BRD4通过转录抑制RhoB抑制终末红细胞生成

BRD4 acts as a transcriptional repressor of RhoB to inhibit terminal erythropoiesis

作者信息Yijin Chen, Dawei Huo, Ye Meng, Jie Zhang, Mengmeng Huang, Qian Luo, Yulin Xu, Haiqiong Zheng, Yingli Han, Xiangjun Zeng, Yanjuan Liu, Yunfei Liu, Rui Wen, Delin Kong, Ruxiu Tie, Shanshan Pei, Nan Liu, Pengxu Qian, He Huang, Meng Zhang
PMID40598222
发布时间2025-07-01
DOI10.1186/s13045-025-01721-2

实验完整度

高

包含体外细胞培养、小分子抑制、shRNA敲降、RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag、ChIP-qPCR、Co-IP、功能回复实验等多层级验证。

主要模型

脐带血来源CD34+ HSPC分化的红系母细胞 胚胎干细胞分化的CD34+ HSPC来源红系母细胞 HUDEP2细胞系 HEL和TF-1红白血病细胞系

重点核对

人脐带血CD34+ HSPC的分化体系及阶段标志物(GPA、CD36) BRD4抑制剂(JQ1、MS436)的处理浓度与时间 BRD4亚型特异性shRNA的敲降效率 RHOB敲降后红系分化标志物CD45、CD49d的变化 EHMT1/2抑制剂(UNC0638、UNC0642)处理及RhoB表达

摘要

背景:终末红细胞生成是一个复杂的多步骤过程,涉及基因转录的协调和剧烈的细胞核凝缩,最终导致细胞核排出以生成网织红细胞。然而,我们对涉及的关键转录和表观遗传调控因子缺乏全面的理解。方法:我们在原代CD34+来源的人红系母细胞中进行高通量小分子筛选,以确定促进终末红细胞生成的靶点,并通过不同分化系统中不同BRD4亚型的抑制剂和shRNA进一步确认表型。然后,我们进行了RNA-seq、ATAC-seq、ChIP-qPCR、Co-IP,并重新分析了先前发表的转录数据和质谱数据,以阐明BRD4如何调控终末红细胞生成。结果:我们发现,溴结构域蛋白BRD4(一种表观遗传阅读器,与CDK9一起作为转录激活因子)的抑制剂促进了造血干/祖细胞和胚胎干细胞的终末红细胞生成,并增强了去核。对我们RNA-seq、ATAC-seq以及先前发表的不同阶段红系母细胞分化转录数据的联合分析证实,BRD4抑制加速了红系母细胞的成熟。出乎意料的是,BRD4的这种功能独立于其经典的CDK9相互作用和转录激活作用。相反,BRD4抑制后的RNA-seq、ATAC-seq和Cut&Tag显示,BRD4通过抑制小G蛋白RhoB并破坏肌动蛋白重组来调节红细胞生成。ChIP-qPCR、Co-IP和功能研究表明,BRD4通过与组蛋白甲基转移酶EHMT1/2相互作用而充当转录抑制因子。结论:我们证明了BRD4作为RhoB的转录抑制因子调控红系成熟,以及经典的CDK9依赖作用调控红系母细胞的增殖。此外,我们阐明了RhoB在终末红细胞生成过程中的活性和功能。BRD4抑制可能是促进体外血细胞生成的简单方法,并可能是骨髓增生异常综合征等导致红系生成异常疾病的候选治疗靶点。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
BRD4在终末红细胞生成中的作用及其分子机制是什么?
核心机制
BRD4通过与EHMT1/2相互作用,作为转录抑制因子抑制RhoB表达,从而抑制终末红细胞生成;其经典CDK9依赖途径仅调控红系母细胞增殖。
主要证据
小分子筛选、RNA-seq、ATAC-seq、CUT&Tag、ChIP-qPCR、Co-IP及功能实验表明,BRD4抑制上调RhoB,促进红系成熟,且RHOB敲降逆转此效应。
研究意义
该研究揭示了BRD4的非经典抑制功能,为体外血细胞生成提供了潜在方法,并为骨髓增生异常综合征等红系生成异常疾病提供候选治疗靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

