构建tdDPC球体并提取EVs
建立一种新的3D培养方法(SLF-3D)培养毛乳头细胞,获得高产量、高生物活性的细胞外囊泡。
从C57BL/6小鼠触须垫分离原代DPCs,经传统2D培养至第5代后,接种于含生长因子的3D培养基中进行自喂养3D培养,形成半悬浮球体(tdDPCs)。随后通过差速超速离心从培养上清中提取DPC-EVs和tdDPC-EVs。
Extracellular vesicles from 3D cultured dermal papilla cells improve wound healing via Krüppel-like factor 4/vascular endothelial growth factor A -driven angiogenesis
包含体外细胞实验(增殖、迁移、管形成)和体内小鼠全层皮肤缺损模型,并通过RNA-seq、qRT-PCR、Western blot、双荧光素酶报告实验验证KLF4/VEGFA机制。
3D培养毛乳头细胞球体(tdDPCs) 人脐静脉内皮细胞(HUVECs) C57BL/6小鼠全层皮肤缺损模型
比较DPC-EVs和tdDPC-EVs对HUVEC增殖、迁移和成管能力的影响(10 μg/ml处理) 体内小鼠模型:6周龄C57BL/6小鼠,每只背部制作两个5 mm直径全层皮肤缺损,分为PBS、DPC-EVs、tdDPC-EVs三组,每组n=10,于术后0-2天皮下注射50 μg/100 μl EVs或PBS 机制验证:KLF4敲低(shKLF4)和过表达逆转实验,检测VEGFA表达及功能 双荧光素酶报告实验验证KLF4直接结合VEGFA启动子 RNA-seq筛选差异基因,关注KLF4和VEGFA
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立一种新的3D培养方法(SLF-3D)培养毛乳头细胞,获得高产量、高生物活性的细胞外囊泡。
从C57BL/6小鼠触须垫分离原代DPCs,经传统2D培养至第5代后,接种于含生长因子的3D培养基中进行自喂养3D培养,形成半悬浮球体(tdDPCs)。随后通过差速超速离心从培养上清中提取DPC-EVs和tdDPC-EVs。
验证tdDPCs保留毛乳头细胞特征及干细胞特性。
通过免疫荧光染色检测ALP和LEF1表达,通过流式细胞术检测CD29、CD34、CD44、CD90、CD105和CD45等表面标记。
确认提取的EVs具有典型特征,并比较DPC-EVs和tdDPC-EVs的物理性质。
使用透射电子显微镜观察形态,Western blot检测EV标志物(TSG101、CD81、CD9、calnexin),NanoFCM分析粒径和浓度。
验证tdDPC-EVs比DPC-EVs更能促进内皮细胞增殖。
将HUVEC与PBS、DPC-EVs或tdDPC-EVs(10 μg/ml)共培养,通过CCK-8实验和Ki67免疫荧光染色检测细胞增殖。
验证tdDPC-EVs比DPC-EVs更能促进内皮细胞迁移和管腔形成,即血管生成能力。
通过划痕实验和Transwell实验评估细胞迁移,通过Matrigel基质胶上的管形成实验评估成管能力。
验证tdDPC-EVs在体内促进伤口愈合和提高愈合质量。
在小鼠背部制作全层皮肤缺损,皮下注射PBS、DPC-EVs或tdDPC-EVs,于第7天和第14天进行伤口拍照、激光多普勒血流检测,以及H&E、Masson、CD31和α-SMA染色评估愈合速度和血管生成。
筛选tdDPC-EVs处理HUVEC后差异表达的基因,寻找关键转录因子。
对tdDPC-EVs和PBS处理的HUVEC进行RNA-seq,分析差异表达基因,并预测转录因子KLF4的靶基因。
验证KLF4是否通过调控VEGFA介导tdDPC-EV的促血管生成作用。
通过qRT-PCR和Western blot验证RNA-seq结果;构建KLF4敲低和过表达载体,检测tdDPC-EVs处理后HUVEC中KLF4和VEGFA的表达及细胞迁移和成管能力;通过双荧光素酶报告实验验证KLF4直接结合VEGFA启动子。
探索tdDPC-EVs与DPC-EVs在miRNA水平上的差异,提供可能的上游调控线索。
对DPC-EVs和tdDPC-EVs进行RNA-seq,分析差异miRNA表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | Hyclone | SH30022.01 |
| DMEM/F-12培养基 | Gibco | 12660012 | |
| StemPro Accutase试剂 | Gibco | A1110501 | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | Peprotech | -- | |
| 表皮生长因子 | Peprotech | -- | |
| 血小板衍生生长因子 | Peprotech | -- | |
| 肝素 | Sigma | -- | |
| L-抗坏血酸2-磷酸倍半镁盐水合物 | Sigma | -- | |
| 胎牛血清 | Biological Industries | -- | |
| 内皮细胞培养基 | ScienCell | 1001 | |
| 内皮细胞生长添加物 | ScienCell | 1052 | |
| EV提取与表征 | Pierce BCA蛋白测定试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| EV标记 | PKH26红色荧光细胞连接试剂盒 | Sigma | PKH26PCL |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0038 |
| 抗Ki67抗体 | Sigma | SAB5700770 | |
| Transwell实验 | Transwell 24孔板 | Corning | 3422 |
| 管形成实验 | 基质胶 | BD Biosciences | -- |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | MedChemExpress | HY-K0010 | |
