样本收集与显微切割
分离牛输卵管峡部和壶腹部上皮的顶端和基底部分,用于蛋白质组学分析
从屠宰场收集排卵前和排卵后母牛的输卵管,固定、包埋后切片,通过激光显微切割分离顶端和基底上皮微样本。
Laser capture proteomics reveals new candidates for sperm-interacting proteins in the bovine oviduct epithelium
研究包含蛋白质组学分析、免疫组化验证等,但缺乏功能验证和体内实验,实验层级较单一。
牛输卵管上皮细胞 牛(峡部和壶腹部组织)
组织来源:成年母牛,采集自屠宰场,四个排卵前和四个排卵后阶段个体 显微切割区域:上皮顶端(含纤毛)与基底部分 质谱分析:nanoLC-MS/MS,diaPASEF模式,重复数:每个区域和阶段4个样本 差异蛋白判定标准:P≤0.05,倍数变化≥1.5 免疫组化验证蛋白:CAT、PRDX6、OVGP1
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分离牛输卵管峡部和壶腹部上皮的顶端和基底部分,用于蛋白质组学分析
从屠宰场收集排卵前和排卵后母牛的输卵管,固定、包埋后切片,通过激光显微切割分离顶端和基底上皮微样本。
鉴定和定量顶端和基底部分中的蛋白质,并比较不同区域和周期阶段的差异
使用nanoLC-MS/MS分析显微切割样本,通过Spectronaut和iq软件进行蛋白质鉴定和定量,并利用t检验识别差异丰度蛋白。
筛选可能参与精子相互作用的顶端表面蛋白
结合细胞定位预测(人纤毛蛋白列表、TMHMM、UniProt)和已知精子相互作用蛋白数据库,筛选出候选蛋白,并利用ProteinPrompt预测与BSPs和DEFB126的相互作用。
验证CAT、PRDX6和OVGP1在组织中的表达和定位,并确认质谱结果
使用针对CAT、PRDX6和OVGP1的抗体对输卵管组织切片进行免疫组化染色,观察染色强度并与质谱定量结果比较。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本处理 | HISTOSETTE® 活检处理/包埋盒 | -- | -- |
| 显微切割 | PALM MicroBeam 激光显微切割系统 | Carl Zeiss | 415190-9041-000 |
| 蛋白质组学 | PreOmics iST 试剂盒 | PreOmics GmbH | -- |
| 胰蛋白酶/LysC | -- | -- | |
| IonOpticks Aurora 3 C18 色谱柱 | Ion Opticks Pty Ltd | -- | |
| nanoElute 超高效液相色谱系统 | Bruker Daltonik GmbH | -- | |
| HyStar 软件 | Bruker Daltonik GmbH | v6.0.30.0 | |
| OtofControl 软件 | Bruker Daltonik | 6.2.5 | |
| DataAnalysis 软件 | Bruker Daltonik GmbH | 6.0 | |
| 蛋白质鉴定 | Spectronaut | Biognosys | 18 |
| htrms 转换器 | Biognosys | -- | |
| UniProt 牛数据库 | -- | -- | |
| 免疫组化 | 抗CAT抗体 | Proteintech | 21260-1-AP |
| 抗OVGP1抗体 | Abcam | ab118590 | |
| 抗PRDX6抗体 | Antibodiesonline | ABIN2783305 | |
| 兔同型对照多克隆抗体 | NSJ Bioreagents | N1001 | |
| ImmPRESS® HRP 马抗兔 IgG 聚合物检测试剂盒 | Vector Laboratories | MP-7401 | |
| DAB+ 底物显色液 | Agilent Dako | K3468 | |
| 蔡司 Axioplan 显微镜 | Carl Zeiss AG | -- | |
| Axiocam 305 彩色相机 | Carl Zeiss AG | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集与处理 | 母牛数量(每阶段4头)、排卵阶段判断标准、组织固定时间(6小时)、包埋和切片厚度(6 μm) 阅读提示:Materials and methods - Collection of bovine oviducts; Microdissection of the bovine oviduct epithelium |
| 显微切割 | 激光显微切割参数(40×或20×物镜)、收集的显微切割片段数量(顶端565±86片,基底232±20片) 阅读提示:Materials and methods - Microdissection of the bovine oviduct epithelium |
| 质谱分析 | 样本制备(PreOmics iST试剂盒)、液相色谱参数(柱温50°C,流速250 nL/min,梯度时间)、质谱参数(diaPASEF,m/z范围,1/K0范围) 阅读提示:Materials and methods - Nano-liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry |
| 数据分析 | 蛋白质鉴定标准(至少2个独特肽段)、定量方法(MaxLFQ)、差异蛋白筛选标准(P≤0.05,倍数变化≥1.5) 阅读提示:Materials and methods - Protein identification, validation and quantification; Statistical analysis |
| 免疫组化 | 抗原修复(微波加热,柠檬酸缓冲液)、一抗浓度和条件(anti-CAT 1.1 μg/mL, anti-OVGP1 2.5 μg/mL, anti-PRDX6 1.25 μg/mL)、二抗和显色系统 阅读提示:Materials and methods - Immunodetection and localization of catalase (CAT), oviduct glycoprotein 1 (OVGP1) and peroxiredoxin-6 (PRDX6) |