转录组分析
识别甲羟戊酸通路抑制对早期胚胎基因表达的影响
对E2.5至E3.5阶段他汀处理的胚胎进行RNA-seq分析,比较对照和处理组的全转录组
Regulation of endoplasmic reticulum stress and trophectoderm lineage specification by the mevalonate pathway in the mouse preimplantation embryo
RNA-seq、药理学抑制、RT-qPCR、免疫荧光和共聚焦显微镜等多层级验证,涵盖转录组、功能表型和机制探究。
小鼠植入前胚胎(F1 C57BL6×DBA/2,F2胚胎)
他汀类药物浓度和暴露时间(E2.5至E3.5,24小时) 抑制剂浓度(如lovastatin 1μM, GGTI-298 10μM, EHop-016 0.5μM) 基因表达变化(RT-qPCR验证RNA-seq结果) 蛋白质定位(免疫荧光检测CDX2和SOX2)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别甲羟戊酸通路抑制对早期胚胎基因表达的影响
对E2.5至E3.5阶段他汀处理的胚胎进行RNA-seq分析,比较对照和处理组的全转录组
验证RNA-seq结果并评估特定处理对基因表达的影响
使用RT-qPCR检测对照、他汀、他汀加MVA、他汀加FPP或GGPP处理的胚胎中目标基因表达
确定甲羟戊酸通路下游效应物(香叶基香叶基化、Rho GTPases)在ER应激和TE特化中的作用
用GGTI-298(geranylgeranyltransferase抑制剂)、B581(farnesyltransferase抑制剂)、C3 exoenzyme(RHOA抑制剂)、EHop-016(RAC1抑制剂)处理胚胎,分析囊胚形成和基因表达
评估TE和ICM谱系标记的定位以确定谱系特化是否正常
对处理胚胎进行CDX2(TE标记)和SOX2(ICM标记)免疫荧光染色,通过共聚焦显微镜观察
确认tunicamycin诱导ER应激但不影响TE特化
用tunicamycin处理胚胎,分析囊胚形成、ER应激基因表达和谱系标记定位
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 胚胎培养 | KSOM培养基 | Millipore | MR-121-D |
| FHM培养基 | Millipore | MR-024-D | |
| 矿物油 | Sigma-Aldrich | M8410 | |
| 药物处理 | 洛伐他汀 | Sigma-Aldrich | PHR1285 |
| 甲羟戊酸 | Sigma-Aldrich | M4667 | |
| 衣霉素 | Sigma-Aldrich | T7765 | |
| 法尼基焦磷酸 | Sigma-Aldrich | F6892 | |
| 香叶基香叶基焦磷酸 | Sigma-Aldrich | G6025 | |
| 法尼基转移酶抑制剂I | Calbiochem | 344510 | |
| 香叶基香叶基转移酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | G5169 | |
| RHO抑制剂I | Cytoskeleton | CT04 | |
| RAC1抑制剂 | Cayman Chemicals | 21557 | |
| RNA提取 | Direct-zol RNA微量提取试剂盒 | Zymo Research | -- |
| TRI试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA-seq文库制备 | TruSeq链特异性mRNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| RNA-seq测序 | NextSeq 500测序系统 | Illumina | -- |
| RT-qPCR | M-MLV逆转录酶 | Promega | -- |
| SsoAdvanced通用SYBR Green预混液 | Bio-Rad | -- | |
| CFX96实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫荧光 | 抗CDX2抗体 | Abcam | ab157524 |
| 抗SOX2抗体 | Millipore | AB5603 | |
| 山羊抗小鼠Alexa 488二抗 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 山羊抗兔Alexa 546二抗 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 含DAPI的ProLong Gold封片剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 显微镜 | Axiovert 200倒置显微镜 | Carl Zeiss | -- |
| FV1000共聚焦激光扫描显微镜 | Olympus | -- | |
| 胚胎培养 | 培养皿 | Corning | 351007 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 胚胎获取和培养 | 小鼠品系(F1 C57BL6×DBA/2)、超排处理(5IU PMSG和hCG)、胚胎收集时间(hCG后42小时)、培养条件(KSOM培养基、37°C、5% CO2、20% O2) 阅读提示:Materials and methods: Animals and embryos; Pharmacological treatment of embryos in hanging drop culture |
| 药物处理 | 药物浓度(lovastatin 1μM, MVA 100μM, tunicamycin 0.1μg/ml, FPP 10μM, GGPP 10μM, B581 10μM, GGTI-298 10μM, RHO inhibitor I 1μg/ml, EHop-016 0.5μM)、处理时间(E2.5至E3.5,24小时)、对照设置(DMSO或水) 阅读提示:Materials and methods: Pharmacological treatment of embryos in hanging drop culture |
| 转录组分析 | RNA提取方法(Direct-zol RNA Microprep Kit)、文库制备(TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit)、测序平台(NextSeq 500)、数据分析流程(Cutadapt, STAR, DESeq2) 阅读提示:Materials and methods: RNA-seq |
| 基因表达验证 | RNA提取方法(TRI reagent和Direct-zol RNA MicroPrep Kit)、逆转录(M-MLV Reverse Transcriptase和oligodT)、qPCR条件(SsoAdvanced Universal SYBR Green Supermix, 94°C 5min, 45个循环)和引物序列(Supplementary Table S1) 阅读提示:Materials and methods: Quantitative reverse transcription polymerase chain reaction; Supplementary Table S1 |
| 蛋白质定位 | 固定、透化和封闭方法(参考文献Laeno et al., 2013)、一抗稀释度(CDX2 1:500, SOX2 1:200)、二抗稀释度(Alexa 488 1:500, Alexa 546 1:1000)、封片剂(ProLong Gold with DAPI)、成像设置(共聚焦显微镜,2μm间隔光学切片) 阅读提示:Materials and methods: Immunofluorescence staining; Confocal microscopy |