Setd1a表达模式分析
确定Setd1a在视网膜发育中的时空表达。
利用RT-qPCR和RNA-seq检测不同发育阶段小鼠视网膜中Setd1a mRNA水平,免疫组化检测SETD1A蛋白的定位和表达。
Setd1a Plays Pivotal Roles for the Survival and Proliferation of Retinal Progenitors via Histone Modifications of Uhrf1
包含体外视网膜外植体培养、shRNA敲低、RNA-Seq、ChIP-qPCR、挽救实验等多层级验证,并通过功能回补和表型对比确认机制。
ICR小鼠视网膜外植体
Setd1a敲低后晚期RPC凋亡增加和增殖抑制的表型 SET催化结构域对Setd1a功能的关键性 Uhrf1作为Setd1a靶基因及H3K4me3水平变化 UHRF1过表达部分挽救Setd1a缺失表型
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Setd1a在视网膜发育中的时空表达。
利用RT-qPCR和RNA-seq检测不同发育阶段小鼠视网膜中Setd1a mRNA水平,免疫组化检测SETD1A蛋白的定位和表达。
检测Setd1a敲低对视网膜发育的影响。
在E17或E14视网膜中电穿孔shSetd1a或对照质粒,并进行外植体培养,通过免疫染色和EdU标记分析凋亡、增殖和细胞类型。
通过回补实验确定Setd1a的SET催化结构域是否必要。
在E17视网膜中共转染shSetd1a与野生型SETD1A或SETD1AΔSET,培养3天后分析凋亡和增殖。
寻找Setd1a下游调控的靶基因。
通过RNA-seq比较shSetd1a和对照视网膜的转录组,结合公开H3K4me3 ChIP-seq数据筛选候选靶基因,并利用ChIP-qPCR验证Uhrf1位点的H3K4me3变化。
验证Uhrf1敲低是否模拟Setd1a缺失表型,并检测UHRF1过表达能否挽救。
在E17视网膜中表达shUhrf1或对照,分析凋亡、增殖;共表达shSetd1a和UHRF1观察表型挽救情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取与qPCR | Sepasol RNA I Super G | Nacalai Tesque | -- |
| cDNA合成 | ReverTra Ace qPCR RT Master Mix | Toyobo | -- |
| qPCR | Light Cycler 96 | Roche | -- |
| 载体构建 | PrimeSTAR GXL DNA聚合酶 | Takara | -- |
| pGEM-T Easy载体 | Promega | -- | |
| 突变体构建 | KOD-Plus-突变试剂盒 | Toyobo | -- |
| 蛋白表达 | Uhrf1_HA | Sino Biological | MG53591-CY |
| 细胞凋亡抑制 | Z-VAD-FMK | AdooQ BioScience | A12373 |
| 免疫染色 | 抗Ki67抗体 | BD Bioscience | 550609 |
| 抗HuC/D抗体 | Molecular Probes | A-21271 | |
| 抗TFAP2A抗体 | DSHB | 3B5 | |
| 抗cyclin D3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-182 | |
| 抗NR2E3抗体 | PPMX | PP-H7223-00 | |
| 抗谷氨酰胺合成酶抗体 | Chemicon | MAB302 | |
| 抗SETD1A抗体 | Abcam | ab70378 | |
| 抗5-甲基胞嘧啶抗体 | Active Motif | 39649 | |
| 抗CHX10抗体 | Exalha Biologicals | -- | |
| 抗BRN3B抗体 | Santa Cruz | sc-6026 | |
| 抗GFP抗体 | Clontech | -- | |
| 抗活化Caspase 3抗体 | Promega | G748A | |
| EdU检测 | Click-iT Plus EdU细胞增殖成像试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | C10639 |
| RNA-seq | SMART-Seq v4超低输入RNA测序试剂盒 | Takara | -- |
| Nextera XT DNA样本制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| HiSeq3000测序仪 | Illumina | -- | |
| 细胞分选 | FACS Aria II | BD Biosciences | -- |
| RNA检测 | 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| 显微镜 | Axio Imager M1 | Zeiss | -- |
| Axio Imager M2 | Zeiss | -- | |
| DNA甲基化抑制 | 5-氮杂胞苷 | Sigma-Aldrich | A3656 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 视网膜外植体培养 | 小鼠品系(ICR)、胚胎日龄(E14/E17)、培养时间(3天或7天)、电穿孔质粒比例。 阅读提示:Methods: Electroporation and Retinal Explant Culture |
| 基因敲低和回补 | shRNA靶序列及浓度比例、质粒总量(100 µg/视网膜)、共转染的质粒比例。 阅读提示:Methods: RT-Quantitative PCR and shRNA Plasmids Construction; Electroporation and Retinal Explant Culture |
| 表型分析 | 抗体名称和稀释度、细胞计数区域和标准(100 µm视野)、样本重复数和统计方法。 阅读提示:Methods: Determination and Quantification of Immunolabeled Cells; Figure legends |
| RNA-seq分析 | 转染后培养时间(2天)、FACS分选细胞数量(~3e4)、每个样本起始RNA量(1 ng)、文库制备试剂盒和测序平台。 阅读提示:Methods: RNA-Seq |
| ChIP-qPCR | ChIP抗体(anti-H3K4me3)、qPCR引物序列和扩增区域、细胞数量。 阅读提示:Methods: Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)-qPCR Assay |