斑马鱼中乙酰转移酶nat10缺失导致视觉功能发育缺陷

Deficiency of Acetyltransferase nat10 in Zebrafish Causes Developmental Defects in the Visual Function

作者信息Hou-Zhi Yang, Donghai Zhuo, Zongyu Huang, Gan Luo, Shuang Liang, Yonggang Fan, Ying Zhao, Xinxin Lv, Caizhen Qiu, Lingzhu Zhang, Yang Liu, Tianwei Sun, Xu Chen, Shan-Shan Li, Xin Jin
PMID38381411
发布时间2024-02-01
DOI10.1167/iovs.65.2.31

实验完整度

研究包含体外基因敲除/敲低模型、行为学分析、组织学检测、转录组测序以及机制验证(ac4C水平和mRNA稳定性),多个证据层级。

主要模型

斑马鱼胚胎 斑马鱼幼虫(6 dpf) 成年斑马鱼

重点核对

nat10敲除和敲低模型的建立(CRISPR/Cas9和siRNA) 行为学实验(开放场、光-暗偏好、新坦克潜水、颜色偏好、视运动反应) 视网膜组织学分析(HE染色、免疫荧光) RNA-seq和RT-qPCR验证视蛋白基因表达 ac4C水平检测(斑点印迹、RIP-PCR)和mRNA稳定性分析(放线菌素D实验)

摘要

目的 N4-乙酰胞苷(ac4C)是一种转录后RNA修饰,由N-乙酰转移酶10(NAT10)催化,NAT10是已知影响mRNA稳定性的关键因子。然而,ac4C在视觉发育中的作用仍未探索。 方法 通过分析公共数据集和免疫组织化学染色评估斑马鱼中nat10的表达模式。我们使用CRISPR/Cas9和RNAi技术敲除(KO)和敲低(KD)人类NAT10的斑马鱼同源基因nat10,并评估其对早期发育的影响。为了评估nat10敲低对视觉功能的影响,我们进行了全面的组织学评估和行为学分析。利用转录组测序和实时荧光定量PCR检测nat10敲低导致的基因表达变化。通过斑点印迹和RNA免疫沉淀(RIP)-PCR分析验证总RNA和视蛋白mRNA中ac4C水平的变化。此外,我们使用放线菌素D实验检测nat10敲低后视蛋白mRNA的稳定性。 结果 我们的研究发现斑马鱼NAT10蛋白与人类对应蛋白具有相似的结构特性。我们观察到在斑马鱼早期发育过程中,nat10基因在视觉系统中显著表达。斑马鱼胚胎中nat10缺失导致死亡率增加和发育异常。行为学和组织学评估表明nat10敲低斑马鱼存在显著的视觉损伤。转录组分析和RT-PCR鉴定出nat10敲低组中与光转导、光反应、光感受器和视觉感知相关的视网膜转录本显著下调。斑点印迹和RIP-PCR分析证实,总RNA和视蛋白信使RNA中ac4C水平显著降低。此外,通过评估经放线菌素D处理的斑马鱼中的mRNA decay,我们观察到nat10敲低组中视蛋白mRNA的稳定性显著降低。 结论 ac4C介导的mRNA修饰在维持视觉发育和视网膜功能中发挥重要作用。NAT10介导的ac4C修饰的缺失导致这些过程的显著干扰,强调了这种RNA修饰在眼部发育中的重要性。 关键词:N-乙酰转移酶10(NAT10)、发育、视觉功能、视蛋白、N4-乙酰胞苷(ac4C)、行为、斑马鱼

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
NAT10介导的ac4C修饰在视觉发育和视网膜功能中的作用是什么?
核心机制
NAT10介导的ac4C修饰通过维持视蛋白mRNA的稳定性来调节视觉功能。
主要证据
在斑马鱼中敲低nat10导致视蛋白mRNA的ac4C水平降低,并缩短其半衰期,同时伴随行为学视觉缺陷和视网膜结构异常。
研究意义
该研究揭示了ac4C修饰在视觉系统发育中的重要性,为理解RNA修饰在眼部发育中的作用提供了新见解。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

表达模式分析

评估nat10在斑马鱼早期发育中的时空表达

利用公共数据库(ZFIN、EMBL-EBI、ZESTA)分析nat10表达,并通过免疫组化验证

2

基因敲除和敲低

研究nat10缺失对胚胎发育的影响

使用CRISPR/Cas9生成nat10 KO,使用siRNA生成nat10 KD,并检测敲除/敲低效率

3

发育表型分析

观察nat10缺失对胚胎存活、孵化、形态的影响

统计存活率、孵化率、体长、尾部弯曲等指标

4

行为学评估

评估nat10 KD对视觉功能和焦虑样行为的影响

进行开放场、光-暗偏好、新坦克潜水、颜色偏好、视运动反应等测试

5

组织学分析

检查nat10 KD对视网膜结构的影响

视网膜切片染色,观察各层厚度和结构,免疫荧光检测HuC和NAT10表达

6

转录组测序

鉴定nat10 KD引起的差异表达基因

对NC和nat10 KD的6 dpf幼虫进行RNA-seq,并进行GO富集分析和RT-qPCR验证

7

ac4C修饰和mRNA稳定性检测

验证nat10 KD对视蛋白mRNA ac4C水平和稳定性的影响

斑点印迹检测总RNA ac4C水平,RIP-PCR检测特定mRNA的ac4C水平,放线菌素D实验检测mRNA稳定性

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
TRIzol试剂Thermo Fisher Scientific--
TransScript一步法gDNA去除和cDNA合成SuperMix试剂盒TransGen BiotechAT311
QuantStudio 3实时荧光定量PCR仪Thermo Fisher Scientific--
PerfectStart Green qPCR SuperMixTransGen BiotechAQ601
甲苯胺蓝溶液SolarbioG3668
抗HuC抗体Proteintech55047-1-AP
抗Nat10抗体Proteintech13365-1-AP
TruSeq RNA样本制备试剂盒Illumina--
DanioVision行为观察箱Noldus Information Technology--
EthoVision XT视频追踪软件Noldus Information Technology--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
基因敲除和敲低
gRNA和siRNA序列、注射剂量(100 pg)、胚胎数量(200)
阅读提示:Materials and Methods: Generation of nat10 Knockout and Knockdown Zebrafish
行为学实验
幼鱼日龄(5 dpf)、适应时间(30分钟)、光照/黑暗周期、视频记录时间
阅读提示:Materials and Methods: Behavioral Analysis
转录组测序
RNA质量、文库构建试剂盒、测序平台、差异表达筛选阈值(log2FC≥2, P<0.01)
阅读提示:Materials and Methods: Transcriptome Sequencing and Bioinformatics Analysis
ac4C水平检测
抗体(anti-ac4C)、RIP-PCR条件、斑点印迹定量方法
阅读提示:Materials and Methods: Assessment of Opsin mRNA Stability in Zebrafish
mRNA稳定性
放线菌素D浓度(100 μg/mL)、时间点(0, 3, 6, 9, 12小时)
阅读提示:Materials and Methods: Assessment of Opsin mRNA Stability in Zebrafish