建立脓毒症模型并验证TRIM13表达
观察脓毒症状态下DC中TRIM13的表达变化,并验证DC特异性敲除效果。
对WT和Trim13 cKO小鼠进行CLP手术,在不同时间点分离脾脏DC,通过免疫印迹检测TRIM13蛋白水平,并通过PCR验证基因敲除。
Tripartite motif 13 orchestrates endoplasmic reticulum-associated degradation and endoplasmic reticulum-phagy to modulate dendritic cell-mediated immune responses in sepsis
包含DC特异性基因敲除小鼠模型、细胞系、蛋白质组学、免疫共沉淀、流式、ELISA、组织病理等多层级实验验证,且包含体内和体外功能及机制验证。
DC特异性Trim13敲除小鼠(Trim13 cKO) 野生型(WT)小鼠 DC2.4细胞系 原代小鼠脾脏树突状细胞
TRIM13表达在CLP后DC中的动态变化 DC特异性Trim13敲除效率验证 STING信号通路相关蛋白表达及磷酸化水平 DC焦亡率检测(FAM-FLICA和7-AAD双染) 组织病理学损伤评分
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
观察脓毒症状态下DC中TRIM13的表达变化,并验证DC特异性敲除效果。
对WT和Trim13 cKO小鼠进行CLP手术,在不同时间点分离脾脏DC,通过免疫印迹检测TRIM13蛋白水平,并通过PCR验证基因敲除。
比较TRIM13缺陷对脓毒症小鼠全身炎症、白细胞计数和生存率的影响。
记录脾脏大小、WBC计数、血清细胞因子水平(ELISA)和10天生存率。
比较TRIM13缺陷对脓毒症小鼠多器官损伤和功能恢复的影响。
通过H&E染色、IHC(CD45)、TUNEL染色评估肺、肠、肝的组织损伤;检测肺湿干比、血清DAO、D-LA、ALT、AST、TBIL、Cr和血小板计数。
比较TRIM13缺陷对DC表面分子表达、细胞因子分泌和T细胞增殖分化的影响。
分离CLP后不同时间点的脾脏DC,流式检测CD80、CD86、MHC II表达;ELISA检测DC培养上清细胞因子;CFSE标记CD4+ T细胞与DC共培养,检测T细胞增殖和Th1/Th2极化。
探讨TRIM13是否通过影响STING蛋白降解来调节STING信号通路。
使用Trim13 KD/OE DC2.4细胞,Western blot检测STING信号通路蛋白;CHX追踪STING降解;免疫荧光观察STING与ER的共定位;ELISA检测IFN-β分泌。
比较TRIM13缺陷对DC焦亡的影响。
流式检测CASP-1和7-AAD双阳性的焦亡率;Western blot检测焦亡相关蛋白(NLRP3, ASC, Caspase-1, GSDMD, Caspase-11);ELISA检测IL-1β, IL-18, HMGB1分泌;TEM观察焦亡形态。
通过抑制STING通路,验证其在TRIM13缺失诱导的DC活化、焦亡和免疫抑制中的作用。
在CLP前给Trim13 cKO小鼠腹腔注射STING抑制剂C-176,观察生存率、DC焦亡率、表面分子表达和T细胞增殖能力。
探讨TRIM13是否通过ERAD和ER-phagy调控STING降解。
免疫印迹检测ERAD和ER-phagy相关蛋白表达;Co-IP检测STING泛素化及TRIM13-STING相互作用;使用ERAD抑制剂ESI和ER-phagy抑制剂XRK3F2处理,观察STING降解和ER-phagy形态。
验证STING激活后是否通过p-IRF3核转位上调NLRP3表达,并促进DC焦亡。
免疫荧光观察p-IRF3核转位;qPCR检测NLRP3 mRNA;Co-IP检测STING-NLRP3相互作用;Western blot检测焦亡蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分离 | CD11c磁珠 | Miltenyi | 130-125-835 |
| CD4+ T细胞生物素抗体混合物 | Miltenyi | 130-104-454 | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 药物处理 | 脂多糖(大肠杆菌O127:B8) | Sigma-Aldrich | L4516 |
| 尼日利亚霉素 | MCE | HY-100381 | |
| Eeyarestatin I | R&D | 3922 | |
| XRK3F2 | MCE | HY-112904 | |
| C-176 | MCE | HY-112906 | |
| GSK-690693 | MCE | HY-10249 | |
| MG-132 | MCE | HY-13259 | |
| 细胞培养 | DC2.4细胞系 | -- | RRID: CVCL_J409 |
| Trim13 shRNA慢病毒载体 | Genechem | -- | |
| Trim13过表达慢病毒载体 | Genechem | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Huaxingbio | HX1862-1 |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Huaxingbio | HX1863 | |
| SDS-PAGE凝胶试剂盒 | Vazyme | E303-C1, E305-C1 | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| ECL发光液 | -- | -- | |
| 抗TRIM13抗体 | Abcam | ab194477 | |
| 抗STING抗体 | -- | -- | |
| 抗p-STING抗体 | CST | D8F4W | |
| 抗TBK1抗体 | CST | D1B4 | |
| 抗p-TBK1抗体 | CST | D52C2 | |
| 抗IRF3抗体 | CST | D83B9 | |
| 抗p-IRF3抗体 | CST | D6O1M | |
| 抗NLRP3抗体 | CST | D4D8T | |
