组织学分析和BST标记物检测
确认耐药肿瘤中是否存在BCC和SCC样特征,并评估BST标记物的表达。
对肿瘤样本进行H&E染色和RNAScope分析,检测GLI1和LY6D的表达。
Acquisition of Drug Resistance in Basal Cell Nevus Syndrome Tumors through Basal to Squamous Cell Carcinoma Transition
包含患者样本的scRNA-Seq、空间转录组学、全外显子测序及体外细胞实验等多种证据层级,并有功能验证(PCYT2抑制剂处理)。
Gorlin综合征患者耐药肿瘤组织 ASZ小鼠基底细胞癌细胞系
耐药肿瘤的BCC和SCC样区域共享相同的PTCH1体细胞突变 PCYT2和ETNK1基因在SCC样区域存在突变 PCYT2抑制剂处理ASZ细胞后Gli1下调、Ly6d上调 空间转录组学中GLI1和LY6D表达区域的不重叠分布
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认耐药肿瘤中是否存在BCC和SCC样特征,并评估BST标记物的表达。
对肿瘤样本进行H&E染色和RNAScope分析,检测GLI1和LY6D的表达。
全面描述耐药肿瘤的细胞组成和空间组织。
对同一肿瘤样本进行scRNA-Seq和10x Visium空间转录组学,并用CellTrek进行数据整合。
确定肿瘤上皮细胞的异质性和BST相关群体的空间分布。
对肿瘤上皮细胞进行重新聚类,并通过空间评分和CellTrek预测不同亚群的位置。
将Gorlin肿瘤的亚群与已知的BCC、rBCC和SCC数据进行比较,确定其BST进展阶段。
使用已有scRNA-Seq数据(包括Sporadic-C6、rBCC-6、rBCC-8和SCC)进行基因签名评分和投影。
证明BCC和SCC样区域具有共同起源,并鉴定SCC样区域特有的突变。
从肿瘤的不同区域(BCC样、浸润性BCC样、SCC样)进行WES,分析PTCH1突变和体细胞突变。
验证磷脂酰乙醇胺合成通路抑制是否驱动BST。
用PCYT2抑制剂处理ASZ小鼠BCC细胞,检测Gli1和Ly6d的表达变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本处理 | 胶原酶 | Gibco | 17-100-017 |
| 胰蛋白酶 | Gibco | 25200056 | |
| 细胞培养 | M154CF培养基 | ThermoFisher | M154CF500 |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 氯化钙 | -- | -- | |
| 药物处理 | 美克洛嗪 | -- | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| RNeasy Plus试剂盒 | QIAGEN | 74134 | |
| RT-qPCR | TaqMan RT-PCR预混液 | Applied Biosystems | 4392587 |
| 免疫荧光 | 鸡抗K14抗体 | BioLegend | SIG-3476-100 |
| 抗鸡Alexa647二抗 | Invitrogen | A-21449 | |
| Hoechst 33342 | ThermoFisher | 62249 | |
| RNAScope | RNAScope多重荧光v2试剂盒 | ACD | 323100 |
| Hs-LY6D探针 | ACD | 484681-C1 | |
| Hs-GLI1探针 | ACD | 310991-C2 | |
| scRNA-Seq | Chromium单细胞3'试剂盒v2 | 10x Genomics | -- |
| Illumina NovaSeq测序平台 | -- | -- | |
| 空间转录组学 | Visium空间转录组平台 | 10x Genomics | -- |
| Keyence显微镜 | -- | -- | |
| WES | Agilent FFPE DNA文库制备试剂盒 | Agilent | 5191-4079 |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织学分析 | 肿瘤样本的取材部位、RNAScope探针序列、抗体稀释度 阅读提示:Methods中的RNAScope部分和图1c |
| 单细胞RNA测序 | 细胞捕获数量、测序深度、聚类参数 阅读提示:Methods中的scRNA-Seq Library Preparation, Processing, and Analysis |
| 空间转录组学 | 组织切片厚度、捕获区域选择、文库制备和测序平台 阅读提示:Methods中的Visium Sample Preparation, Library Preparation, and Sequencing |
| 全外显子测序 | 样本区域选取、DNA输入量、变异调用流程 阅读提示:Methods中的Whole Exome Sequencing and Analysis |
| 体外功能验证 | ASZ细胞培养条件、PCYT2抑制剂浓度和处理时间、RT-qPCR探针 阅读提示:Methods中的In vitro BST assay |