患者队列纳入与样本收集
建立PDAC患者队列并收集肿瘤组织样本,用于后续分析。
纳入2015年3月至2018年7月及2018年9月至2019年10月接受根治性切除的PDAC患者215例,收集临床病理数据和组织样本,制作组织微阵列。
Intratumoral IL-33 + CD4 + FoxP3 + regulatory T cell infiltration determines poor clinical outcomes and intensive immunoevasive contexture in patients with pancreatic cancer after surgical resection: a cohort study
包含患者组织样本的免疫组化/免疫荧光分析、流式细胞术检测、体外共培养实验以及多组学数据验证,进行了功能验证和机制探索。
PDAC患者组织样本(215例) PDAC细胞系(文中未明确说明具体细胞系) 体外共培养模型(Tregs与CD8+ T细胞) TCGA、ICGC和GEO转录组数据队列
IL-33+ Tregs的浸润密度(通过IF和流式细胞术验证) CD8+ T细胞的细胞毒性(GzmB)和耗竭标志物(TIM3、PD-1)表达 IL-33+ Tregs与CD8+ T细胞共培养后细胞因子(TNF-α、IFN-γ等)的变化 血清CA19-9水平(cutoff值231.4 U/mL)和肿瘤分化程度 辅助化疗(ACT)的获益情况
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立PDAC患者队列并收集肿瘤组织样本,用于后续分析。
纳入2015年3月至2018年7月及2018年9月至2019年10月接受根治性切除的PDAC患者215例,收集临床病理数据和组织样本,制作组织微阵列。
通过免疫荧光和流式细胞术检测PDAC组织中IL-33+ Tregs的浸润水平。
使用IF对TMA切片进行CD4、FoxP3和IL-33染色,定量IL-33+ Tregs密度(细胞数/HPF);通过流式细胞术分析新鲜组织中的IL-33+ Tregs比例。
分析IL-33+ Tregs浸润水平与临床病理特征及预后的关联。
使用卡方/Fisher检验分析IL-33+ Tregs与临床病理特征的关联;使用Kaplan-Meier曲线和Cox回归评估OS和RFS。
验证IL-33+ Tregs对CD8+ T细胞功能的影响。
将分选的IL-33+ Tregs与CD8+ T细胞共培养,通过流式细胞术检测CD8+ T细胞的细胞毒性标志物(TNF-α、IFN-γ、Granzyme B、Perforin)和耗竭标志物(PD-1、CTLA-4、TIM-3、TIGIT)。
利用公共转录组数据验证IL-33+ Tregs的预后价值并探索其生物学功能。
从TCGA、ICGC和GSE71729数据集获取PDAC转录组和生存数据,利用IL-33+ Treg特征基因集通过GSVA算法计算评分,进行差异表达基因分析和GSEA通路富集分析。
评估IL-33+ Tregs对辅助化疗获益的影响。
按IL-33+ Tregs表达水平分层,比较接受与未接受ACT患者的生存情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫荧光染色 | 抗CD4抗体 | Maxim | RMA-0620 |
| 抗FoxP3抗体 | Cell Signaling Technology | 98377 | |
| 抗IL-33抗体 | Proteintech | 12372-1-AP | |
| Alexa Fluor 647、Alexa Fluor 555、Alexa Fluor 488荧光染料 | 文中未明确说明 | -- | |
| DAPI(4',6-二脒基-2-苯基吲哚) | -- | -- | |
| 组织扫描 | 3D HISTECH Pannoramic SCAN荧光扫描仪 | 3D HISTECH | -- |
| 流式细胞术 | IC固定缓冲液 | eBioscience | 00-8222-49 |
| 透化缓冲液 | eBioscience | 00-8333-56 | |
| BD FACS Arial流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| FlowJo V.10软件 | BD Biosciences | -- | |
| FITC抗人CD4抗体 | Biolegend | 317408 | |
| APC/Cyanine7抗人CD25抗体 | Biolegend | 302613 | |
| Alexa Fluor 647抗人FOXP3抗体 | Biolegend | 320213 | |
| PE抗人IL-33抗体 | Invitrogen | MA5-40993 | |
| PerCP/Cyanine5.5抗人CD45抗体 | Biolegend | 304027 | |
| 细胞分选 | MACS Treg磁珠分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-109-557 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | 患者纳入标准:组织学确诊PDAC并接受R0切除;排除接受新辅助治疗或临床试验的患者。 阅读提示:Methods: 研究队列和组织微阵列 |
| IL-33+ Tregs检测 | IL-33+ Tregs的检测方法(IF和流式)及抗体/试剂来源。IF染色使用抗CD4 (Maxim, RMA-0620), FoxP3 (CST, 98377), IL-33 (Proteintech, 12372-1-AP);流式使用Biolegend和Invitrogen抗体。 阅读提示:Methods: 免疫荧光染色和评估;流式细胞术 |
| 预后分析 | IL-33+ Tregs分组截断值(5.5 cells/HPF)和统计模型(Cox回归及调整变量)。 阅读提示:Methods: 统计分析;Results: 预后价值部分;图1F/G |
| 免疫抑制功能验证 | Tregs分选方法(MACS)和共培养条件:CD8+ T细胞来自健康供体PBMC扩增,共培养48小时,检测细胞毒性标志物。 阅读提示:Methods: 流式细胞术;Results: 免疫抑制功能验证部分;图6F |
| 生物信息学分析 | 数据来源(TCGA、ICGC、GSE71729)和IL-33+ Treg特征基因集的构建及GSVA评分方法。 阅读提示:Methods: 生物信息学分析 |