FGFR2融合阳性ICC细胞系及对照细胞系中,单独或与FGFR抑制剂联合处理,通过高内涵成像检测细胞死亡和细胞数量。
验证FGFR和EGFR抑制剂联合在FGFR2融合阳性ICC细胞中诱导凋亡和抑制生长的效果。
通过结晶紫染色、Caspase-3/7活性检测、免疫印迹分析凋亡相关蛋白和信号通路蛋白,评估联合治疗(infigratinib+afatinib或gefitinib)的效应。
阐明FGFR抑制后EGFR信号反馈激活的分子机制。
检测FGFR抑制后EGFR磷酸化水平、RNA测序分析转录变化、siRNA敲低ERRFI1和CRISPR敲除ERBB3,研究这些调控因子在EGFR激活中的作用。
评估FGFR和EGFR抑制剂联合在体内对FGFR2融合阳性ICC模型的抗肿瘤效果。
在ICC21、ICC13-7、ICC10-6、ICC11异种移植模型和MG69 PDX模型中,用单药或联合治疗(infigratinib/afatinib或pemigatinib/afatinib),观察肿瘤体积变化、凋亡标志物和信号通路抑制情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Gibco | 25030-081 | |
| MEM非必需氨基酸溶液 | Gibco | 11140-050 | |
| 庆大霉素 | Gibco | 15710-064 | |
| 人重组胰岛素 | Gibco | 12585-014 | |
| 鼠尾胶原蛋白 | BD Biosciences | -- | |
| 药物处理 | 英菲格拉替尼 | Selleckchem | S2183 |
| 福替巴替尼 | Selleckchem | S8848 | |
| 佩米替尼 | Selleckchem | S0088 | |
| 阿法替尼 | Selleckchem | S1011 | |
| 吉非替尼 | Selleckchem | S1025 | |
| EKB-569 | Selleckchem | S1392 | |
| 细胞周期分析 | Click-iT Plus EdU Alexa Fluor 647成像试剂盒 | ThermoFisher Scientific | C10634 |
| 核糖核酸酶A | ThermoFisher Scientific | EN0531 | |
| 碘化丙啶 | Sigma-Aldrich | P4864 | |
| 凋亡检测 | Caspase-Glo 3/7检测试剂盒 | Promega | G8090 |
| 磷酸化受体酪氨酸激酶阵列 | Proteome Profiler人磷酸化受体酪氨酸激酶阵列试剂盒 | R&D Systems | ARY001B |
| 外源基因表达 | NEBuilder HiFi DNA组装 | New England Biolabs | -- |
| 转基因细胞构建 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 杀稻瘟菌素 | -- | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解和提取缓冲液 | Thermo Scientific | PI89900 |
| 蛋白酶抑制剂 | Pierce | A32965 | |
| Calbiochem磷酸酶抑制剂混合物 | Calbiochem | -- | |
| 蛋白定量 | Pierce BCA蛋白定量 | Pierce | -- |
| 免疫印迹 | PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 9542 |
| 磷酸化FRS2 Y196抗体 | Cell Signaling Technology | 3864S | |
| 磷酸化MEK1/2 S217/221抗体 | Cell Signaling Technology | 9154S | |
| MEK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4694S | |
| 磷酸化ERK1/2 T202/Y204抗体 | Cell Signaling Technology | 4370S | |
| ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695S | |
| 磷酸化AKT S473抗体 | Cell Signaling Technology | 4060S | |
| AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272S | |
| 磷酸化S6 S235/236抗体 | Cell Signaling Technology | 4858S | |
| S6抗体 | Cell Signaling Technology | 2217S | |
| BIM抗体 | Cell Signaling Technology | 2933S | |
| BMF抗体 | Cell Signaling Technology | 50542S | |
| PUMA抗体 | Cell Signaling Technology | 4976S | |
| MCL-1抗体 | Cell Signaling Technology | 94296S | |
| BCL-xL抗体 | Cell Signaling Technology | 2764S | |
| 磷酸化EGFR Y1068抗体 | Cell Signaling Technology | 3777S | |
| 磷酸化EGFR Y1173抗体 | Cell Signaling Technology | 4407S | |
| EGFR抗体 | Cell Signaling Technology | 4267S | |
| ERRFI1抗体 | Cell Signaling Technology | 2440S | |
| 磷酸化SRC Y416抗体 | Cell Signaling Technology | 6943T | |
| 磷酸化PLCγ1 Y783抗体 | Cell Signaling Technology | 2821S | |
| PLCγ1抗体 | Cell Signaling Technology | 2822S | |
| 磷酸化STAT3 Y705抗体 | Cell Signaling Technology | 9131S | |
| ERBB3抗体 | Cell Signaling Technology | 12708S | |
| 磷酸化SHP2 Y542抗体 | Abcam | ab62322 | |
| FRS2抗体 | Abcam | ab183492 | |
| 微管蛋白抗体 | Abcam | ab6160 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Sigma | A5316 | |
| GAPDH抗体 | Invitrogen | AM4300 | |
| RNA提取 | RNeasy小型试剂盒 | QIAGEN | -- |
| 基因敲低 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778075 |
| siGENOME人ERRFI1 siRNA-SMARTpool | Dharmacon | M-017016-01-0010 | |
| siGENOME非靶向siRNA | Dharmacon | D-001210-01-05 | |
| 动物实验 | NSG小鼠 | The Jackson Laboratory | 00557 |
| 药物配制 | PEG300 | -- | -- |
| 5%葡萄糖溶液 | -- | -- | |
| 二甲基乙酰胺 | -- | -- | |
| 甲基纤维素 | -- | -- | |
| 吐温80 | -- | -- | |
| 免疫组化 | 裂解Caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664 |
| 免疫荧光 | 角蛋白17/19抗体 | Cell Signaling Technology | 12434 |
| Ki67抗体 | Servicebio | GB13030-2 | |
| 高内涵成像 | Hoechst 33342 | -- | -- |
| 溴化乙锭二聚体 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系培养 | 细胞系来源、培养基成分(RPMI+10%FBS)、培养条件(37°C, 5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture |
| 药物处理 | 药物浓度(infigratinib 100 nM, afatinib 100 nM等)、处理时间(4h, 48h, 3天, 7-10天) 阅读提示:Materials and Methods: Cell viability assay, Crystal violet staining, Caspase-3/7 Activity |
| 信号通路分析 | 抗体稀释比例(1:1000等)、蛋白上样量(20μg) 阅读提示:Materials and Methods: Immunoblot analysis |
| 体内实验 | 小鼠品系(NSG)、细胞注射量(2x10^6或1x10^6)、肿瘤起始体积(~200 mm3或~600 mm3)、药物剂量(infigratinib 15或30 mg/kg, afatinib 15 mg/kg, pemigatinib 0.3或1 mg/kg, gefitinib 25 mg/kg)、给药频次(每日)、治疗周期(10-21天) 阅读提示:Materials and Methods: In vivo treatment studies |
| 基因操作 | siRNA序列(siGENOME Human ERRFI1 siRNA-SMARTpool)、转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX) 阅读提示:Materials and Methods: siRNA transfection |