鉴定STING相互作用蛋白
寻找TREX1缺陷介导的自身免疫中STING的潜在调控因子。
通过免疫沉淀联合质谱分析,鉴定与STING相互作用的E3泛素连接酶RNF115。
Disulfiram ameliorates STING/MITA-dependent inflammation and autoimmunity by targeting RNF115
包含基因敲除小鼠模型(Rnf115–/–Trex1–/–、Rnf115–/–STINGN153S/WT)、骨髓嵌合小鼠模型、体外细胞实验(GM-DCs/Macs、MLFs、MPMECs、PBMCs)及机制验证(泛素化、寡聚化、细胞内定位)。
Trex1–/–小鼠 STINGN153S/WT小鼠及骨髓嵌合小鼠 骨髓来源树突状细胞和巨噬细胞(GM-DCs/Macs) SLE患者外周血单个核细胞(PBMCs)
RNF115敲除对Trex1–/–小鼠生存率和炎症因子水平的影响 RNF115敲除对STINGN153S/WT骨髓嵌合小鼠生存率和免疫细胞发育的影响 RNF115敲除或DSF处理对SLE患者PBMCs中IFN-α、IFN-γ和促炎细胞因子表达的抑制作用 RNF115敲除对STING和STINGN153S K63链接泛素化、寡聚化及高尔基体定位的影响 DSF处理对Trex1–/–小鼠和NS→WT嵌合小鼠自身免疫表型的改善作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
寻找TREX1缺陷介导的自身免疫中STING的潜在调控因子。
通过免疫沉淀联合质谱分析,鉴定与STING相互作用的E3泛素连接酶RNF115。
验证RNF115是否促进Trex1–/–小鼠和STINGN153S/WT小鼠的自身免疫表型。
生成Rnf115–/–Trex1–/–小鼠和Rnf115–/–STINGN153S/WT小鼠,分析生存率、体重、器官病理、免疫细胞组成及炎症因子表达。
确定RNF115在造血细胞中是否调节STINGN153S驱动的自身免疫。
将野生型、NS或115NS小鼠的骨髓细胞移植到致死性照射的野生型或Rnf115–/–小鼠中,评估生存、免疫细胞发育和炎症指标。
验证RNF115是否特异性地调节髓系细胞中STINGN153S的激活。
比较野生型、NS和115NS小鼠的GM-DCs/Macs、MLFs和MPMECs中炎症因子表达,以及STINGN153S的亚细胞定位。
明确RNF115是否通过催化K63泛素化促进STING和STINGN153S的寡聚化和激活。
通过变性IP、免疫沉淀、SDD-AGE等方法检测STING的泛素化、寡聚化及其与TBK1的相互作用。
验证RNF115抑制剂DSF是否能抑制STING介导的炎症和自身免疫。
用DSF处理细胞和小鼠,检测STING泛素化、寡聚化、下游基因表达及自身免疫表型。
验证RNF115在SLE患者PBMCs中调节炎症因子表达的作用。
收集SLE患者外周血,分离PBMCs,敲低RNF115或DSF处理,检测ISG15、CXCL10、CCL5、IFN-α、IFN-γ等表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | CHAMOT Biotechnology | -- | |
| 药物处理 | 双硫仑 | TargetMol | -- |
| 鲁索替尼 | TargetMol | -- | |
| 环状GMP-AMP | InvivoGen | 1441190-66-4 | |
| 二甲基亚砜 | Sigma | -- | |
| 细胞分离 | Ficoll-Plaque PLUS试剂盒 | GE Healthcare | 17-1440-02 |
| 转染 | Ultra Fection 2.0转染试剂 | 4A Biotech | FXP092-010 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Life Technologies | 15596026 |
| 氯仿 | -- | -- | |
| 异丙醇 | -- | -- | |
| 乙醇 | -- | -- | |
| RT-qPCR | All-in-One cDNA合成超混合液 | Aidlab Biotechnologies | -- |
| Hieff® qPCR SYBR Green Master Mix | Yeasen Biotechnology | 11201ES08 | |
| 免疫沉淀 | NP-40裂解缓冲液 | -- | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | APExBIO | K1015 | |
| 蛋白G琼脂糖 | -- | -- | |
| 抗FLAG磁珠 | -- | -- | |
| 蛋白质检测 | 抗STING抗体 | Cell Signaling Technology/ABclonal | 13647 |
| 抗RNF115抗体 | Abcam | ab187642 | |
| 抗TBK1抗体 | Abcam | 96328-11 | |
| 抗磷酸化STING (Ser365)抗体 | Cell Signaling Technology | 72971S | |
| 抗磷酸化TBK1 (Ser172)抗体 | Abcam | ab109272 | |
| 抗FLAG抗体 | Sigma | F3165 | |
| 抗Tubulin抗体 | ABclonal | A12289 | |
| 抗K63链接泛素抗体 | Millipore | 05-1308 | |
| 抗泛素抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8017 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Thermo Scientific | PA1-86717 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Thermo Scientific | SA1-9510 | |
| 流式细胞术 | 抗小鼠CD11b-PE抗体 | Biolegend | 101208 |
| 抗小鼠CD11c-PerCP抗体 | Biolegend | 117328 | |
