转录组分析
比较 B7-H7 与 B7-1 对初始 CD4 T 细胞整体基因表达的影响
纯化初始 CD4 T 细胞,分别用 OKT3、OKT3+B7-1 Fc、OKT3+B7-H7 Fc 刺激 2 小时,进行 RNA-seq,分析差异表达基因和信号通路。
B7-H7 (HHLA2) inhibits T-cell activation and proliferation in the presence of TCR and CD28 signaling
包含转录组测序(RNA-seq)、体外细胞功能实验(活化标志物、细胞因子、增殖)、细胞周期、信号通路(pERK)检测及混合淋巴细胞反应等多个独立证据层级,并进行功能验证。
纯化的人初始 CD4 T 细胞 纯化的人初始 CD8 T 细胞 纯化的人记忆 CD4 T 细胞 混合淋巴细胞反应(T 细胞与树突状细胞共培养)
刺激用抗 CD3 抗体克隆(OKT3 或 UCHT1)及浓度(OKT3 和 UCHT1 为 1 µg/ml) 重组 Fc 融合蛋白(B7-1 Fc、B7-H7 Fc、PD-L1 Fc)的浓度(通常 5 µg/ml)及包被方式 刺激持续时间(RNA-seq 为 2 小时,功能实验为 72 小时,细胞周期为 24 小时) 细胞增殖检测使用 CFSE 稀释法,初始 CD4 T 细胞接种密度为 2.5×10^5/孔/毫升 混合淋巴细胞反应中 DC 与 T 细胞比例为 1:2,培养 7-10 天,抗体浓度 10 µg/ml
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较 B7-H7 与 B7-1 对初始 CD4 T 细胞整体基因表达的影响
纯化初始 CD4 T 细胞,分别用 OKT3、OKT3+B7-1 Fc、OKT3+B7-H7 Fc 刺激 2 小时,进行 RNA-seq,分析差异表达基因和信号通路。
测试 B7-H7 在 TCR 信号存在时是否诱导 T 细胞活化、细胞因子产生和增殖
纯化初始 CD4 T 细胞,用 OKT3、OKT3+Ctrl Fc、OKT3+B7-1 Fc、OKT3+B7-H7 Fc 刺激 72 小时,检测活化标志物(CD25、PD-1)、细胞因子(IL-2、IFN-γ)和增殖(CFSE 稀释)。
探索 B7-H7 无法提供共刺激的机制
将初始 CD4 T 细胞用 OKT3+B7-H7 Fc 预处理过夜,洗涤后再用 OKT3+B7-1 Fc 刺激,检测增殖;同时用 EdU 掺入法分析细胞周期,并检测 pERK 水平。
评估 B7-H7 在 TCR 和 CD28 信号同时存在时对 T 细胞功能的影响
将初始 CD4 T 细胞用 OKT3+B7-1 Fc、OKT3+B7-1 Fc+Ctrl Fc、OKT3+B7-1 Fc+B7-H7 Fc 刺激,检测活化标志物、细胞因子、增殖;并用包被珠实验比较 B7-H7 与 PD-L1 的抑制效力。
在抗原提呈细胞存在时,确认阻断 B7-H7 对 T 细胞增殖的影响
建立混合淋巴细胞反应:从一位供体分离初始 CD4 T 细胞并用 CFSE 标记,从另一位供体分离树突状细胞,以 1:2 比例共培养 7-10 天,加入同型对照、CTLA-4-Ig、α-PD-L1、α-B7-H7 或两者联合,检测 CFSE 稀释。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| T 细胞纯化 | RoboSep 缓冲液 | StemCell Technologies | 20104 |
| 初始 CD4 T 细胞分离试剂盒 | StemCell Technologies | 19155 | |
| 初始 CD8 T 细胞分离试剂盒 | StemCell Technologies | 19158 | |
| 记忆 CD4 T 细胞分离试剂盒 | StemCell Technologies | 19157 | |
| 记忆 CD8 T 细胞分离试剂盒 | StemCell Technologies | 19159 | |
| CFSE 标记 | CellTrace CFSE 细胞增殖试剂盒 | Invitrogen | C34554 |
| 细胞培养 | X-Vivo 15 培养基 | Lonza | 04-418Q |
| T 细胞活化 | OKT3 抗体 | BioLegend | 317326 |
| UCHT1 抗体 | BD Biosciences | 555329 | |
| IgG 对照 Fc 嵌合蛋白 | R&D | 110-HG | |
| B7-1 Fc 嵌合蛋白 | R&D | 140-B1 | |
| B7-H7 Fc 嵌合蛋白 | R&D | 8084-B7-050 | |
| T 细胞刺激(珠) | Dynabead 抗体偶联试剂盒 | Life Technologies | 14311D |
| 细胞因子检测 | MSD(中尺度发现) | -- | -- |
| RT-PCR | Qiagen 粉碎器 | Qiagen | -- |
| RNA 分离试剂盒 | Qiagen | -- | |
| Nanodrop 分光光度计 | Thermo Fisher | -- | |
| RNA-seq | TruSeq 链特异性总 RNA(核糖体 RNA 和球蛋白去除)样本制备试剂盒 | Illumina | -- |
| Illumina HiSeq4000 测序仪 | Illumina | -- | |
| pERK 检测 | Ficoll(淋巴细胞分离液) | Corning | -- |
| 抗 p-ERK 抗体 | Cell Signaling | -- | |
| Alexa Fluor 488 偶联的山羊抗小鼠 IgG 二抗 | Invitrogen | -- | |
| 混合淋巴细胞反应 | 泛树突状细胞分离试剂盒 | StemCell Technologies | 19251 |
| 阻断试验 | 抗 PD-L1 抗体 | BioLegend | 329715 |
| 抗 B7-H7 抗体 | Amplimmune | Clone |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| T 细胞纯化 | 初始 CD4、CD8、记忆 CD4、记忆 CD8 T 细胞的负选试剂盒(StemCell Technologies,货号 19155、19158、19157、19159) 阅读提示:Materials and methods: PBMC isolation and T-cell purification |
| T 细胞刺激 | 抗 CD3 抗体 OKT3 或 UCHT1 的克隆和浓度(1 µg/ml),Fc 融合蛋白(B7-1 Fc、B7-H7 Fc、PD-L1 Fc)的浓度(通常 5 µg/ml),板或珠包被方式 阅读提示:Materials and methods: Measurement of T-cell activation and proliferation |
| 转录组分析 | RNA-seq 平台(Illumina HiSeq4000)、建库试剂盒(TruSeq stranded total RNA with ribo-zero globin)、分析参数(fold change>4, FDR<0.25) 阅读提示:Materials and methods: RNAseq studies |
| 功能检测 | CFSE 标记浓度(1:2000 稀释)、细胞密度(2.5×10^5/孔/ml)、刺激时间(72 小时) 阅读提示:Materials and methods: CFSE labeling of T cells; Measurement of T-cell activation and proliferation |
| 混合淋巴细胞反应 | DC: T 细胞比例(1:2)、培养时间(7-10 天)、抗体浓度(10 µg/ml)、阻断抗体(α-PD-L1、α-B7-H7)的克隆或货号 阅读提示:Materials and methods: Mixed lymphocyte reaction |