三级医院环境中机会性病原体和抗生素抗性基因的图谱绘制

尽管消毒是感染控制的关键环节，医院环境微生物的定植模式和耐药基因组仍未得到充分探索。我们通过对45张病床相关179个位点进行重复采样（间隔最长1.5年），首次对某三级医院的微生物组、病原体和抗生素耐药基因盒进行了大规模基因组表征。深度鸟枪法宏基因组学揭示了微生物与抗生素耐药基因的独特生态位特征，这些位点以生物膜形成环境和人类微生物组影响环境为特征，并呈现相应的时空分异模式。基于纳米孔测序的准宏基因组学技术获得了数千个高连续性基因组、噬菌体和质粒序列（>60%为新发现），实现了对医院环境中耐药基因组和可移动遗传元件多样性及动态结构的系统表征。系统发育分析表明多重耐药菌株在医院环境中广泛分布且能稳定定植。与临床分离株的比对显示此类微生物可在医院环境中长期存留（>8年），伺机感染患者。这些发现凸显了医院抗生素耐药库表征的重要性，并证实了通过系统性监测优化感染防控资源配置的可行性。