高内涵小分子筛选

鉴定调控终末红细胞生成的表观遗传和转录调控因子。

用348个小分子抑制剂库处理脐血CD34+来源红系母细胞,以GPA和CD36表达为读出,筛选影响红系分化的化合物。

2

BRD4抑制的表型验证

确认BRD4抑制对终末红细胞生成的影响。

使用BRD4抑制剂JQ1和MS436处理分化的红系母细胞,通过流式、MGG染色、细胞大小和去核率评估分化阶段。

3

转录组和染色质可及性分析

解析BRD4抑制诱导的基因表达和染色质变化。

对DMSO或MS436处理的红系母细胞进行RNA-seq和ATAC-seq,分析DEGs和DAPs。

4

验证BRD4功能是否依赖CDK9

确定BRD4调控红系成熟是否依赖CDK9。

使用CDK9特异性抑制剂(LDC00067、HH1、AZD4573)处理,并用shRNA敲低BRD4亚型及过表达CDK9观察红细胞分化。

5

鉴定BRD4的靶基因和调控机制

发现BRD4调控红细胞生成的直接靶基因及分子机制。

进行CUT&Tag、ChIP-qPCR、Co-IP,结合RNA-seq和ATAC-seq数据,鉴定BRD4结合位点和靶基因。

6

验证RhoB在BRD4下游的作用

验证RhoB是否介导BRD4抑制对红细胞成熟的作用。

通过shRNA敲降RHOB,检测红细胞分化标志物和阶段,并用Rho激活剂CN01处理,观察是否模拟BRD4抑制效果。

7

验证EHMT1/2在BRD4抑制转录中的作用

确定BRD4是否通过与EHMT1/2互作抑制RhoB表达。

进行Co-IP验证BRD4与EHMT1/2相互作用,使用EHMT1/2抑制剂(UNC0638、UNC0642)和shRNA敲降EHMT1/2,检测红系分化及RhoB表达。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
StemSpan SFEM II培养基Stem Cell Technologies09655
转铁蛋白SigmaT0665
干细胞因子Peprotech300-07
白细胞介素-3PeprotechAF-200-03
促红细胞生成素Stem Cell Technologies78007
胰岛素样生长因子1Stem Cell Technologies78022.1
地塞米松TargetMolT1076
异丁基甲基黄嘌呤TargetMolT1713
青霉素/链霉素SolarbioP1400
HEPES----
人AB血清Gemini100-512
Iscove改良Dulbecco培养基Gibco12440-053
胎牛血清Gibco10099-141
胰岛素TargetMolT8221
肝素BioFroxx1170GR005
多西环素TargetMolT1687
RPMI 1640培养基GibcoC11875500BT
粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子Peprotech300-03
氯化血红素Sigma51280
表观遗传和转录化合物库TargetL1200
吉姆萨染色液SolarbioG4640
Namipo转染试剂TranSheepBioTSBBR003
RNA-easy分离试剂VazymeR701-02
ChamQ通用SYBR qPCR预混液VazymeQ711-02
CD49d-PE抗体Biolegend304304
CD36-FITC抗体Biolegend336204
CD36-APC抗体Biolegend336208
CD45-PC7抗体BD Pharmingen557748
GPA-BV421抗体BD Pharmingen562938
GPA-APC抗体BD Pharmingen551336
GPA-PE抗体BD Pharmingen555570
CD105-APC抗体BD Pharmingen562408
CD71-PE抗体BD Pharmingen555537
HBB-PE抗体Santa cruzsc-21757
HBG-Alexa Fluor 647抗体Santa cruzsc-21756
溴脱氧尿苷BD Pharmingen552598
Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒BD Pharmingen556547
抗BRD4抗体BethylA301-985A
抗CDK9抗体BethylA303-493A
Pol2-S5P抗体CST13523s
Pol2-S2P抗体CST13499s
H3K9me2抗体CST4658
DNA纯化试剂盒Qiagen28106
RhoA G-LISA GTPase激活检测试剂盒CytoskeletonBK124-S
抗IgG抗体Abcamab172730
抗EHMT1抗体CST35005s
抗RhoB抗体CST2098T
Protein A/G磁珠BimakeB23202
Hyperactive通用CUT&Tag检测试剂盒(Illumina)VazymeTD903
VAHTS DNA接头set1VazymeN801
VAHTS DNA纯化磁珠VazymeN411
Cytospin 4细胞离心涂片机Thermo Fisher Scientific--
CytoFLEX流式细胞仪Beckman Coulter--
Attune NxT流式细胞仪Thermo Fisher Scientific--
Moflo Astrios EQ流式分选仪Beckman Coulter--
Fisher超声破碎仪Model 300Thermo Fisher Scientific--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
红系分化培养
脐带血CD34+ HSPC分离方法、培养体系各阶段细胞因子及浓度、培养时间(7天+5天+9天)
阅读提示:Methods 'Cell culture and erythroid differentiation'
化合物筛选
化合物库名称(Target, L1200)及筛选浓度、筛选细胞密度、处理时间、GPA和CD36检测时间点
阅读提示:Methods 'Compound library screening'
BRD4抑制剂处理
JQ1和MS436的处理浓度(JQ1 100nM,MS436 10µM)、处理时间(48h或96h)、细胞起始阶段(GPA+CD36+)
阅读提示:Results 'BRD4 inhibition promotes terminal erythropoiesis' and Figure 2 legend
shRNA转导
shRNA序列、载体(pLKO.1-GFP)、感染后筛选时间(96h)、转导效率(GFP+分选)
阅读提示:Methods 'Gene overexpression, ShRNA transduction, SiRNA transfection...' and Table S6
RNA-seq和ATAC-seq
细胞数量(500,000)、处理(MS436或DMSO)、处理时间(48h)、测序平台及数据分析参数
阅读提示:Methods 'RNA-seq' and 'ATAC-seq'
ChIP-qPCR
细胞数量(1-2e7)、甲醛交联时间(10min)、抗体及用量、超声参数(45个循环,30s on/off)
阅读提示:Methods 'Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) assay and ChIP-qPCR'
体内验证(去核效率)
去核检测方法(流式)、去核效率计算方法、MS436处理时间(需验证)
阅读提示:Figure 2J, K legend