人类肠道噬菌体的大规模培养揭示未描述的拟杆菌科噬菌体

目前被分离和鉴定的肠道噬菌体仍然稀少。迄今为止，大多数已分离和培养的肠道噬菌体为裂解性噬菌体，这导致对肠道温和噬菌体的研究存在显著空白。本研究成功分离并构建了一个大规模的肠道细菌和噬菌体资源库，包含来自86个物种的1,679株细菌，以及79个可感染26个不同物种细菌的噬菌体。在这些分离的噬菌体中，有32个为温和噬菌体，其中两个是直接从健康人类供体的粪便样本中直接分离获得的。序列比较与分析显示，与已鉴定的裂解性肠道噬菌体相比，这些分离的温和噬菌体具有高度多样化的基因组特征，并且在人类肠道中的丰度显著更高。进一步分析表明，大多数温和噬菌体含有独特的多样性生成逆转录元件（DGRs），并可能具有广泛的宿主范围。此外，通过结合序列和结构相似性，我们开发了一个分析流程，能显著提高肠道噬菌体基因组的注释率。该注释流程帮助我们鉴定出一个候选噬菌体家族——“Bacteroiduroviridae”，该家族在进化过程中较早地从其他噬菌体中分化出来。