荟萃分析：体外受精后胎儿性别特异性胎盘DNA甲基化强度与估计细胞组成的差异

不孕不育影响着全球高达17.5%的育龄夫妇。为了辅助受孕，许多夫妇求助于辅助生殖技术（ART），例如体外受精（IVF）。IVF可能引入生理和环境应激源，这些应激源可能改变DNA甲基化调控——这是胎儿早期发育中一个重要且动态的过程。本荟萃分析旨在评估自然妊娠与IVF妊娠胎盘DNA甲基化组的差异。我们通过检索NCBI基因表达综合数据库（GEO），使用与IVF相关的关键词，筛选了2023年11月前发表的人类参与者研究，以确定潜在数据集。在来自三个符合条件的GEO数据集的合并胎儿性别群体（N = 575）中，IVF胎盘（n = 96）与自然妊娠胎盘（n = 479）之间共有127个常染色体胞嘧啶-鸟嘌呤二核苷酸（CpG）位点存在显著差异（错误发现率FDR < 0.05），其中47个CpG位点被认为是差异甲基化的（FDR < 0.05且|Δβ| > 0.05）。按胎儿性别分层分析显示，在女性胎儿胎盘（N = 281）中未发现显著的常染色体CpG位点；然而，在男性胎儿胎盘（N = 294）中，我们鉴定出9个在IVF胎盘（n = 56）与自然妊娠胎盘（n = 238）间达到统计学显著性的常染色体CpG位点，其中3个CpG位点被认为是差异甲基化的。无论受孕方式如何，与女性胎儿胎盘相比，男性胎儿胎盘中的滋养层细胞（P < 0.0001）和基质细胞（P = 0.007）比例较低，而合体滋养层细胞（P = 0.0001）比例较高。无论胎儿性别如何，与自然妊娠胎盘相比，IVF胎盘的基质细胞比例较高（P = 0.01），合体滋养层细胞比例较低（P = 0.01）。在线性模型中控制细胞类型比例后，减少了检验统计量的膨胀，并识别出可能先前被细胞类型异质性掩盖的新显著CpG位点。本荟萃分析的结果对于进一步理解IVF对组织表观遗传学的影响至关重要，这可能有助于理解IVF与不良妊娠结局之间的联系。此外，我们的研究表明，胎盘DNA甲基化和细胞组成的性别特异性差异应作为未来胎盘DNA甲基化分析中需要考虑的因素。