斑马鱼dync1h1敲除模型构建与验证
获得并验证dync1h1基因敲除斑马鱼模型。
利用CRISPR/Cas9构建dync1h1敲除斑马鱼,通过Sanger测序、免疫荧光和Western blot确认基因型和蛋白表达。
Effect of Dync1h1 on Phototransduction Protein Transport and the Development and Maintenance of Photoreceptor Cells in Zebrafish
包含基因敲除斑马鱼模型,结合组织学、免疫荧光、透射电镜、RNA-seq及Western blot/qRT-PCR等多层级验证,并进行了体内机制验证。
dync1h1−/−斑马鱼胚胎 dync1h1+/−斑马鱼
dync1h1−/−完全缺失,dync1h1+/−部分缺失;突变位点c.198_204del 5 dpf胚胎用于组织学和分子检测,成年杂合子在5、7、10、20 mpf观察 RNA-seq样本:5 dpf,每样本20个胚胎,3个生物学重复 Western blot样本:5 dpf,每样本10个胚胎,3个生物学重复 统计显著性阈值:|log2(FoldChange)|≥1且校正P≤0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得并验证dync1h1基因敲除斑马鱼模型。
利用CRISPR/Cas9构建dync1h1敲除斑马鱼,通过Sanger测序、免疫荧光和Western blot确认基因型和蛋白表达。
评估dync1h1缺失对斑马鱼整体发育和眼部形态的影响。
观察外部形态、存活率,测量体长、眼轴长度、前房深度等指标。
观察dync1h1缺失对感光细胞和视网膜结构的影响。
通过H&E染色、透射电镜、免疫荧光(Nok、PNA、ZO-1)、TUNEL染色评估视网膜结构完整性和细胞凋亡。
评估dync1h1缺失对感光细胞纤毛形成的影响。
使用anti-α-acetylated tubulin免疫荧光标记轴丝微管,测量微管长度。
检测dync1h1缺失对光转导蛋白运输和分布的影响。
通过免疫荧光检测蓝锥视蛋白(Opn1sw2)、红/绿视蛋白(RG-opsin)和视紫红质(Rhodopsin)的定位,并测量外节(OS)长度。
探究dync1h1缺失导致视网膜变性的分子机制。
对5 dpf胚胎进行RNA-seq,分析差异表达基因、GO和KEGG富集。
验证ER应激和凋亡信号通路在dync1h1−/−中的激活。
通过Western blot检测BiP、ATF4表达,qRT-PCR检测chop、bax、caspase3、caspase8 mRNA水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因型鉴定 | Taq DNA聚合酶 | TaKaRa | R001A |
| 免疫荧光 | 抗Dync1h1抗体 | ProteinTech | 12345-1-AP |
| 抗Nok抗体 | gift from Zou Jian | -- | |
| 抗红/绿视蛋白抗体 | Sigma | AB5405 | |
| 抗Opn1sw2抗体 | Abcepta | Azb21565b | |
| Western blot | 抗GRP78/BiP抗体 | ProteinTech | 11587-1-AP |
| 抗ATF4抗体 | ProteinTech | 10835-1-AP | |
| 抗β-actin抗体 | ABclonal | AC026 | |
| 抗Gapdh抗体 | Huabio | ET1601-4 | |
| 免疫荧光 | 抗ZO-1抗体 | Invitrogen | 339100 |
| 抗乙酰化微管蛋白抗体 | Sigma Millipore | T7451 | |
| 抗视紫红质抗体 | Abcam | ab5417 | |
| AlexaFluor-594偶联山羊抗兔IgG | Invitrogen | A32740 | |
| AlexaFluor-594偶联山羊抗小鼠IgG | Abcam | ab150116 | |
| AlexaFluor-488偶联山羊抗小鼠IgG | Abcam | ab150113 | |
| Western blot | 辣根过氧化物酶偶联山羊抗兔IgG | ProteinTech | SA00001-2 |
| 免疫荧光 | AlexaFluor-488偶联花生凝集素 | Invitrogen | L21409 |
| 含DAPI的抗荧光淬灭封片剂 | Beyotime | P0131 | |
| 组织学 | Tris-EDTA抗原修复液 | Beyotime | P0084 |
| 凋亡检测 | TUNEL试剂盒 | Abbkine | KTA2011 |
| 显微镜 | Fluoview FV1000共聚焦显微镜 | Olympus | -- |
| 透射电镜 | 透射电子显微镜 | JEOL | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 增强型BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Beyotime | P0010 | |
| RNA提取 | 总RNA提取试剂盒 | Promega | LS1040 |
| cDNA合成 | cDNA合成试剂盒 | GeneCopoeia | QP057 |
| qRT-PCR | SYBR Green qPCR预混液 | GeneCopoeia | QP031 |
| RNA-seq | TRIeasy试剂 | Yeasen | 10606ES60 |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 基因型鉴定 | Sanger测序 | Sangon Biotech Co. Ltd. | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9统计软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 斑马鱼养殖与基因型鉴定 | 斑马鱼品系来源、饲养光照周期和温度;突变位点和基因型确认方法 阅读提示:Methods: Zebrafish Strains and Husbandry, Genotyping |
| 视网膜组织学分析 | 胚胎和成体眼球固定、切片厚度;抗体稀释比例;TUNEL试剂盒型号 阅读提示:Methods: Hematoxylin and Eosin, Immunofluorescence, and TUNEL Staining |
| 透射电镜分析 | 固定液、包埋树脂、超薄切片厚度 阅读提示:Methods: Transmission Electron Microscopy |
| Western blot | 蛋白提取方法、样本量、抗体稀释比例、内参基因 阅读提示:Methods: Western Blot Analysis |
| qRT-PCR | RNA提取方法、引物序列、内参基因 阅读提示:Methods: Quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction Analysis; Supplementary Table S1 |
| RNA-seq | RNA提取方法、文库构建、测序平台、差异表达分析参数 阅读提示:Methods: RNA-Sequencing and Bioinformatics Analysis |
| 光转导蛋白定位分析 | 抗体稀释比例、视网膜切片厚度 阅读提示:Methods: Antibodies; Results: Dync1h1-Deficiency Leads to the Transport Disorder |