鉴定EA靶基因和FECD相关DEGs
筛选EA潜在靶基因和FECD相关差异表达基因,并确定共同靶点。
使用CTD、BindingDB和TargetNet数据库鉴定EA靶基因;从GSE142538数据集识别FECD相关DEGs;通过Venn图获取共同基因。
Integrated Transcriptomics and Experimental Validation Reveal That Ellagic Acid Alleviates Fuchs Endothelial Corneal Dystrophy via PLAU/NF-κB Signaling
包含生物信息学分析(CTD、BindingDB、TargetNet、GEO、DDBJ数据库、PPI网络、分子对接)和体外实验验证(H2O2及UVA诱导的B4G12细胞模型,检测ROS、SOD、炎症因子表达及Western blot验证NF-κB通路),但缺乏体内动物模型或患者样本验证。
人角膜内皮细胞系B4G12(H2O2诱导氧化应激模型) 人角膜内皮细胞系B4G12(UVA照射光氧化应激模型)
细胞系:人角膜内皮细胞系B4G12(Cat no. CC4039; Cellcook Biotech, China) H2O2浓度和暴露时间:200 µM,2小时 EA处理浓度和时间:1或10 µM,24小时 UVA照射条件:365 nm,5 mW/cm2 siPLAU转染浓度:100 nM
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选EA潜在靶基因和FECD相关差异表达基因,并确定共同靶点。
使用CTD、BindingDB和TargetNet数据库鉴定EA靶基因;从GSE142538数据集识别FECD相关DEGs;通过Venn图获取共同基因。
通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,识别核心枢纽基因。
将共同靶基因上传至STRING数据库构建PPI网络,使用Cytoscape的CytoHubba插件,基于MCC算法鉴定出10个枢纽基因。
评估枢纽基因与免疫细胞浸润的相关性及其诊断价值。
使用CIBERSORT算法分析GSE142538数据集的免疫细胞浸润情况,计算枢纽基因与免疫细胞的相关性;通过ROC曲线评估枢纽基因的诊断价值。
预测EA与PLAU蛋白之间的分子相互作用。
从PDB获取PLAU蛋白结构,使用Autodock Vina软件模拟EA与PLAU的结合模式。
建立FECD相关的氧化应激体外模型,用于评估EA的作用。
培养人角膜内皮细胞系B4G12,使用H2O2或UVA照射诱导氧化应激模型,随后进行EA处理。
检测EA在氧化应激模型中对氧化损伤和炎症反应的影响。
使用DCFH-DA荧光探针和流式细胞术检测ROS水平,使用试剂盒测量SOD活性,通过RT-qPCR检测炎症因子(IL-1β, IL-6, IL-8, IL-17)的表达。
验证EA是否通过靶向PLAU调节NF-κB信号通路。
通过Western blot检测PLAU、NF-κB p65和phospho-NF-κB p65蛋白水平;使用siRNA敲低PLAU,观察NF-κB激活的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 人内皮无血清培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11111044 |
| 重组人碱性成纤维细胞生长因子 | MedChemExpress | HY-P7004 | |
| B4G12细胞系 | Cellcook Biotech | CC4039 | |
| 细胞处理 | 过氧化氢 | Sigma Aldrich | H1009 |
| 鞣花酸 | TargetMol | T0465 | |
| 基因敲低 | PLAU siRNA | Genomeditech | -- |
| ROS检测 | 2,7-二氯二氢荧光素二乙酸酯 | Beyotime | S1105S |
| SOD检测 | 超氧化物歧化酶检测试剂盒 | Beyotime | S0101S |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara Bio | RR037A | |
| Hieff UNICON SYBR Green预混液 | Yeasen | 11184ES03 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013E |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | NCM Biotech | P001 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH08100 | |
| PLAU抗体 | Proteintech | 17968-1-AP | |
| NF-κB p65抗体 | Abcam | ab32536 | |
| 磷酸化NF-κB p65 (S536)抗体 | Abcam | ab76302 | |
| GAPDH抗体 | ABclonal | AC002 | |
| β-Actin抗体 | ABclonal | AC004 | |
| HRP标记的二抗 | Proteintech | -- | |
| 增强化学发光底物 | Beyotime | P0018HS | |
| RT-qPCR | NanoDrop 2000 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 荧光显微镜检查 | 荧光显微镜 | Nikon | -- |
| 流式细胞术 | 流式细胞仪 | BD Biosciences | FACSuite |
| Western blot | ECL成像系统 | Bio-Rad | -- |
| UVA照射 | UVA灯 (UVL-26) | UVP | UVL-26 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:人角膜内皮细胞系B4G12;培养基:人内皮无血清培养基,添加10 ng/mL bFGF;培养条件:37°C,5% CO2。 阅读提示:Materials and Methods:Cell Culture and Treatment |
| 氧化应激模型诱导 | H2O2浓度:200 µM,处理时间:2小时;UVA照射条件:365 nm,5 mW/cm2。 阅读提示:Materials and Methods:Cell Culture and Treatment |
| 药物处理 | EA处理浓度:1 µM和10 µM;处理时间:24小时;处理时机:H2O2或UVA暴露后。 阅读提示:Materials and Methods:Cell Culture and Treatment |
| 基因敲低 | siPLAU浓度:100 nM;转染试剂:Genomeditech (China);对照:siNC。 阅读提示:Materials and Methods:Cell Culture and Treatment |
| ROS检测 | 探针:DCFH-DA;检测方法:荧光显微镜和流式细胞术;定量:ImageJ软件分析。 阅读提示:Materials and Methods:Cellular ROS Measurement |
| SOD活性检测 | 试剂盒:Beyotime (China; #S0101S);细胞裂解缓冲液:0.1 M磷酸盐缓冲液 (pH 7.4)。 阅读提示:Materials and Methods:Superoxide Dismutase Assay |
| RT-qPCR | RNA提取试剂:TRIzol;cDNA合成试剂盒:PrimeScript RT Reagent Kit;qPCR预混液:Hieff UNICON SYBR Green Master Mix;内参基因:GAPDH。 阅读提示:Materials and Methods:Real-Time Quantitative PCR |
| Western blot | 裂解液:RIPA缓冲液(含1 mM PMSF和蛋白酶抑制剂);一抗:PLAU (Proteintech #17968-1-AP), NF-κB p65 (Abcam #ab32536), phospho-NF-κB p65 (Abcam #ab76302), GAPDH (ABclonal #AC002), β-Actin (ABclonal #AC004)。 阅读提示:Materials and Methods:Protein Extraction and Western Blotting |