| 抗小鼠Ly6G-APC-Cy7抗体 | Biolegend | 127624 | |
| 抗小鼠F4/80-BV421抗体 | Biolegend | 123137 | |
| 抗小鼠CD3-FITC抗体 | Biolegend | 100306 | |
| 抗小鼠CD19-APC抗体 | Biolegend | 152409 | |
| 抗小鼠GL7-PerCP抗体 | Biolegend | 144610 | |
| 抗小鼠FAS-PE抗体 | Biolegend | 152608 | |
| 抗小鼠CD3-APC抗体 | Biolegend | 100312 | |
| 抗小鼠CD4-FITC抗体 | Biolegend | 100406 | |
| 抗小鼠CD8-BV510抗体 | Biolegend | 100751 | |
| 抗小鼠NK1.1-APC抗体 | Biolegend | 156506 | |
| 抗小鼠CD69-FITC抗体 | Biolegend | 104506 | |
| 抗小鼠GzmB-PE抗体 | Biolegend | 372208 | |
| 抗小鼠CD4-BV421抗体 | Biolegend | 100427 | |
| 抗小鼠Sca-1-APC抗体 | Biolegend | 108111 | |
| 抗小鼠Lineage生物素抗体 | BD Biosciences | 559971 | |
| 链霉亲和素-APC-CY7 | BD Biosciences | 554063 | |
| 抗c-Kit-PE抗体 | Biolegend | 105807 | |
| 抗人CD3-PE抗体 | ABclonal | A22795 | |
| 抗人CD4-FITC抗体 | ABclonal | A22773 | |
| 抗人CD8-APC抗体 | ABclonal | A24799 | |
| 抗人IFN-γ-PE-CY7抗体 | BD Biosciences | 557643 | |
| 抗人IFN-α-PE抗体 | BD Biosciences | 560097 | |
| 佛波醇酯 | Sigma | P8139 | |
| 离子霉素 | Sigma | I0634 | |
| 高尔基体阻断剂 | BD Biosciences | 554724 | |
| 细胞分离 | 肺解离试剂盒 | Miltenyi Biotech | -- |
| 抗CD45磁珠 | Miltenyi Biotec | -- | |
| 抗CD31抗体 | -- | -- | |
| I型胶原酶 | Worthington | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma-Aldrich | -- | |
| 转染 | PEI转染试剂 | Polysciences, Inc. | 24765-1 |
| 病毒实验 | 单纯疱疹病毒1型 | -- | -- |
| 动物实验 | 玉米油 | -- | -- |
| DNA提取 | 血清/血浆循环DNA提取试剂盒 | Tiangen | DP336 |
| DNA定量 | Qubit dsDNA HS检测试剂盒 | ABclonal | RK30140 |
| ELISA | ABplex定制多因子ELISA试剂盒 | ABclonal Technology | -- |
| 蛋白质泛素化 | 串联泛素结合实体 | LifeSensors | -- |
| 显微镜 | 奥林巴斯FV1000荧光显微镜 | Olympus | -- |
| Aperio VERSA 8扫描仪 | Leica | -- | |
| 电泳 | 琼脂糖凝胶 | Bio-Rad | -- |
| 流式细胞术 | FACS Celesta流式细胞仪 | BD | -- |
| Fortessa流式细胞仪 | BD | -- | |
| 质谱分析 | EASY-nLC 1200液相色谱系统 | Thermo Scientific | -- |
| Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| 数据分析 | Proteome Discoverer软件 | Thermo Scientific | 2.4 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型 | 小鼠品系和基因型:Rnf115–/–、Trex1+/–、STINGN153S/WT、Rnf115–/–Trex1–/–、Rnf115–/–STINGN153S/WT;年龄匹配;SPF环境。 阅读提示:Methods: Mice |
| 骨髓嵌合小鼠 | 受体小鼠:野生型或Rnf115–/–,10周龄,致死性照射(9 Gy,分两次4.5 Gy);供体骨髓细胞:1×10^6,尾静脉注射。 阅读提示:Methods: Bone marrow chimeric mice |
| 细胞培养 | GM-DCs/Macs分化:骨髓细胞+GM-CSF (20 ng/ml);MLFs:原代肺成纤维细胞;MPMECs:CD31+肺微血管内皮细胞;培养基:DMEM+10% FBS+1%青霉素-链霉素。 阅读提示:Methods: Cell culture; Isolation of MPMECs |
| 药物处理 | DSF剂量:体外5 μM;体内:HSV-1模型20 mg/kg,自身免疫模型50 mg/kg(腹腔注射,隔日一次);Ruxolitinib处理浓度未明确说明。 阅读提示:Methods: DSF administration; Reagents |
| cGAMP转染 | cGAMP浓度1 μg/μl,用PBS稀释(体积为培养基的50%),处理30分钟,然后换液培养3小时。 阅读提示:Methods: Transfection of cGAMP |
| 临床样本 | SLE患者诊断标准(EULAR/ACR 2019);PBMCs分离:Ficoll-Paque PLUS;dsDNA定量:血浆dsDNA浓度,cutoff为0.1 μg/ml;siRNA或DSF处理24小时。 阅读提示:Methods: Clinical samples; Generation and treatment of PBMCs |