表达模式分析
评估nat10在斑马鱼早期发育中的时空表达
利用公共数据库(ZFIN、EMBL-EBI、ZESTA)分析nat10表达,并通过免疫组化验证
Deficiency of Acetyltransferase nat10 in Zebrafish Causes Developmental Defects in the Visual Function
研究包含体外基因敲除/敲低模型、行为学分析、组织学检测、转录组测序以及机制验证(ac4C水平和mRNA稳定性),多个证据层级。
斑马鱼胚胎 斑马鱼幼虫(6 dpf) 成年斑马鱼
nat10敲除和敲低模型的建立(CRISPR/Cas9和siRNA) 行为学实验(开放场、光-暗偏好、新坦克潜水、颜色偏好、视运动反应) 视网膜组织学分析(HE染色、免疫荧光) RNA-seq和RT-qPCR验证视蛋白基因表达 ac4C水平检测(斑点印迹、RIP-PCR)和mRNA稳定性分析(放线菌素D实验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估nat10在斑马鱼早期发育中的时空表达
利用公共数据库(ZFIN、EMBL-EBI、ZESTA)分析nat10表达,并通过免疫组化验证
研究nat10缺失对胚胎发育的影响
使用CRISPR/Cas9生成nat10 KO,使用siRNA生成nat10 KD,并检测敲除/敲低效率
观察nat10缺失对胚胎存活、孵化、形态的影响
统计存活率、孵化率、体长、尾部弯曲等指标
评估nat10 KD对视觉功能和焦虑样行为的影响
进行开放场、光-暗偏好、新坦克潜水、颜色偏好、视运动反应等测试
检查nat10 KD对视网膜结构的影响
视网膜切片染色,观察各层厚度和结构,免疫荧光检测HuC和NAT10表达
鉴定nat10 KD引起的差异表达基因
对NC和nat10 KD的6 dpf幼虫进行RNA-seq,并进行GO富集分析和RT-qPCR验证
验证nat10 KD对视蛋白mRNA ac4C水平和稳定性的影响
斑点印迹检测总RNA ac4C水平,RIP-PCR检测特定mRNA的ac4C水平,放线菌素D实验检测mRNA稳定性
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 总RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| cDNA合成 | TransScript一步法gDNA去除和cDNA合成SuperMix试剂盒 | TransGen Biotech | AT311 |
| RT-qPCR | QuantStudio 3实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| PerfectStart Green qPCR SuperMix | TransGen Biotech | AQ601 | |
| 组织学染色 | 甲苯胺蓝溶液 | Solarbio | G3668 |
| 免疫荧光 | 抗HuC抗体 | Proteintech | 55047-1-AP |
| 抗Nat10抗体 | Proteintech | 13365-1-AP | |
| RNA-seq文库构建 | TruSeq RNA样本制备试剂盒 | Illumina | -- |
| 行为学追踪 | DanioVision行为观察箱 | Noldus Information Technology | -- |
| EthoVision XT视频追踪软件 | Noldus Information Technology | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 基因敲除和敲低 | gRNA和siRNA序列、注射剂量(100 pg)、胚胎数量(200) 阅读提示:Materials and Methods: Generation of nat10 Knockout and Knockdown Zebrafish |
| 行为学实验 | 幼鱼日龄(5 dpf)、适应时间(30分钟)、光照/黑暗周期、视频记录时间 阅读提示:Materials and Methods: Behavioral Analysis |
| 转录组测序 | RNA质量、文库构建试剂盒、测序平台、差异表达筛选阈值(log2FC≥2, P<0.01) 阅读提示:Materials and Methods: Transcriptome Sequencing and Bioinformatics Analysis |
| ac4C水平检测 | 抗体(anti-ac4C)、RIP-PCR条件、斑点印迹定量方法 阅读提示:Materials and Methods: Assessment of Opsin mRNA Stability in Zebrafish |
| mRNA稳定性 | 放线菌素D浓度(100 μg/mL)、时间点(0, 3, 6, 9, 12小时) 阅读提示:Materials and Methods: Assessment of Opsin mRNA Stability in Zebrafish |