高内涵小分子筛选
鉴定调控终末红细胞生成的表观遗传和转录调控因子。
用348个小分子抑制剂库处理脐血CD34+来源红系母细胞,以GPA和CD36表达为读出,筛选影响红系分化的化合物。
BRD4 acts as a transcriptional repressor of RhoB to inhibit terminal erythropoiesis
包含体外细胞培养、小分子抑制、shRNA敲降、RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag、ChIP-qPCR、Co-IP、功能回复实验等多层级验证。
脐带血来源CD34+ HSPC分化的红系母细胞 胚胎干细胞分化的CD34+ HSPC来源红系母细胞 HUDEP2细胞系 HEL和TF-1红白血病细胞系
人脐带血CD34+ HSPC的分化体系及阶段标志物(GPA、CD36) BRD4抑制剂(JQ1、MS436)的处理浓度与时间 BRD4亚型特异性shRNA的敲降效率 RHOB敲降后红系分化标志物CD45、CD49d的变化 EHMT1/2抑制剂(UNC0638、UNC0642)处理及RhoB表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定调控终末红细胞生成的表观遗传和转录调控因子。
用348个小分子抑制剂库处理脐血CD34+来源红系母细胞,以GPA和CD36表达为读出,筛选影响红系分化的化合物。
确认BRD4抑制对终末红细胞生成的影响。
使用BRD4抑制剂JQ1和MS436处理分化的红系母细胞,通过流式、MGG染色、细胞大小和去核率评估分化阶段。
解析BRD4抑制诱导的基因表达和染色质变化。
对DMSO或MS436处理的红系母细胞进行RNA-seq和ATAC-seq,分析DEGs和DAPs。
确定BRD4调控红系成熟是否依赖CDK9。
使用CDK9特异性抑制剂(LDC00067、HH1、AZD4573)处理,并用shRNA敲低BRD4亚型及过表达CDK9观察红细胞分化。
发现BRD4调控红细胞生成的直接靶基因及分子机制。
进行CUT&Tag、ChIP-qPCR、Co-IP,结合RNA-seq和ATAC-seq数据,鉴定BRD4结合位点和靶基因。
验证RhoB是否介导BRD4抑制对红细胞成熟的作用。
通过shRNA敲降RHOB,检测红细胞分化标志物和阶段,并用Rho激活剂CN01处理,观察是否模拟BRD4抑制效果。
确定BRD4是否通过与EHMT1/2互作抑制RhoB表达。
进行Co-IP验证BRD4与EHMT1/2相互作用,使用EHMT1/2抑制剂(UNC0638、UNC0642)和shRNA敲降EHMT1/2,检测红系分化及RhoB表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与分化 | StemSpan SFEM II培养基 | Stem Cell Technologies | 09655 |
| 转铁蛋白 | Sigma | T0665 | |
| 干细胞因子 | Peprotech | 300-07 | |
| 白细胞介素-3 | Peprotech | AF-200-03 | |
| 促红细胞生成素 | Stem Cell Technologies | 78007 | |
| 胰岛素样生长因子1 | Stem Cell Technologies | 78022.1 | |
| 地塞米松 | TargetMol | T1076 | |
| 异丁基甲基黄嘌呤 | TargetMol | T1713 | |
| 青霉素/链霉素 | Solarbio | P1400 | |
| HEPES | -- | -- | |
| 人AB血清 | Gemini | 100-512 | |
| Iscove改良Dulbecco培养基 | Gibco | 12440-053 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| 胰岛素 | TargetMol | T8221 | |
| 肝素 | BioFroxx | 1170GR005 | |
| 多西环素 | TargetMol | T1687 | |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | C11875500BT | |
| 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | Peprotech | 300-03 | |
| 氯化血红素 | Sigma | 51280 | |
| 化合物筛选 | 表观遗传和转录化合物库 | Target | L1200 |
| 染色 | 吉姆萨染色液 | Solarbio | G4640 |
| 转染 | Namipo转染试剂 | TranSheepBio | TSBBR003 |
| RNA提取 | RNA-easy分离试剂 | Vazyme | R701-02 |
| RT-qPCR | ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711-02 |
| 流式细胞术 | CD49d-PE抗体 | Biolegend | 304304 |
