临床样本和数据库分析MAML1表达与预后
评估MAML1在HCC组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后的相关性。
分析TCGA-LIHC数据集中的RNA-seq数据,比较MAML1在肿瘤和正常组织中的表达;利用ROC曲线评估诊断价值;通过Kaplan-Meier分析评估与生存期的关系;通过Western blot和IHC验证临床样本中的MAML1蛋白水平。
YAP-induced MAML1 cooperates with STAT3 to drive hepatocellular carcinoma progression
包含体外细胞实验、体内异种移植和转移模型等多个证据层级,并进行功能验证和机制验证。
HepG2细胞 SK-Hep1细胞 THLE-2永生化肝细胞 裸鼠皮下异种移植瘤模型
MAML1敲低或过表达对HCC细胞增殖和侵袭的影响 MAML1与STAT3的内源性和外源性相互作用 STAT3乙酰化水平及其对下游基因启动子结合的影响 YAP对MAML1启动子的直接结合和转录调控 MAML1敲低或STAT3抑制对体内肿瘤生长和转移的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估MAML1在HCC组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后的相关性。
分析TCGA-LIHC数据集中的RNA-seq数据,比较MAML1在肿瘤和正常组织中的表达;利用ROC曲线评估诊断价值;通过Kaplan-Meier分析评估与生存期的关系;通过Western blot和IHC验证临床样本中的MAML1蛋白水平。
明确MAML1对HCC细胞增殖、侵袭和EMT的影响。
在HepG2和SK-Hep1细胞中过表达或敲低MAML1,通过MTT、EdU染色、Transwell侵袭实验和Western blot检测细胞增殖、侵袭能力和EMT标志物变化。
探究MAML1是否与STAT3相互作用并调控其转录活性。
通过免疫沉淀(IP)和质谱分析鉴定MAML1相互作用蛋白;通过IP和免疫荧光验证MAML1与STAT3的相互作用和共定位;通过ChIP和RT-qPCR检测STAT3下游靶基因(SOCS3, CCND1, c-Myc)的启动子结合和表达;通过IP检测STAT3乙酰化水平及p300的参与。
确定STAT3乙酰化是否是MAML1驱动HCC进展的必要条件。
在MAML1敲低的HCC细胞中回补STAT3 K685Q(乙酰化模拟突变)或K685R(非乙酰化突变),检测细胞增殖、侵袭以及STAT3靶基因表达和启动子结合。
寻找调控MAML1表达的上游转录因子。
使用各种通路抑制剂处理HCC细胞,RT-qPCR检测MAML1表达;利用ChIP-seq数据库(Chip-atlas)预测TEAD结合位点;通过ChIP和Luciferase报告基因验证YAP/TEAD4直接结合MAML1启动子并促进其转录;敲低或过表达TEAD4观察对MAML1表达的影响。
验证MAML1在体内的致瘤作用是否依赖STAT3信号,以及YAP-MAML1轴的体内意义。
将PLKO或shMAML1的SK-Hep1细胞皮下接种裸鼠,监测肿瘤生长;尾静脉注射建立肺转移模型;分别用MAML1过表达、联合shSTAT3或ruxolitinib处理,以及YAP过表达联合shMAML1处理,观察肿瘤生长和转移。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Invitrogen | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 碳酸氢钠 | -- | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | MTT试剂 | -- | -- |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| Transwell侵袭实验 | 基质胶 | Corning | 356235 |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| EdU染色 | EdU试剂 | -- | -- |
| DAPI染料 | -- | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| 逆转录 | Superscript III逆转录酶 | Invitrogen | -- |
| qRT-PCR | SYBR Green荧光染料 | -- | -- |
| Western blotting | MAML1抗体 | Invitrogen | PA5-18194 |
| STAT3抗体 | CST | 4904 | |
| 泛乙酰赖氨酸抗体 | Abcam | ab190479 | |
| STAT3-Y705抗体 | CST | 9131 | |
| N-cadherin抗体 | CST | 4061 | |
| E-cadherin抗体 | CST | 3195 | |
| GAPDH抗体 | CST | 2118 | |
| 免疫沉淀 | 兔IgG | Santa Cruz | sc-2027 |
| 免疫组化 | Ki-67抗体 | Abcam | ab15580 |
| MAML1抗体 | Invitrogen | PA5-18194 | |
| DAB染色试剂盒 | Vectastain | SK-4100 | |
| 体内实验 | 鲁索替尼 | -- | -- |
| 质粒构建 | pWPI载体 | -- | -- |
| PLKO载体 | -- | -- | |
| psPAX2包装质粒 | -- | -- | |
| pMD2.G包膜质粒 | -- | -- | |
| 荧光素酶报告基因 | pGL3-wt-MAML1载体 | -- | -- |
| pGL3-mut-MAML1载体 | -- | -- | |
| pRL-TK内参载体 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HCC细胞系(HepG2、SK-Hep1)的培养条件(DMEM+10% FBS,37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 慢病毒包装与感染 | 质粒(pWPI/PLKO)与包装质粒(psPAX2、pMD2.G)的转染比例,病毒上清收集时间(48h),感染时聚凝胺浓度(8 µg/ml),嘌呤霉素筛选浓度(5 µg/ml)及时间(至少2周) 阅读提示:Methods: Plasmid construction |
| 细胞增殖检测 | MTT实验细胞接种密度(5000 cells/well),检测时间点(0,2,4,6天),DMSO溶解及570nm吸光度检测;EdU孵育浓度和时间(10 µM, 2h) 阅读提示:Methods: MTT assay, EdU staining |
| 侵袭和迁移实验 | Transwell小室孔径(8 μm),基质胶稀释比例(1:5)和包被体积(100 µl/well),细胞接种密度(1×10^5 cells/well),培养时间(24h),固定和染色条件 阅读提示:Methods: Transwell invasion assay; Figure legends 和结果中迁移实验描述 |
| 蛋白互作与翻译后修饰检测 | 免疫沉淀(IP)抗体(STAT3、MAML1),免疫印迹检测STAT3乙酰化水平(pan-acetyl lysine抗体),p300共沉淀检测 阅读提示:Methods: Immunoprecipitation (IP) assay, Western blotting |
| 染色质免疫沉淀(ChIP) | 交联条件(1%甲醛),超声片段长度(~500 bp),抗体(STAT3、H3K4me3、MAML1),检测靶基因启动子(SOCS3, CCND1, c-Myc) 阅读提示:Methods: Chromatin immunoprecipitation (ChIP) |
| 荧光素酶报告基因实验 | 质粒用量(pGL3-MAML1 100 ng/well,pRL-TK 1 ng/well,YAP质粒 200 ng/well),转染试剂Lipofectamine 3000,检测时间(转染后24h) 阅读提示:Methods: Luciferase activity assay |
| 体内实验 | 动物品系和周龄(6-8周龄雄性裸鼠),细胞接种数量(1×10^6 cells),基质胶比例(1:1),皮下注射体积(200 µL),尾静脉注射细胞数(1×10^6 cells),观察时间(2个月),ruxolitinib剂量(10 mg/kg,腹腔注射,每2天一次) 阅读提示:Methods: In vivo studies |