应用宏基因组长读长测序诊断疱疹病毒性葡萄膜炎

目的：比较纳米孔宏基因组分析（NMA）与多重聚合酶链式反应（mPCR）阳性和阴性对照在疱疹病毒检测中的敏感性和特异性。方法：本研究纳入了43例葡萄膜炎患者，这些患者通过房水样本的mPCR筛查了是否存在眼内疱疹病毒感染。将mPCR后保存的房水样本进行全基因组扩增、长读长测序，并使用牛津纳米孔MinION平台上的Flongle流动池进行系统发育微生物组成分析。对于mPCR阳性但Flongle流动池检测阴性的样本，额外使用MinION流动池进行长读长测序，以获得更多序列数据。将NMA检测疱疹病毒的敏感性和特异性与mPCR阳性和阴性对照进行比较。结果：使用Flongle流动池的NMA在mPCR阳性者中检测到病原病毒的比率为60.0%（12/20）。进一步使用MinION流动池进行分析，在最初未检测到的8个样本中成功识别出3个样本的病毒DNA片段，总体敏感性达到75.0%（15/20）。长读长测序检测到的所有病毒均与mPCR诊断结果一致，且mPCR阴性的样本中未通过长读长测序发现疱疹病毒DNA。结论：在检测病因性疱疹病毒DNA片段方面，NMA显示出合理的敏感性和较高的特异性。我们的研究凸显了纳米孔测序在推动葡萄膜炎诊断进一步发展的潜力。