宏基因组长读长测序在疱疹性葡萄膜炎诊断中的应用

目的：探讨纳米孔宏基因组分析（NMA）与多重聚合酶链反应（mPCR）阳性和阴性对照相比，检测疱疹病毒的敏感性和特异性。方法：本研究纳入43例葡萄膜炎患者，这些患者已通过房水样本的mPCR筛查了眼内疱疹病毒感染。将mPCR后储存的房水样本进行全基因组扩增、长读长测序，并使用Oxford Nanopore MinION平台上的Flongle流动池分析系统发育微生物组成。对于mPCR阳性但Flongle流动池阴性的样本，额外使用MinION流动池进行长读长测序，该流动池能够获取更多的序列数据。将NMA检测疱疹病毒的敏感性和特异性与mPCR阳性和阴性对照进行比较。结果：使用Flongle流动池的NMA在mPCR阳性样本中检出病原病毒的比例为60.0%（12/20）。使用MinION流动池进一步分析，在最初未检出的8个样本中成功鉴定出3个样本的病毒DNA片段，使总敏感性达到75.0%（15/20）。长读长测序检出的所有病毒与mPCR检测诊断出的病毒一致，且mPCR阴性的样本均未通过长读长测序检出疱疹病毒DNA。结论：对于检测致病性疱疹病毒DNA片段，NMA显示出合理的敏感性和高特异性。我们的研究强调了纳米孔测序在促进葡萄膜炎诊断进一步进展方面的潜力。