| 抗ASC抗体 | CST | D2W8U | |
| 抗caspase-1抗体 | Abcam | ab179515 | |
| 抗GSDMD抗体 | Abcam | ab209845 | |
| 抗caspase-11抗体 | Abcam | ab180673 | |
| 抗SQSTM1/p62抗体 | Abcam | ab109012 | |
| 抗LC3A/B抗体 | CST | D3U4C | |
| 抗LC3B抗体 | CST | D11 | |
| 抗Sec61B抗体 | CST | D5Q1W | |
| 抗HRD1/SYVN1抗体 | Proteintech | 13473-1-AP | |
| 抗SEL1L抗体 | Proteintech | 29801-1-AP | |
| 抗泛素抗体 | Santa Cruz | sc-8017 | |
| 抗IL-1β抗体 | CST | 3A6 | |
| 抗CD45抗体 | CST | D3F8Q | |
| 流式细胞术 | FITC抗小鼠I-A/I-E抗体 | BioLegend | 107606 |
| PE抗小鼠CD80抗体 | BioLegend | 1047088 | |
| PE/Cyanine7抗小鼠CD86抗体 | BioLegend | 105014 | |
| FAM-FLICA caspase-1检测 | -- | -- | |
| 7-AAD | -- | -- | |
| CFSE细胞分裂示踪试剂盒 | BioLegend | 4238 | |
| 细胞荧光 | ER-Tracker Red | Invitrogen | E34250 |
| LysoTracker Deep Red | Invitrogen | L12492 | |
| DAPI | Abcam | ab104139 | |
| 免疫共沉淀 | Protein A/G磁珠 | Biolinkedin | -- |
| 免疫共沉淀试剂盒 | Biolinkedin | IK-1004 | |
| RT-qPCR | RNA提取试剂盒V2 | Vazyme | RC112-01 |
| SYBR Green预混液 | -- | -- | |
| Quant Studio 5系统 | Applied Biosystems | -- | |
| ELISA | ELISA试剂盒 | R&D | -- |
| 组织病理 | TUNEL检测试剂盒 | -- | -- |
| 抗CD45抗体(IHC) | CST | D3F8Q | |
| 透射电镜 | H-7800透射电子显微镜 | Hitachi | -- |
| 共聚焦显微镜 | 激光扫描共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| 血常规分析 | 全自动血液分析仪(BC-5000 Vet) | Mindray | -- |
| 蛋白质组学 | timsTOF Pro 2质谱仪 | -- | -- |
| Strata X SPE柱 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 脓毒症模型(CLP) | CLP手术细节:盲肠结扎比例(60%)、穿刺针规格(22号)、液体复苏(1 ml生理盐水皮下)、麻醉剂量(0.3%戊巴比妥钠60 mg/kg) 阅读提示:Methods:CLP–induced sepsis model |
| 细胞培养与处理 | DC2.4细胞和原代脾脏DC培养条件;LPS(1 μg/ml)刺激时间;Nig(20 μM)处理30分钟;各种抑制剂浓度(ESI、XRK3F2、C-176、GSK-690693等)及处理时间 阅读提示:Methods:Cell culture and stimulation |
| DC分离 | CD11c磁珠分选方案:每10^7细胞加10 μl微珠和40 μl缓冲液;孵育15分钟;MACS柱类型 阅读提示:Methods:Isolation of mouse splenic DCs |
| TRIM13敲除与过表达 | Trim13 shRNA靶序列(gcAGGTCAATTACTCCCTAAA);慢病毒载体构建(Genechem);嘌呤霉素筛选浓度(1 mg/ml)和筛选时间(1周) 阅读提示:Methods:Lentivirus and siRNA transduction |
| STING信号检测 | CHX(50 μg/ml)追踪STING降解的时间点(0,2,4,6,8,10h);免疫印迹检测的蛋白(STING, p-STING, TBK1, p-TBK1, IRF3, p-IRF3)及抗体来源 阅读提示:Results:Trim13 regulates STING signaling in DCs during sepsis; Methods:Western blotting |
| 焦亡检测 | FAM-FLICA-CASP-1和7-AAD双染方案;焦亡率检测时间点(24h,48h,72h);TEM样本制备(2.5%戊二醛固定,1%锇酸后固定) 阅读提示:Methods:Flow cytometric analysis; TEM; Results:Trim13 deficiency augments gasdermin D-dependent pyroptosis |
| 体内STING抑制实验 | C-176给药剂量(750 nmol in 200 μl corn oil)、给药途径(腹腔注射)、给药时机(CLP前0.5小时) 阅读提示:Results:Reversal of Trim13 deficiency-induced DC pyroptosis and activation by STING inhibition; Figure 6 |
| ERAD和ER-phagy功能研究 | ERAD抑制剂ESI浓度(DC2.4 20 μM,原代DC 10 μM,处理4小时);ER-phagy抑制剂XRK3F2浓度(10 μM);MG-132浓度(10 μM, 12小时);Co-IP检测泛素化和相互作用的条件 阅读提示:Results:Trim13-mediated SEL1L-HRD1 ERAD and ER-phagy in septic DCs; Methods:Co-IP assay |