| BCA蛋白测定试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| ECL底物 | Millipore | WBKLS0050 | |
| RNA提取和qRT-PCR | TRIzol试剂 | Takara | 9109 |
| Prime Script RT试剂盒 | Takara | RR036A-1 | |
| UltraSYBR荧光定量预混液 | CWBIO | CW0957M | |
| RNA-seq | Dynabeads Oligo(dT)25磁珠 | Invitrogen | -- |
| NEB建库试剂盒 | New England Biolabs | 7530 | |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告系统 | Promega | E1910 |
| 免疫荧光染色 | DAPI封片剂 | SouthernBiotech | 0100-20 |
| DAPI | Sigma-Aldrich | D9542-1MG | |
| 抗体 | 抗LEF1抗体 | Cell Signaling Technology | 2230 |
| 抗ALP抗体 | R&D System | AF2910 | |
| 抗CD31抗体 | Servicebio | GB11063-2 | |
| 抗α-SMA抗体 | Abcam | ab124964 | |
| 抗钙联蛋白抗体 | Abcam | ab22595 | |
| 抗TSG101抗体 | Abcam | ab125011 | |
| 抗CD9抗体 | Abcam | ab92726 | |
| 抗CD81抗体 | Abcam | ab109201 | |
| 抗KLF4抗体 | Abcam | ab214666 | |
| 抗VEGFA抗体 | Abcam | ab214424 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Sangon Biotech | D110058 | |
| DyLight 488标记兔抗山羊IgG | BOSTER | BA1124 | |
| DyLight 594标记山羊抗兔IgG | BOSTER | BA1127 | |
| 流式细胞术 | PE标记抗CD29抗体 | eBioscience | 112207 |
| PE标记抗CD34抗体 | BioLegend | 800504 | |
| PE标记抗CD44抗体 | BioLegend | 103007 | |
| PE标记抗CD90抗体 | BioLegend | 140307 | |
| PE标记抗CD105抗体 | BioLegend | 120407 | |
| FITC标记抗CD45抗体 | BioLegend | 157213 | |
| TEM | 透射电子显微镜(HT-7700) | Hitachi | -- |
| 显微镜 | EVOS FL Auto 2显微镜 | Invitrogen | AMAFD2000 |
| Olympus IX71光学显微镜 | Olympus | -- | |
| 激光多普勒 | 激光多普勒血流灌注成像仪 | Perimed AB | -- |
| 组织扫描 | PANNORAMIC 250 Flash系列数字切片扫描仪 | 3DHISTECH | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 3D培养tdDPC | 原代DPCs来源(6周龄C57BL/6小鼠触须垫);3D培养基成分:2% FBS、bFGF 5 ng/ml、EGF 2 ng/ml、PDGF 5 ng/ml、肝素2 μg/ml、L-抗坏血酸2-磷酸倍半镁盐水合物50 μg/ml、青霉素/链霉素;培养时间>5天;接种密度5×10^4 cells/cm^2 阅读提示:Methods: Isolation, culture and identification of DPCs and tdDPCs |
| EV提取 | 去EV FBS浓度(10%);培养时间(24小时);超速离心方法(参照文献15) 阅读提示:Methods: Isolation and characterization of EVs |
| 体外功能实验 | EVs处理浓度(10 μg/ml);HUVEC来源(Department of Ophthalmology, Xijing Hospital);培养条件(ScienCell内皮细胞培养基) 阅读提示:Methods: Cell cultures, Cell proliferation assay, Cell migration assay, Lumen-formation assay |
| 体内动物模型 | 小鼠品系、性别、周龄(C57BL/6雄性,6周龄);伤口直径(5 mm);EVs注射剂量(50 μg in 100 μl PBS);注射时间(第0-2天);分组(PBS, DPC-EVs, tdDPC-EVs);样本量(每组10个伤口) 阅读提示:Methods: Animal model, Figure 6 legend |
| 机制验证 | KLF4敲低序列(shKLF4)和过表达载体构建方法;tdDPC-EVs处理条件(10 μg/ml);双荧光素酶报告基因中VEGFA启动子区域(2000 bp,含KLF4结合位点) 阅读提示:Methods: Luciferase assay, Results: tdDPC-EVs promote angiogenesis via KLF4-mediated upregulation of VEGFA expression |
| RNA-seq | RNA提取(TRIzol);建库(NEB kit);测序平台(Illumina HiSeq Xten);差异基因筛选标准(FDR<0.05,|log2FC|>2) 阅读提示:Methods: RNA-sequencing |