确认TIMP1表达上调
验证TIMP1在临产子宫肌层中的表达变化及其与宫颈扩张的关系。
利用既往转录组/蛋白质组数据,并结合实时PCR、western blotting和免疫组织化学检测临产与非临产子宫肌层中TIMP1的表达。
Upregulated TIMP1 facilitates and coordinates myometrial contraction by decreasing collagens and cell adhesive capacity during human labor
包含转录组/蛋白质组分析、siRNA敲低功能实验、RNA-seq机制探索、蛋白芯片、免疫荧光和细胞黏附功能验证等完整实验链路。
人子宫肌层组织样本(临产与非临产) 人子宫肌层平滑肌细胞(hMSMCs) 原代细胞培养体系
TIMP1在人临产子宫肌层中的表达上调(mRNA和蛋白质水平) siRNA介导的TIMP1敲低(si-TIMP1, 10 nM) 细胞收缩实验使用胶原凝胶(1.0 mg/ml)和BDM作为收缩抑制剂 RNA-seq分析TIMP1敲低后的差异基因表达 人MMP蛋白芯片检测MMP8、MMP9和TIMP1表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证TIMP1在临产子宫肌层中的表达变化及其与宫颈扩张的关系。
利用既往转录组/蛋白质组数据,并结合实时PCR、western blotting和免疫组织化学检测临产与非临产子宫肌层中TIMP1的表达。
验证TIMP1敲低是否改变hMSMCs的收缩能力。
使用si-TIMP1转染hMSMCs,通过细胞收缩实验检测凝胶面积减少,BDM作为收缩抑制剂对照。
揭示TIMP1调节收缩的潜在分子机制。
对si-TIMP1和对照细胞进行RNA-seq,分析差异表达基因及功能富集。
确认临产时MMP8、MMP9和TIMP1的蛋白水平及胶原蛋白的降解情况。
使用人MMP蛋白芯片检测临产和非临产子宫肌层中TIMPs和MMPs,通过免疫荧光染色评估胶原蛋白I、III和V的表达。
验证临产hMSMCs的黏附能力是否改变,以及TIMP1敲低是否恢复黏附能力。
使用xCELLigence RTCA系统进行实时细胞黏附实验,比较非妊娠、非临产和临产hMSMCs的黏附指数,并检测si-TIMP1转染后的效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | #10099-141 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | #15140122 | |
| 细胞转染 | si-TIMP1 | IGEbio | -- |
| si-NC | IGEbio | -- | |
| INTERFERin转染试剂 | Polyplus | 409-10 | |
| RNA提取和反转录 | RNeasy迷你试剂盒 | Qiagen | #74104 |
| PrimeScript RT试剂盒(含gDNA Eraser) | TaKaRa | RR047B | |
| Real-time PCR | TB Green Premix Ex Taq II | TaKaRa | RR820L |
| Western blotting | PVDF膜 | Millipore | IPVH07850 |
| ECL化学发光系统 | Thermo Scientific | #32106 | |
| β-actin抗体 | Abcam | ab8226 | |
| TIMP1抗体 | Abcam | ab211926 | |
| NID2抗体 | Affinity Biosciences | DF9704 | |
| VCAN抗体 | Abcam | ab270444 | |
| SPP1抗体 | Servicebio | GB112328 | |
| GAPDH抗体 | Affinity Biosciences | AF7021 | |
| 免疫组织化学 | DAB显色底物 | Servicebio | G1211 |
| 免疫荧光 | α-SMA抗体 | Abcam | ab7817 |
| 胶原蛋白I抗体 | Servicebio | GB11022 | |
| 胶原蛋白III抗体 | Servicebio | GB111629 | |
| 胶原蛋白V抗体 | Servicebio | GB111012 | |
| 山羊抗兔Alexa Fluor488-IgG | Abcam | ab150077 | |
| 山羊抗小鼠Alexa Fluor647-IgG | Abcam | ab150115 | |
| 山羊抗兔IgG H&L HRP | Abcam | ab205718 | |
| 多重IFC检测试剂盒 | Zenbio | #18003 | |
| 细胞收缩实验 | 细胞收缩实验试剂盒 | Cell Biolabs, Inc. | CBA-201 |
| BDM(2,3-丁二酮单肟) | -- | -- | |
| RNA-seq | VAHTS Universal V6 RNA-seq文库制备试剂盒 | Illumina | NR604-01/02 |
| Qubit RNA分析试剂盒 | -- | -- | |
| Qubit 3.0 | -- | -- | |
| Agilent Bioanalyzer 2100 | Agilent Technologies | -- | |
| Illumina HiSeq系统 | Illumina | -- | |
| MMP蛋白芯片 | RayBio人基质金属蛋白酶抗体芯片 | RayBiotech | AAH-MMP-1-2 |
| 实时细胞黏附实验 | RTCA S16 xCELLigence仪器 | Agilent Technologies | -- |
| 数据分析 | GraphPad Prism 8.4.0 | -- | -- |
| 图像采集 | Leica DMi8荧光显微镜 | Leica | -- |
| ChemiDoc XRS+系统 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| TIMP1表达验证 | TIMP1在临产和非临产子宫肌层中的mRNA和蛋白质表达水平 阅读提示:Results部分Fig. 1,Methods部分Real-time PCR和Western blotting |
| TIMP1敲低 | si-TIMP1转染浓度(10 nM)及效率验证 阅读提示:Methods部分Cell transfection and infection,Results部分Fig. 3 |
| 细胞收缩实验 | 胶原浓度(1.0 mg/ml),细胞密度(1.5×10^5细胞/孔),凝胶释放后2小时成像,BDM作为对照 阅读提示:Methods部分Cell contraction assay,Results部分Fig. 3 |
| RNA-seq | TIMP1敲低和对照细胞的RNA提取、测序平台和数据分析方法 阅读提示:Methods部分RNA sequencing (RNA-seq) and data analysis,Results部分Fig. 4 |
| MMP和胶原检测 | MMP芯片检测的样本类型(组织裂解液),胶原蛋白I、III和V的免疫荧光染色 阅读提示:Methods部分Human MMP protein array和Immunofluorescence,Results部分Fig. 5 |
| 细胞黏附实验 | 细胞接种密度(5000细胞/孔),实时监测时间(6小时),细胞状态(非妊娠、非临产、临产,si-TIMP1处理) 阅读提示:Methods部分Real-time cell adhesion assay,Results部分Fig. 6 |