原代滋养层细胞分离与分化
获得CTBs并诱导其分化为EVTs和STBs,以模拟滋养层细胞在胎盘中的发育过程。
从三个早孕期胎盘中分离CTBs,在特定培养基中培养并分化为EVTs(6天)和STBs(6天)。
Identification of transcription factors that regulate placental sFLT1 expression
包含原代滋养层细胞分化模型、RNA-seq、qPCR验证、免疫组化、流式细胞术及抑制剂功能实验等多个独立证据层级,并进行了功能验证。
原代细胞滋养层细胞(CTBs)及其分化为EVTs和STBs的体外模型 早孕期胎盘组织
CTBs来自三个早孕期胎盘(5、6、12周) EVT分化培养基成分及时间(6天) FOXM1抑制剂FDI-6浓度(5、10、20、40 μM)及处理时间(24小时) CEBPB抑制剂Helenalin acetate浓度(0.5、1、2 μM)及处理时间(48小时) 使用GAPDH、TBP和HPRT作为内参基因
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得CTBs并诱导其分化为EVTs和STBs,以模拟滋养层细胞在胎盘中的发育过程。
从三个早孕期胎盘中分离CTBs,在特定培养基中培养并分化为EVTs(6天)和STBs(6天)。
鉴定CTBs分化为EVTs过程中差异表达的基因和转录因子,并预测可能调控sFLT1的转录因子。
对CTBs和EVTs(第3、6天)进行RNA-seq,分析DEGs和DETFs,使用ChEA3和KnockTF预测与FLT1相关的TFs。
验证预测的DETFs在CTBs分化为EVTs和STBs过程中的mRNA表达变化。
通过qPCR检测15个DETFs在分化第0、3、6天的mRNA表达。
验证FOXM1和CEBPB在滋养层分化过程中的蛋白表达变化。
使用免疫组化和流式细胞术检测FOXM1、CEBPB及sFLT1/FLT1的蛋白表达。
验证FOXM1和CEBPB对sFLT1表达的调控作用。
用FOXM1抑制剂(FDI-6)处理CTBs,用CEBPB抑制剂(Helenalin acetate)处理分化中的EVTs,检测sFLT1 mRNA和蛋白水平。
验证FOXM1和CEBPB在早孕期胎盘中的表达模式。
对三个早孕期胎盘组织进行免疫组化染色,检测FOXM1、CEBPB表达,并用HLA-G和HCG-β标记EVTs和STBs。
探索FLT1在EVT分化过程中涉及的信号通路和蛋白互作网络。
对DEGs进行KEGG通路富集分析,对全部基因进行GSEA分析,并使用STRING进行PPI分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 胶原蛋白IV | Sigma-Aldrich | -- |
| DMEM/F12培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Fujifilm | -- | |
| 基因敲除血清替代物 | Gibco | -- | |
| 胰岛素-转铁蛋白-硒(ITS)-X | Gibco | -- | |
| L-抗坏血酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 上皮生长因子 | Miltenyi Biotec | -- | |
| CHIR-99021 | StemCell Technologies | -- | |
| A83-01 | StemCell Technologies | -- | |
| SB431542 | StemCell Technologies | -- | |
| 丙戊酸 | Fujifilm | -- | |
| Y-27632 | StemCell Technologies | -- | |
| EVT分化 | 神经调节蛋白1 | Cell Signaling Technology | -- |
| 基质胶 | Merck | -- | |
| STB分化 | 毛喉素 | StemCell Technologies | -- |
| 抑制剂处理 | FOXM1抑制剂FDI-6 | Sigma-Aldrich | -- |
| Helenalin acetate | MedChemExpress | -- | |
| 细胞活力检测 | PrestoBlue细胞活力试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| qPCR | iQ SYBR Green Supermix | Bio-Rad | -- |
| Bio-Rad CFX实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| RNA质量控制 | 安捷伦2100生物分析仪 | Agilent | -- |
| 免疫组化 | 过氧化氢溶液 | Merck | -- |
| 无血清蛋白封闭液 | Dako | -- | |
| 抗FOXM1抗体 | Merck | ABE1000 | |
| EnVision-HRP抗兔二抗 | Dako Cytomation | -- | |
| NovaRED显色剂 | Vector Laboratories | -- | |
| 甘油明胶封片剂 | Dako | -- | |
| Fab片段 | Jackson ImmunoResearch | -- | |
| 抗CEBPB抗体 | Proteintech | 66649-1-Ig | |
| 抗FLT1抗体 | Invitrogen | MA5-50127 | |
| 抗HLA-G抗体 | ExBio | 11-436-C100 | |
| 抗HCG抗体 | Agilent | A0231 | |
| 流式细胞术 | 固定/透化稀释液 | Thermo Fisher Scientific | 00-5123-43 |
| 透化缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 00-8333 | |
| Alexa Fluor 546抗兔或抗鼠二抗 | Thermo Fisher | -- | |
| Alexa Fluor 647抗兔二抗 | Thermo Fisher | -- | |
| LIVE/DEAD Fixable Near IR (780) 活力检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | L34994 | |
| 正常小鼠或兔血清 | Dako | -- | |
| BD LSRFortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 分泌蛋白检测 | Luminex检测 | Bio-Techne | LXSAHM-02 |
| Luminex 200仪器 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| Bio-plex Manager 6.2软件 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| 细胞活力检测 | 分光光度计 | Tecan | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞分离与培养 | CTBs来源(三个早孕期胎盘),CTB培养基成分(胶原蛋白IV、EGF、CHIR-99021等),EVT培养基成分(NRG1、Matrigel等),STB培养基成分(forskolin等) 阅读提示:Materials and methods: Human tissue, Cell culture |
| 转录因子抑制剂处理 | FOXM1抑制剂FDI-6浓度(5, 10, 20, 40 μM)及处理时间(24小时),CEBPB抑制剂Helenalin acetate浓度(0.5, 1, 2 μM)及处理时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture(CFM1抑制)和(CEBPB抑制) |
| 基因表达分析 | RNA提取方法(TRIzol),qPCR内参基因(GAPDH、TBP、HPRT),引物序列 阅读提示:Materials and methods: RNA extraction and quantitative PCR, Table 1 |
| 蛋白表达分析 | 抗体(FOXM1, CEBPB, FLT1),稀释比例,免疫组化染色流程,流式细胞术抗体浓度 阅读提示:Materials and methods: Immunochemistry, Flow cytometry |
| 分泌sFLT1检测 | Luminex assay试剂盒(LXSAHM-02),上清液收集 阅读提示:Materials and methods: Analysis of secreted sFLT1 |