| CD36-FITC抗体 | Biolegend | 336204 | |
| CD36-APC抗体 | Biolegend | 336208 | |
| CD45-PC7抗体 | BD Pharmingen | 557748 | |
| GPA-BV421抗体 | BD Pharmingen | 562938 | |
| GPA-APC抗体 | BD Pharmingen | 551336 | |
| GPA-PE抗体 | BD Pharmingen | 555570 | |
| CD105-APC抗体 | BD Pharmingen | 562408 | |
| CD71-PE抗体 | BD Pharmingen | 555537 | |
| HBB-PE抗体 | Santa cruz | sc-21757 | |
| HBG-Alexa Fluor 647抗体 | Santa cruz | sc-21756 | |
| 细胞周期 | 溴脱氧尿苷 | BD Pharmingen | 552598 |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | BD Pharmingen | 556547 |
| ChIP | 抗BRD4抗体 | Bethyl | A301-985A |
| 抗CDK9抗体 | Bethyl | A303-493A | |
| Pol2-S5P抗体 | CST | 13523s | |
| Pol2-S2P抗体 | CST | 13499s | |
| H3K9me2抗体 | CST | 4658 | |
| DNA纯化 | DNA纯化试剂盒 | Qiagen | 28106 |
| RhoB活性检测 | RhoA G-LISA GTPase激活检测试剂盒 | Cytoskeleton | BK124-S |
| 免疫共沉淀 | 抗IgG抗体 | Abcam | ab172730 |
| 抗EHMT1抗体 | CST | 35005s | |
| 抗RhoB抗体 | CST | 2098T | |
| Protein A/G磁珠 | Bimake | B23202 | |
| CUT&Tag | Hyperactive通用CUT&Tag检测试剂盒(Illumina) | Vazyme | TD903 |
| VAHTS DNA接头set1 | Vazyme | N801 | |
| VAHTS DNA纯化磁珠 | Vazyme | N411 | |
| 仪器 | Cytospin 4细胞离心涂片机 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| Attune NxT流式细胞仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Moflo Astrios EQ流式分选仪 | Beckman Coulter | -- | |
| Fisher超声破碎仪Model 300 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 红系分化培养 | 脐带血CD34+ HSPC分离方法、培养体系各阶段细胞因子及浓度、培养时间(7天+5天+9天) 阅读提示:Methods 'Cell culture and erythroid differentiation' |
| 化合物筛选 | 化合物库名称(Target, L1200)及筛选浓度、筛选细胞密度、处理时间、GPA和CD36检测时间点 阅读提示:Methods 'Compound library screening' |
| BRD4抑制剂处理 | JQ1和MS436的处理浓度(JQ1 100nM,MS436 10µM)、处理时间(48h或96h)、细胞起始阶段(GPA+CD36+) 阅读提示:Results 'BRD4 inhibition promotes terminal erythropoiesis' and Figure 2 legend |
| shRNA转导 | shRNA序列、载体(pLKO.1-GFP)、感染后筛选时间(96h)、转导效率(GFP+分选) 阅读提示:Methods 'Gene overexpression, ShRNA transduction, SiRNA transfection...' and Table S6 |
| RNA-seq和ATAC-seq | 细胞数量(500,000)、处理(MS436或DMSO)、处理时间(48h)、测序平台及数据分析参数 阅读提示:Methods 'RNA-seq' and 'ATAC-seq' |
| ChIP-qPCR | 细胞数量(1-2e7)、甲醛交联时间(10min)、抗体及用量、超声参数(45个循环,30s on/off) 阅读提示:Methods 'Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) assay and ChIP-qPCR' |
| 体内验证(去核效率) | 去核检测方法(流式)、去核效率计算方法、MS436处理时间(需验证) 阅读提示:Figure 2J, K legend |